217 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0664 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007406  Nwi_3063  major facilitator transporter  78.3 
 
 		 452 aa  658    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.797307  normal  0.542737 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7340  major facilitator superfamily permease  80.67 
 
 		 460 aa  664    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0623  major facilitator superfamily MFS_1  89.01 
 
 		 459 aa  769    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.89214  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0664  major facilitator transporter  100 
 
 		 456 aa  890    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.757276  normal  0.314251 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0770  major facilitator transporter  82.68 
 
 		 455 aa  698    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.742854 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0083  major facilitator transporter  93.2 
 
 		 457 aa  802    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0365182 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3691  major facilitator transporter  79.11 
 
 		 454 aa  682    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.639879  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1449  major facilitator transporter  55.19 
 
 		 453 aa  410  1e-113  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0069  major facilitator superfamily MFS_1  38.82 
 
 		 475 aa  301  1e-80  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.805125  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0771  major facilitator transporter  39.23 
 
 		 465 aa  297  3e-79  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00332718  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0470  major facilitator superfamily protein  41.81 
 
 		 428 aa  294  2e-78  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.807635  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0819  major facilitator transporter  40.09 
 
 		 471 aa  291  1e-77  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2556  AmpG protein, putative  41.71 
 
 		 466 aa  291  2e-77  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.368438 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4017  major facilitator transporter  42.34 
 
 		 412 aa  290  3e-77  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.165032 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3723  major facilitator transporter  39.91 
 
 		 471 aa  290  5.0000000000000004e-77  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3600  major facilitator transporter  39.91 
 
 		 471 aa  290  5.0000000000000004e-77  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3531  major facilitator superfamily MFS_1  40.14 
 
 		 471 aa  289  6e-77  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000125194 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0711  major facilitator transporter  39.91 
 
 		 471 aa  288  1e-76  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0812  major facilitator transporter  39.23 
 
 		 463 aa  287  2e-76  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0044  muropeptide transporter  41.75 
 
 		 429 aa  286  4e-76  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5113  major facilitator superfamily MFS_1  45.07 
 
 		 463 aa  285  9e-76  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3155  major facilitator transporter  39 
 
 		 465 aa  285  1.0000000000000001e-75  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0152  major facilitator superfamily transporter  41.04 
 
 		 466 aa  285  1.0000000000000001e-75  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.421087  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0783  major facilitator transporter  39.22 
 
 		 463 aa  284  2.0000000000000002e-75  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.191663  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3644  major facilitator transporter  37.34 
 
 		 472 aa  283  3.0000000000000004e-75  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0893526 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0047  muropeptide transporter  41.04 
 
 		 429 aa  284  3.0000000000000004e-75  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.252605 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3983  major facilitator superfamily MFS_1  40.91 
 
 		 416 aa  283  4.0000000000000003e-75  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.819094 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2999  major facilitator transporter  44.23 
 
 		 388 aa  282  7.000000000000001e-75  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2892  major facilitator transporter  37.64 
 
 		 472 aa  282  1e-74  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0730175  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3814  ampG protein, putative  38.25 
 
 		 461 aa  281  2e-74  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3442  major facilitator transporter  38.63 
 
 		 478 aa  280  5e-74  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.141995  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3096  muropeptide transporter  40.72 
 
 		 492 aa  277  4e-73  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0966625  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2937  major facilitator transporter  45.31 
 
 		 443 aa  276  4e-73  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3058  muropeptide transporter  40.72 
 
 		 492 aa  277  4e-73  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000335083  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3268  muropeptide transporter  40.53 
 
 		 495 aa  276  7e-73  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.482744  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0474  muropeptide transporter  39.62 
 
 		 491 aa  275  8e-73  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000168996  normal  0.779827 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3176  AmpG-related permease  39.62 
 
 		 491 aa  275  9e-73  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000022392  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0355  muropeptide transporter  39.62 
 
 		 491 aa  275  9e-73  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000149162  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0468  muropeptide transporter  39.62 
 
 		 491 aa  275  9e-73  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000134905  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0517  muropeptide transporter  39.62 
 
 		 491 aa  275  9e-73  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000689062  normal  0.616646 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0508  muropeptide transporter  39.62 
 
 		 491 aa  275  9e-73  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000051766  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3200  muropeptide transporter  39.62 
 
 		 491 aa  275  9e-73  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00206592  hitchhiker  0.000120766 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3113  major facilitator transporter  37.17 
 
 		 476 aa  275  1.0000000000000001e-72  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00384  muropeptide transporter  39.62 
 
 		 491 aa  275  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000202049  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00388  hypothetical protein  39.62 
 
 		 491 aa  275  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000464324  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0329  major facilitator transporter  39.86 
 
 		 478 aa  274  2.0000000000000002e-72  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3239  muropeptide transporter  40.48 
 
 		 492 aa  273  3e-72  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.83474  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0154  muropeptide transporter  41.18 
 
 		 426 aa  273  6e-72  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.679367  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2483  major facilitator transporter  42.38 
 
 		 411 aa  272  1e-71  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4520  major facilitator superfamily MFS_1  38.57 
 
 		 504 aa  271  1e-71  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.623775  normal  0.239632 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0199  major facilitator superfamily transporter  41.56 
 
 		 447 aa  271  1e-71  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.723346  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0900  muropeptide transporter  38.89 
 
 		 491 aa  271  1e-71  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00841123  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0516  major facilitator transporter  41.04 
 
 		 441 aa  270  4e-71  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1091  muropeptide transporter  39.61 
 
 		 492 aa  270  4e-71  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00000207294  hitchhiker  0.00000512549 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1044  muropeptide transporter  39.33 
 
 		 495 aa  269  8.999999999999999e-71  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0385615  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3114  major facilitator transporter  39.77 
 
 		 475 aa  268  2e-70  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4038  major facilitator transporter  39.28 
 
 		 482 aa  267  4e-70  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.549121  normal  0.182505 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4408  major facilitator superfamily MFS_1  39.04 
 
 		 482 aa  265  1e-69  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2009  major facilitator transporter  39.12 
 
 		 415 aa  265  1e-69  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.872827  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1726  major facilitator superfamily MFS_1  39.22 
 
 		 417 aa  263  4e-69  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.299438  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2679  major facilitator transporter  37.9 
 
 		 465 aa  263  4e-69  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000459278 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0624  major facilitator transporter  39.66 
 
 		 461 aa  262  8.999999999999999e-69  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.471905  normal  0.556428 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0547  muropeptide transporter  39.86 
 
 		 491 aa  261  1e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.283527  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0503  muropeptide transporter  39.86 
 
 		 491 aa  261  1e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000985164  normal  0.643991 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0214  major facilitator superfamily MFS_1  40.83 
 
 		 444 aa  262  1e-68  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.131109  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0209  major facilitator transporter  39.96 
 
 		 466 aa  261  1e-68  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.810291 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0492  muropeptide transporter  39.86 
 
 		 493 aa  261  1e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00144184  decreased coverage  0.00023941 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0484  muropeptide transporter  39.86 
 
 		 493 aa  262  1e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000603755  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0486  muropeptide transporter  39.86 
 
 		 491 aa  261  2e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00924697  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0059  major facilitator transporter  37.5 
 
 		 464 aa  260  3e-68  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.955073  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0320  ampG protein, putative  42.82 
 
 		 409 aa  259  6e-68  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4390  major facilitator superfamily (MFS)muropeptide transporter  37.66 
 
 		 464 aa  255  1.0000000000000001e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1218  major facilitator superfamily MFS_1  39.04 
 
 		 425 aa  255  1.0000000000000001e-66  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.8639  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0191  muropeptide transporter  40 
 
 		 419 aa  254  3e-66  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.10028  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0253  putative transport transmembrane protein  37.01 
 
 		 462 aa  251  2e-65  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2143  major facilitator transporter  37.75 
 
 		 450 aa  251  2e-65  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0146  muropeptide transporter  40 
 
 		 426 aa  251  2e-65  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.802826 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0276  major facilitator superfamily transporter  40.1 
 
 		 449 aa  251  2e-65  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.800927  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2276  major facilitator superfamily MFS_1  42.09 
 
 		 416 aa  250  4e-65  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2288  major facilitator transporter  39.37 
 
 		 468 aa  250  5e-65  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0333  major facilitator superfamily MFS_1  37.39 
 
 		 464 aa  249  6e-65  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0375  major facilitator superfamily muropeptide transporter  37.33 
 
 		 437 aa  249  9e-65  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0180  major facilitator transporter  37.33 
 
 		 437 aa  249  9e-65  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.277448  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0190  major facilitator transporter  37.33 
 
 		 437 aa  249  9e-65  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2881  muropeptide transporter  37.62 
 
 		 489 aa  248  1e-64  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.457618  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3244  AmpG-related permease  37.33 
 
 		 437 aa  247  3e-64  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7099  major facilitator superfamily MFS_1  37.1 
 
 		 447 aa  247  3e-64  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.835982  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2905  AmpG-related permease  37.33 
 
 		 437 aa  247  3e-64  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2184  AmpG-related permease  37.33 
 
 		 437 aa  247  3e-64  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.452697  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3443  AmpG-related permease  37.33 
 
 		 437 aa  247  3e-64  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0155  AmpG-related permease  37.78 
 
 		 437 aa  245  9.999999999999999e-64  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0814  putative permease  33.98 
 
 		 424 aa  244  3e-63  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3072  muropeptide transporter  39.26 
 
 		 489 aa  243  3.9999999999999997e-63  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000553099  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6531  major facilitator transporter  36.43 
 
 		 443 aa  241  2e-62  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.118713  normal  0.219837 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2584  major facilitator superfamily transporter  35.89 
 
 		 439 aa  241  2.9999999999999997e-62  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.11871  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0110  major facilitator superfamily MFS_1  37.94 
 
 		 452 aa  241  2.9999999999999997e-62  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0140571  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002702  AmpG permease  36.5 
 
 		 450 aa  239  5e-62  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0296  AmpG protein  37.06 
 
 		 457 aa  240  5e-62  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0367426 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0223  major facilitator transporter  35.38 
 
 		 461 aa  239  6.999999999999999e-62  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3117  major facilitator transporter  36.4 
 
 		 473 aa  239  8e-62  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>