More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_2439 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007005  Psyr_2439  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  100 
 
 
310 aa  614  1e-175  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0447037  decreased coverage  0.00027848 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2706  mannitol ABC transporter, permease protein  97.42 
 
 
310 aa  550  1e-156  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.012271  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2639  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  86.13 
 
 
308 aa  536  1e-151  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.350299  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4469  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  84.39 
 
 
311 aa  524  1e-148  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34410  putative binding-protein-dependent maltose/mannitol transport protein  84.19 
 
 
310 aa  510  1e-143  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00217456  normal  0.463026 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2924  putative binding-protein-dependent maltose/mannitol transport protein  89.05 
 
 
309 aa  507  1e-142  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0709958  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2040  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  83.17 
 
 
307 aa  507  1e-142  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27390  mannitol ABC transporter permease protein  71.7 
 
 
325 aa  431  1e-120  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1093  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  68.35 
 
 
286 aa  372  1e-102  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.239018  normal  0.0123754 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1036  mannitol ABC transporter, permease protein  61.38 
 
 
314 aa  367  1e-100  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0877  putative sorbitol/mannitol ABC transporter, permease protein  61.72 
 
 
318 aa  367  1e-100  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.441713  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0334  maltose/mannitol ABC transporter, permease protein, putative  61.38 
 
 
314 aa  367  1e-100  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0139717  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0873  putative sorbitol/mannitol ABC transporter, permease protein  61.38 
 
 
318 aa  367  1e-100  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2466  putative sorbitol/mannitol ABC transporter, permease protein  61.38 
 
 
318 aa  366  1e-100  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0080  putative sorbitol/mannitol ABC transporter, permease protein  61.38 
 
 
318 aa  366  1e-100  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.103806  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0632  putative sorbitol/mannitol ABC transporter, permease protein  61.38 
 
 
318 aa  366  1e-100  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.438279  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3568  ABC transporter membrane spanning protein (sorbitol/mannitol)  65.7 
 
 
290 aa  364  1e-99  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.550263  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0696  mannitol ABC transporter, permease protein  61.4 
 
 
369 aa  363  3e-99  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2143  transmembrane ABC transporter protein  58.94 
 
 
317 aa  362  4e-99  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00783328  normal 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3794  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.82 
 
 
301 aa  358  6e-98  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.621653  normal  0.929983 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0491  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.18 
 
 
312 aa  357  1e-97  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00343204  hitchhiker  0.00192214 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5595  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.5 
 
 
297 aa  355  6e-97  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.475488  normal  0.36412 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4324  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.5 
 
 
291 aa  353  2e-96  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5925  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  58.9 
 
 
317 aa  353  3e-96  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.463654  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.82 
 
 
315 aa  353  3e-96  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0123857  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2510  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.82 
 
 
315 aa  352  5e-96  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00397469  normal  0.324335 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1984  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.25 
 
 
317 aa  350  1e-95  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0845321  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2618  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.25 
 
 
317 aa  350  1e-95  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.961229  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0137  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.72 
 
 
290 aa  350  1e-95  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.905648 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2594  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.25 
 
 
317 aa  350  1e-95  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0219173  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3751  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.65 
 
 
293 aa  350  2e-95  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.423035  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3449  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.65 
 
 
290 aa  350  2e-95  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0703  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.28 
 
 
315 aa  348  9e-95  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.635163 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1109  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.09 
 
 
285 aa  346  3e-94  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2462  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.65 
 
 
290 aa  345  6e-94  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.437646 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0916  putative ABC transporter, permease protein  62.45 
 
 
290 aa  345  8e-94  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.22975  normal  0.393426 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2357  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.73 
 
 
290 aa  342  5e-93  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4180  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.9 
 
 
289 aa  341  7e-93  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0118474  normal  0.664042 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0849  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.58 
 
 
314 aa  341  9e-93  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.194278  normal  0.178354 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3778  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.01 
 
 
290 aa  337  1e-91  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0634  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.03 
 
 
295 aa  335  8e-91  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.258471  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3170  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.45 
 
 
286 aa  333  2e-90  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0538485  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0721  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  59.18 
 
 
311 aa  333  2e-90  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00664155  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3245  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.5 
 
 
311 aa  333  3e-90  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00695596  normal  0.812963 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4977  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.15 
 
 
302 aa  328  7e-89  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.258427  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1682  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.73 
 
 
290 aa  328  7e-89  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0092  ABC sorbitol/mannitol transporter, inner membrane subunit  60.29 
 
 
290 aa  318  5e-86  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.407118  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1728  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.29 
 
 
290 aa  318  5e-86  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4844  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.73 
 
 
290 aa  314  1e-84  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.994176 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2903  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.36 
 
 
288 aa  310  2e-83  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.199825 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3853  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.75 
 
 
305 aa  308  9e-83  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0430  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.83 
 
 
288 aa  305  9e-82  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.739674  normal  0.919336 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4117  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.95 
 
 
290 aa  298  6e-80  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0492865  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0973  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.43 
 
 
288 aa  291  9e-78  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.193338 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0890  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.77 
 
 
280 aa  288  8e-77  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2059  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.52 
 
 
302 aa  277  1e-73  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.579976 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0157  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50 
 
 
305 aa  263  3e-69  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.29092 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2869  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.86 
 
 
308 aa  263  3e-69  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0460  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.55 
 
 
303 aa  257  1e-67  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.131912  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4442  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.14 
 
 
325 aa  199  5e-50  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0640685 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4356  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.14 
 
 
325 aa  199  5e-50  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4736  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.82 
 
 
325 aa  195  1e-48  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.465558  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4000  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.23 
 
 
318 aa  182  9e-45  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.224944  normal  0.135837 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1712  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.04 
 
 
322 aa  165  9e-40  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.637102 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2795  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
328 aa  155  1e-36  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.647188  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0302  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.81 
 
 
323 aa  148  1e-34  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0921985  normal  0.0948111 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0645  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.11 
 
 
309 aa  140  3e-32  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000282921  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1261  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  31.25 
 
 
298 aa  138  1e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.196832  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5308  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.94 
 
 
294 aa  135  1e-30  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.296032  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0488  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.75 
 
 
302 aa  134  3e-30  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0670  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.36 
 
 
294 aa  133  3e-30  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3776  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.53 
 
 
286 aa  129  5e-29  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.771132  normal  0.363599 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1755  ABC transporter permease  31.82 
 
 
312 aa  129  5e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.576454  normal  0.392142 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1681  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.74 
 
 
316 aa  127  3e-28  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.130846  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5739  ABC transporter permease  27.64 
 
 
318 aa  124  2e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.184804 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2623  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.42 
 
 
287 aa  124  2e-27  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3686  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.04 
 
 
310 aa  123  3e-27  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0480  glycerol-3-phosphate ABC transporter, permease  29.07 
 
 
310 aa  123  4e-27  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4735  putative glycerol-3-phosphate ABC transporter, permease protein  28.75 
 
 
310 aa  123  4e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0604  putative glycerol-3-phosphate ABC transporter, permease protein  28.75 
 
 
310 aa  123  4e-27  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0623  putative glycerol-3-phosphate ABC transporter, permease protein  29.07 
 
 
310 aa  123  4e-27  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4774  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.74 
 
 
289 aa  123  5e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.808754 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1501  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.39 
 
 
304 aa  122  5e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.707606 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3593  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.74 
 
 
289 aa  123  5e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5509  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.74 
 
 
289 aa  123  5e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.438366  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0481  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.99 
 
 
310 aa  122  6e-27  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0478  glycerol-3-phosphate ABC transporter, permease  29.07 
 
 
310 aa  122  6e-27  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2015  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.64 
 
 
312 aa  122  7e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.514921  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4157  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
289 aa  122  7e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2292  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.45 
 
 
306 aa  122  8e-27  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0940  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  34.35 
 
 
289 aa  121  1e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.298922 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2501  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.99 
 
 
312 aa  121  1e-26  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6533  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.75 
 
 
292 aa  120  2e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.824779  normal  0.0156091 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0567  glycerol-3-phosphate ABC transporter permease protein  28.75 
 
 
310 aa  121  2e-26  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2419  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.89 
 
 
286 aa  121  2e-26  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.235933  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5199  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.91 
 
 
312 aa  121  2e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0867066 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0536  glycerol-3-phosphate ABC transporter permease  28.75 
 
 
310 aa  121  2e-26  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2464  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.89 
 
 
286 aa  121  2e-26  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.80505  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3241  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.03 
 
 
290 aa  120  2e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2458  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.89 
 
 
286 aa  121  2e-26  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.524108  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>