86 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2028 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010322  PputGB1_2028  hypothetical protein  100 
 
 
135 aa  275  2e-73  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3521  hypothetical protein  61.54 
 
 
136 aa  167  4e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.396939  normal  0.380766 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3426  hypothetical protein  58.21 
 
 
138 aa  164  3e-40  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0586777  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5078  hypothetical protein  55.97 
 
 
138 aa  159  8e-39  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4716  hypothetical protein  55.97 
 
 
138 aa  159  8e-39  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1831  XoxI  57.46 
 
 
138 aa  160  8e-39  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  3.6824e-06  normal  0.167338 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3414  hypothetical protein  55.97 
 
 
138 aa  158  3e-38  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00102667  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3117  hypothetical protein  55.22 
 
 
138 aa  156  1e-37  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6553  hypothetical protein  58.65 
 
 
138 aa  156  1e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.476808 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3211  hypothetical protein  56.06 
 
 
138 aa  155  2e-37  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3464  hypothetical protein  56.06 
 
 
138 aa  155  2e-37  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.21504  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3430  hypothetical protein  56.06 
 
 
138 aa  155  2e-37  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3189  hypothetical protein  56.06 
 
 
138 aa  155  2e-37  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5705  hypothetical protein  57.89 
 
 
138 aa  154  3e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6069  hypothetical protein  57.89 
 
 
138 aa  154  3e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.724335 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3442  hypothetical protein  53.73 
 
 
138 aa  152  1e-36  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2543  hypothetical protein  43.94 
 
 
158 aa  104  5e-22  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0127  hypothetical protein  42.15 
 
 
157 aa  103  1e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.388571  normal  0.0306658 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1085  hypothetical protein  44.17 
 
 
161 aa  99  2e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16740  hypothetical protein  39.69 
 
 
138 aa  98.2  3e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0136684  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1028  hypothetical protein  44.35 
 
 
157 aa  95.5  2e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2544  hypothetical protein  40.17 
 
 
157 aa  82  2e-15  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2419  MxaD protein  39.52 
 
 
168 aa  80.9  5e-15  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0515899  normal  0.905694 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4813  hypothetical protein  34.03 
 
 
145 aa  79.7  1e-14  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.964895  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3046  MxaD protein  36.92 
 
 
181 aa  79.3  2e-14  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.742895  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3994  hypothetical protein  38.69 
 
 
140 aa  78.6  2e-14  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0672627  normal  0.158861 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3357  hypothetical protein  37.01 
 
 
164 aa  79.3  2e-14  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0195  hypothetical protein  36.3 
 
 
183 aa  75.1  3e-13  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.32187 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4385  hypothetical protein  34.97 
 
 
187 aa  74.7  4e-13  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.190463  normal  0.207076 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3014  MxaD protein  36.72 
 
 
173 aa  74.3  5e-13  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.872014  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4407  hypothetical protein  31.69 
 
 
144 aa  69.7  1e-11  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1841  Polyketide cyclase/dehydrase  33.33 
 
 
144 aa  70.1  1e-11  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.679614  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0939  hypothetical protein  30.89 
 
 
166 aa  69.3  2e-11  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2125  MxaD gene product  30.66 
 
 
176 aa  69.3  2e-11  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0541429  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2463  hypothetical protein  35.46 
 
 
143 aa  68.2  4e-11  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00011136  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0938  hypothetical protein  33.86 
 
 
168 aa  66.2  1e-10  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.265623  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3114  MxaD protein  35.71 
 
 
178 aa  66.2  1e-10  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8030  MxaD protein, putative  33.57 
 
 
177 aa  65.9  2e-10  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.816578  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2381  MxaD gene product  36.19 
 
 
175 aa  65.1  3e-10  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.1214  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0789  MxaD protein, putative  30.37 
 
 
174 aa  63.5  9e-10  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.28208  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4140  MxaD protein, putative  29.93 
 
 
176 aa  62  2e-09  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.809932  normal  0.962091 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0481  MxaD protein, putative  40.59 
 
 
176 aa  62  2e-09  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4200  MxaD protein, putative  30.94 
 
 
184 aa  61.6  3e-09  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.240812  normal  0.311145 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4508  MxaD protein, putative  29.93 
 
 
176 aa  62  3e-09  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.633889 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0030  hypothetical protein  35.56 
 
 
178 aa  61.2  4e-09  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.639548  normal  0.937966 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1659  MxaD protein  34.68 
 
 
162 aa  61.2  5e-09  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.332339  normal  0.0308895 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4622  MxaD protein, putative  29.93 
 
 
177 aa  60.8  6e-09  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.886356  normal  0.800288 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2010  hypothetical protein  31.91 
 
 
146 aa  59.7  1e-08  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.132855  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2105  hypothetical protein  31.91 
 
 
146 aa  59.7  1e-08  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0756  hypothetical protein  31.91 
 
 
146 aa  59.7  1e-08  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.299244  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0592  hypothetical protein  31.91 
 
 
146 aa  59.7  1e-08  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0702  hypothetical protein  31.91 
 
 
146 aa  59.7  1e-08  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1657  hypothetical protein  31.91 
 
 
146 aa  59.7  1e-08  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.383566  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0024  hypothetical protein  31.94 
 
 
183 aa  59.3  2e-08  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0519  hypothetical protein  31.21 
 
 
146 aa  59.3  2e-08  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4812  hypothetical protein  27.13 
 
 
147 aa  55.1  3e-07  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1790  conserved hypothetical protein; putative signal peptide  25.36 
 
 
176 aa  54.7  5e-07  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.859721  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5323  putative signal peptide  29.93 
 
 
179 aa  53.9  7e-07  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.168368  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1917  MxaD protein, putative  31.68 
 
 
176 aa  53.9  8e-07  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.740927  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5019  putative signal peptide  31.06 
 
 
179 aa  53.1  1e-06  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00550365 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0625  hypothetical protein  29.66 
 
 
144 aa  53.1  1e-06  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2174  putative signal peptide  26.62 
 
 
176 aa  53.1  1e-06  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.533074  normal  0.499891 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1839  putative signal peptide  26.62 
 
 
176 aa  53.1  1e-06  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0882  hypothetical protein  28.37 
 
 
146 aa  52.4  2e-06  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.479556  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0851  hypothetical protein  34.82 
 
 
185 aa  52.4  2e-06  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2981  hypothetical protein  30.14 
 
 
149 aa  51.2  4e-06  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5458  hypothetical protein  24.29 
 
 
158 aa  49.7  1e-05  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2160  hypothetical protein  31.58 
 
 
181 aa  49.3  2e-05  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0102  hypothetical protein  32.56 
 
 
142 aa  48.9  2e-05  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2858  hypothetical protein  33.33 
 
 
142 aa  47.4  7e-05  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0125  hypothetical protein  29.79 
 
 
155 aa  46.2  0.0001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.84994  normal  0.900283 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5012  hypothetical protein  28.57 
 
 
159 aa  46.2  0.0002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0536098 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0540  hypothetical protein  27.64 
 
 
145 aa  43.5  0.0009  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1056  hypothetical protein  27.64 
 
 
145 aa  43.5  0.0009  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0967482  normal  0.03281 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0601  hypothetical protein  27.64 
 
 
145 aa  43.5  0.0009  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0427524  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0826  hypothetical protein  26.98 
 
 
141 aa  43.5  0.001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.229535  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9280  hypothetical protein  23.7 
 
 
135 aa  42.7  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2761  hypothetical protein  26.03 
 
 
143 aa  42.4  0.002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.264134  normal  0.221278 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1840  hypothetical protein  31.63 
 
 
177 aa  42.4  0.002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1923  hypothetical protein  25.49 
 
 
159 aa  42.4  0.002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.540615 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2175  hypothetical protein  30.61 
 
 
177 aa  41.6  0.004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.286876  normal  0.507077 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2108  hypothetical protein  24.37 
 
 
155 aa  41.6  0.004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.845076  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2519  hypothetical protein  36.49 
 
 
145 aa  40.8  0.006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.242712  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1819  MxaD protein, putative  30.77 
 
 
195 aa  40.8  0.007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3003  MxaD protein, putative  33.03 
 
 
177 aa  40.8  0.007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0105582  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0713  hypothetical protein  26.06 
 
 
153 aa  40  0.01  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>