50 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3880 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_3880  chorismate mutase  100 
 
 		 116 aa  233  5.0000000000000005e-61  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.367176  normal  0.891954 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2606  chorismate mutase  81.25 
 
 		 102 aa  159  8.000000000000001e-39  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.427343  normal  0.0121912 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1049  chorismate mutase  80.61 
 
 		 99 aa  159  1e-38  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.456513  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2710  chorismate mutase  79.8 
 
 		 99 aa  159  1e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.719316  normal  0.0295757 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0180  chorismate mutase  82.65 
 
 		 98 aa  153  9e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0750  chorismate mutase  72.45 
 
 		 98 aa  147  5e-35  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0349  chorismate mutase  72.45 
 
 		 98 aa  145  1.0000000000000001e-34  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.365009  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_14790  chorismate mutase  58.93 
 
 		 129 aa  121  4e-27  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.165725  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0060  chorismate mutase  64.13 
 
 		 114 aa  120  8e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.352497  hitchhiker  0.00833168 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3751  chorismate mutase  62.77 
 
 		 106 aa  117  4.9999999999999996e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.286554  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2451  chorismate mutase  58.1 
 
 		 135 aa  116  9e-26  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000228493 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4074  chorismate mutase  61.7 
 
 		 106 aa  116  9.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3096  chorismate mutase  64.71 
 
 		 111 aa  115  1.9999999999999998e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.608239  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2720  chorismate mutase  67.9 
 
 		 147 aa  113  7.999999999999999e-25  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.50851  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0513  chorismate mutase  66.27 
 
 		 95 aa  113  1.0000000000000001e-24  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.575321 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4204  chorismate mutase  63.53 
 
 		 110 aa  112  2.0000000000000002e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.47894  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1396  chorismate mutase  65.88 
 
 		 104 aa  112  2.0000000000000002e-24  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_09580  chorismate mutase  62.5 
 
 		 120 aa  109  1.0000000000000001e-23  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1078  chorismate mutase  59.57 
 
 		 103 aa  107  4.0000000000000004e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0126644  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2595  chorismate mutase  65.06 
 
 		 107 aa  107  5e-23  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7204  chorismate mutase  58.59 
 
 		 105 aa  107  7.000000000000001e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.341028  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24350  monofunctional chorismate mutase  52.73 
 
 		 141 aa  106  1e-22  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.536021  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3340  chorismate mutase  65 
 
 		 108 aa  105  2e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.113481  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1352  chorismate mutase  60.71 
 
 		 96 aa  105  2e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.926443  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0663  chorismate mutase  62.35 
 
 		 115 aa  104  4e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0770622 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0652  chorismate mutase  62.35 
 
 		 115 aa  104  4e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0670145  normal  0.113986 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0631  chorismate mutase  64.2 
 
 		 115 aa  104  5e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.485034 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3617  chorismate mutase  60.24 
 
 		 110 aa  103  9e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00766482 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3447  chorismate mutase  59.04 
 
 		 94 aa  100  8e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.734851  normal  0.21213 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1123  chorismate mutase  63.29 
 
 		 114 aa  99.4  2e-20  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0958  chorismate mutase  50 
 
 		 119 aa  97.1  7e-20  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.993568 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0026  chorismate mutase  60.26 
 
 		 96 aa  96.7  9e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.630084  normal  0.0206275 
 
 
-
 
NC_004310  BR1825  chorismate mutase  57.45 
 
 		 104 aa  96.3  1e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1757  chorismate mutase  57.45 
 
 		 104 aa  96.3  1e-19  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1199  chorismate mutase  46.67 
 
 		 129 aa  80.1  0.000000000000009  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0113  chorismate mutase  39.6 
 
 		 113 aa  74.3  0.0000000000005  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4585  chorismate mutase related enzymes  31.25 
 
 		 97 aa  53.1  0.000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0461  chorismate mutase/prephenate dehydratase  38.46 
 
 		 358 aa  50.8  0.000006  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.123975  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0438  prephenate dehydratase / chorismate mutase  35.38 
 
 		 358 aa  48.5  0.00003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000533391  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0521  chorismate mutase  33.33 
 
 		 99 aa  47.8  0.00005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_404  chorismate mutase / prephenate dehydratase  35.38 
 
 		 358 aa  47.4  0.00006  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000273444  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0808  chorismate mutase  35.53 
 
 		 333 aa  45.8  0.0002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.0594729  normal  0.450237 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1345  prephenate dehydratase  36.21 
 
 		 379 aa  43.1  0.001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0793  chorismate mutase  37.1 
 
 		 374 aa  43.1  0.001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  5.66734e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01713  chorismate mutase/prephenate dehydratase  29.63 
 
 		 393 aa  42.7  0.002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.342812  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2907  Chorismate mutase  35.48 
 
 		 112 aa  42.4  0.002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000358105  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3094  phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase  33.75 
 
 		 475 aa  42.4  0.002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.307275  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0235  chorismate mutase/prephenate dehydratase  30.23 
 
 		 391 aa  41.2  0.004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1139  chorismate mutase  27.16 
 
 		 108 aa  40.4  0.009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.522403  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1589  transcription termination factor NusA  34.92 
 
 		 359 aa  40.4  0.009  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>