50 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0113 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_0113  chorismate mutase  100 
 
 		 113 aa  231  2.0000000000000002e-60  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1199  chorismate mutase  56.36 
 
 		 129 aa  122  2e-27  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24350  monofunctional chorismate mutase  54.22 
 
 		 141 aa  96.3  1e-19  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.536021  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0958  chorismate mutase  41.67 
 
 		 119 aa  94  6e-19  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.993568 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1123  chorismate mutase  46.07 
 
 		 114 aa  90.9  6e-18  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0652  chorismate mutase  48.84 
 
 		 115 aa  87.8  5e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0670145  normal  0.113986 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0663  chorismate mutase  48.84 
 
 		 115 aa  87.8  5e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0770622 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0631  chorismate mutase  48.84 
 
 		 115 aa  87.4  6e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.485034 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3617  chorismate mutase  47.73 
 
 		 110 aa  85.5  2e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00766482 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1078  chorismate mutase  46.59 
 
 		 103 aa  84.7  4e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0126644  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0513  chorismate mutase  48.75 
 
 		 95 aa  84.3  4e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.575321 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_09580  chorismate mutase  46.34 
 
 		 120 aa  83.6  8e-16  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2595  chorismate mutase  42.11 
 
 		 107 aa  82.8  0.000000000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1396  chorismate mutase  41.67 
 
 		 104 aa  80.1  0.000000000000008  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3096  chorismate mutase  42.53 
 
 		 111 aa  79  0.00000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.608239  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0026  chorismate mutase  43.53 
 
 		 96 aa  79  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.630084  normal  0.0206275 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4074  chorismate mutase  45.68 
 
 		 106 aa  78.6  0.00000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3751  chorismate mutase  45.68 
 
 		 106 aa  78.6  0.00000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.286554  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0060  chorismate mutase  45 
 
 		 114 aa  75.9  0.0000000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.352497  hitchhiker  0.00833168 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1757  chorismate mutase  45.88 
 
 		 104 aa  75.5  0.0000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3447  chorismate mutase  44.32 
 
 		 94 aa  75.9  0.0000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.734851  normal  0.21213 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7204  chorismate mutase  41.57 
 
 		 105 aa  75.5  0.0000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.341028  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3340  chorismate mutase  48.15 
 
 		 108 aa  75.9  0.0000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.113481  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1825  chorismate mutase  45.88 
 
 		 104 aa  75.5  0.0000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0349  chorismate mutase  39.8 
 
 		 98 aa  74.7  0.0000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.365009  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3880  chorismate mutase  39.6 
 
 		 116 aa  74.3  0.0000000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.367176  normal  0.891954 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_14790  chorismate mutase  36.19 
 
 		 129 aa  73.6  0.0000000000009  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.165725  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0180  chorismate mutase  40.24 
 
 		 98 aa  70.9  0.000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1049  chorismate mutase  40.24 
 
 		 99 aa  70.5  0.000000000007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.456513  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1352  chorismate mutase  42.17 
 
 		 96 aa  70.5  0.000000000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.926443  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2710  chorismate mutase  40.24 
 
 		 99 aa  70.5  0.000000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.719316  normal  0.0295757 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2451  chorismate mutase  40.48 
 
 		 135 aa  70.1  0.000000000009  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000228493 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0750  chorismate mutase  41.76 
 
 		 98 aa  69.7  0.00000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2720  chorismate mutase  39.53 
 
 		 147 aa  69.3  0.00000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.50851  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4204  chorismate mutase  38.82 
 
 		 110 aa  68.6  0.00000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.47894  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2606  chorismate mutase  39.02 
 
 		 102 aa  66.6  0.0000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.427343  normal  0.0121912 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0808  chorismate mutase  35.44 
 
 		 333 aa  51.2  0.000004  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.0594729  normal  0.450237 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0793  chorismate mutase  31.71 
 
 		 374 aa  47.4  0.00007  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  5.66734e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0546  class I/II aminotransferase  33.77 
 
 		 456 aa  45.4  0.0002  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0521  chorismate mutase  37.1 
 
 		 99 aa  44.7  0.0005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0438  prephenate dehydratase / chorismate mutase  29.11 
 
 		 358 aa  44.3  0.0005  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000533391  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0905  Prephenate dehydratase  32.93 
 
 		 386 aa  43.1  0.001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000000067938  hitchhiker  0.00000000600467 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01712  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  34.92 
 
 		 384 aa  42.7  0.002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.149825  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1590  chorismate mutase  32.86 
 
 		 399 aa  42.7  0.002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1146  hypothetical protein  45.45 
 
 		 90 aa  42.4  0.002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0377196  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0880  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  33.33 
 
 		 373 aa  41.6  0.004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.404976  normal  0.139237 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1904  prephenate dehydratase  32.05 
 
 		 372 aa  41.6  0.004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0916421  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_404  chorismate mutase / prephenate dehydratase  29.51 
 
 		 358 aa  40.8  0.006  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000273444  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0654  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  31.88 
 
 		 377 aa  40.8  0.006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1269  phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase  36.21 
 
 		 358 aa  40.4  0.009  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>