69 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0349 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_0349  chorismate mutase  100 
 
 		 98 aa  197  3.9999999999999996e-50  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.365009  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0750  chorismate mutase  73.47 
 
 		 98 aa  155  2e-37  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3880  chorismate mutase  72.45 
 
 		 116 aa  145  1.0000000000000001e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.367176  normal  0.891954 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2606  chorismate mutase  72.92 
 
 		 102 aa  145  2.0000000000000003e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.427343  normal  0.0121912 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1049  chorismate mutase  72.45 
 
 		 99 aa  141  4e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.456513  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2710  chorismate mutase  71.43 
 
 		 99 aa  139  9.999999999999999e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.719316  normal  0.0295757 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0180  chorismate mutase  74.23 
 
 		 98 aa  137  4.999999999999999e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3096  chorismate mutase  67.47 
 
 		 111 aa  115  1.9999999999999998e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.608239  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4074  chorismate mutase  64.29 
 
 		 106 aa  115  3e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3751  chorismate mutase  64.29 
 
 		 106 aa  115  3e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.286554  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_09580  chorismate mutase  61.54 
 
 		 120 aa  112  2.0000000000000002e-24  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0060  chorismate mutase  59.14 
 
 		 114 aa  112  2.0000000000000002e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.352497  hitchhiker  0.00833168 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0513  chorismate mutase  64.29 
 
 		 95 aa  112  2.0000000000000002e-24  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.575321 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4204  chorismate mutase  64.71 
 
 		 110 aa  109  1.0000000000000001e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.47894  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3447  chorismate mutase  59.09 
 
 		 94 aa  109  1.0000000000000001e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.734851  normal  0.21213 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1352  chorismate mutase  61.36 
 
 		 96 aa  108  2.0000000000000002e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.926443  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2720  chorismate mutase  68.35 
 
 		 147 aa  107  7.000000000000001e-23  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.50851  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_14790  chorismate mutase  68.35 
 
 		 129 aa  107  8.000000000000001e-23  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.165725  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2451  chorismate mutase  67.09 
 
 		 135 aa  105  2e-22  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000228493 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0663  chorismate mutase  61.45 
 
 		 115 aa  103  5e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0770622 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0631  chorismate mutase  61.45 
 
 		 115 aa  103  6e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.485034 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0652  chorismate mutase  61.45 
 
 		 115 aa  103  6e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0670145  normal  0.113986 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3617  chorismate mutase  60.24 
 
 		 110 aa  102  2e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00766482 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1078  chorismate mutase  56.38 
 
 		 103 aa  102  2e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0126644  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1396  chorismate mutase  63.86 
 
 		 104 aa  102  2e-21  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7204  chorismate mutase  61.45 
 
 		 105 aa  101  3e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.341028  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2595  chorismate mutase  56.99 
 
 		 107 aa  100  5e-21  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3340  chorismate mutase  58.62 
 
 		 108 aa  100  7e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.113481  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0026  chorismate mutase  60.76 
 
 		 96 aa  100  7e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.630084  normal  0.0206275 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1757  chorismate mutase  62.03 
 
 		 104 aa  94.4  5e-19  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1825  chorismate mutase  62.03 
 
 		 104 aa  94.4  5e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1123  chorismate mutase  57.5 
 
 		 114 aa  93.6  9e-19  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0958  chorismate mutase  53.75 
 
 		 119 aa  90.1  1e-17  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.993568 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24350  monofunctional chorismate mutase  52.56 
 
 		 141 aa  87.4  6e-17  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.536021  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0113  chorismate mutase  39.8 
 
 		 113 aa  74.7  0.0000000000003  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1199  chorismate mutase  41.25 
 
 		 129 aa  67.4  0.00000000006  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4585  chorismate mutase related enzymes  32.47 
 
 		 97 aa  50.4  0.000009  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01712  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  34.94 
 
 		 384 aa  48.5  0.00003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.149825  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0668  isochorismate-pyruvate lyase  30.34 
 
 		 101 aa  45.8  0.0002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.444426  normal  0.627542 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0521  chorismate mutase  28 
 
 		 99 aa  45.1  0.0004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1832  isochorismate-pyruvate lyase  32.94 
 
 		 101 aa  45.1  0.0004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.46106  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1588  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  35.37 
 
 		 375 aa  43.9  0.0007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0461  chorismate mutase/prephenate dehydratase  37.5 
 
 		 358 aa  43.5  0.001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.123975  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0870  isochorismate-pyruvate lyase  29.67 
 
 		 102 aa  43.1  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.71104  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0438  prephenate dehydratase / chorismate mutase  35.94 
 
 		 358 aa  43.5  0.001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000533391  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0654  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  31.17 
 
 		 377 aa  42.4  0.002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0793  chorismate mutase  38.46 
 
 		 374 aa  42.7  0.002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  5.66734e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_404  chorismate mutase / prephenate dehydratase  35.94 
 
 		 358 aa  42.7  0.002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000273444  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0880  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  32.88 
 
 		 373 aa  42.7  0.002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.404976  normal  0.139237 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0782  isochorismate-pyruvate lyase  31.76 
 
 		 101 aa  42.4  0.002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0872  isochorismate-pyruvate lyase  31.76 
 
 		 101 aa  42.4  0.002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1512  DAHP synthetase I/KDSA  29.76 
 
 		 379 aa  42  0.003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.659236 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1589  transcription termination factor NusA  36.67 
 
 		 359 aa  41.6  0.003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2146  isochorismate-pyruvate lyase  30.59 
 
 		 101 aa  41.6  0.004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  decreased coverage  0.00415541  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01713  chorismate mutase/prephenate dehydratase  33.33 
 
 		 393 aa  41.6  0.004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.342812  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2521  chorismate mutase  31.76 
 
 		 101 aa  41.6  0.004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0316614 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3079  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  31.17 
 
 		 373 aa  41.2  0.005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.394407  normal  0.0294046 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2882  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  32.47 
 
 		 373 aa  40.8  0.006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0721758  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0287  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  38.18 
 
 		 375 aa  40.4  0.007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02489  fused chorismate mutase T/prephenate dehydrogenase  32.47 
 
 		 373 aa  40.4  0.009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.555514  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3839  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  32.47 
 
 		 373 aa  40.4  0.009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00182808  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2757  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  32.47 
 
 		 373 aa  40.4  0.009  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000176639  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2884  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  32.47 
 
 		 373 aa  40.4  0.009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0271953  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1074  chorismate mutase  32.47 
 
 		 373 aa  40.4  0.009  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.134673  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02453  hypothetical protein  32.47 
 
 		 373 aa  40.4  0.009  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.58394  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2987  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  32.47 
 
 		 373 aa  40.4  0.009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000572711  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1083  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  32.47 
 
 		 373 aa  40.4  0.009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.676844  hitchhiker  0.000106918 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2752  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  32.47 
 
 		 373 aa  40.4  0.009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000708785  normal  0.0483395 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3147  bifunctional chorismate mutase/prephenate dehydrogenase  31.17 
 
 		 373 aa  40  0.01  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>