52 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2606 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_2606  chorismate mutase  100 
 
 		 102 aa  204  3e-52  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.427343  normal  0.0121912 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3880  chorismate mutase  81.25 
 
 		 116 aa  159  8.000000000000001e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.367176  normal  0.891954 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1049  chorismate mutase  75.51 
 
 		 99 aa  152  2e-36  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.456513  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2710  chorismate mutase  78.49 
 
 		 99 aa  151  2.9999999999999998e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.719316  normal  0.0295757 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0750  chorismate mutase  71.88 
 
 		 98 aa  147  4e-35  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0349  chorismate mutase  72.92 
 
 		 98 aa  145  2.0000000000000003e-34  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.365009  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0180  chorismate mutase  80.21 
 
 		 98 aa  144  4.0000000000000006e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0060  chorismate mutase  63.22 
 
 		 114 aa  116  9.999999999999999e-26  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.352497  hitchhiker  0.00833168 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0513  chorismate mutase  65.48 
 
 		 95 aa  116  9.999999999999999e-26  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.575321 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3096  chorismate mutase  63.86 
 
 		 111 aa  112  2.0000000000000002e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.608239  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4204  chorismate mutase  63.86 
 
 		 110 aa  111  4.0000000000000004e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.47894  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_14790  chorismate mutase  70.89 
 
 		 129 aa  111  4.0000000000000004e-24  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.165725  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3751  chorismate mutase  59.3 
 
 		 106 aa  109  1.0000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.286554  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4074  chorismate mutase  59.52 
 
 		 106 aa  109  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_09580  chorismate mutase  58.24 
 
 		 120 aa  106  1e-22  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2451  chorismate mutase  65.82 
 
 		 135 aa  105  2e-22  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000228493 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3447  chorismate mutase  56.47 
 
 		 94 aa  105  3e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.734851  normal  0.21213 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7204  chorismate mutase  62.65 
 
 		 105 aa  103  6e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.341028  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2720  chorismate mutase  64.56 
 
 		 147 aa  103  6e-22  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.50851  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0631  chorismate mutase  60.76 
 
 		 115 aa  102  2e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.485034 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1396  chorismate mutase  61.45 
 
 		 104 aa  102  2e-21  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0652  chorismate mutase  59.04 
 
 		 115 aa  102  2e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0670145  normal  0.113986 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0663  chorismate mutase  59.04 
 
 		 115 aa  102  2e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0770622 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1352  chorismate mutase  52.63 
 
 		 96 aa  101  4e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.926443  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2595  chorismate mutase  52.48 
 
 		 107 aa  100  6e-21  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3617  chorismate mutase  58.23 
 
 		 110 aa  98.2  3e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00766482 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1123  chorismate mutase  58.75 
 
 		 114 aa  97.4  6e-20  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0026  chorismate mutase  56.96 
 
 		 96 aa  96.3  1e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.630084  normal  0.0206275 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1078  chorismate mutase  58.23 
 
 		 103 aa  96.7  1e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0126644  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3340  chorismate mutase  60 
 
 		 108 aa  95.5  2e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.113481  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24350  monofunctional chorismate mutase  52.08 
 
 		 141 aa  94.4  4e-19  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.536021  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0958  chorismate mutase  50.53 
 
 		 119 aa  91.3  4e-18  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.993568 
 
 
-
 
NC_004310  BR1825  chorismate mutase  58.23 
 
 		 104 aa  88.6  3e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1757  chorismate mutase  58.23 
 
 		 104 aa  88.6  3e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1199  chorismate mutase  42.22 
 
 		 129 aa  74.7  0.0000000000005  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0113  chorismate mutase  39.02 
 
 		 113 aa  66.6  0.0000000001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4585  chorismate mutase related enzymes  32.5 
 
 		 97 aa  54.3  0.0000006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0521  chorismate mutase  31.46 
 
 		 99 aa  47.4  0.00007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0461  chorismate mutase/prephenate dehydratase  35.38 
 
 		 358 aa  46.6  0.0001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.123975  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1589  transcription termination factor NusA  39.68 
 
 		 359 aa  45.8  0.0002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0438  prephenate dehydratase / chorismate mutase  32.31 
 
 		 358 aa  44.3  0.0006  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000533391  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0793  chorismate mutase  44.07 
 
 		 374 aa  43.9  0.0008  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  5.66734e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2146  isochorismate-pyruvate lyase  32.94 
 
 		 101 aa  43.1  0.001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  decreased coverage  0.00415541  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_404  chorismate mutase / prephenate dehydratase  32.31 
 
 		 358 aa  43.5  0.001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000273444  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1353  chorismate mutase  31.82 
 
 		 95 aa  42.7  0.002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.397236  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1832  isochorismate-pyruvate lyase  32.94 
 
 		 101 aa  42.4  0.002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.46106  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0808  chorismate mutase  32.89 
 
 		 333 aa  42.4  0.002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.0594729  normal  0.450237 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0782  isochorismate-pyruvate lyase  32.94 
 
 		 101 aa  42  0.003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0872  isochorismate-pyruvate lyase  32.94 
 
 		 101 aa  42  0.003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0905  Prephenate dehydratase  28.57 
 
 		 386 aa  41.6  0.004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000000067938  hitchhiker  0.00000000600467 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1666  P-protein  34.92 
 
 		 359 aa  40.8  0.007  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1345  prephenate dehydratase  36.21 
 
 		 379 aa  40.4  0.008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>