47 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_1275 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007498  Pcar_1275  lipopolysaccharide core biosynthesis protein  100 
 
 		 278 aa  575  1.0000000000000001e-163  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2794  lipopolysaccharide kinase  43.6 
 
 		 286 aa  187  2e-46  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.329017  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0318  lipopolysaccharide kinase  43.55 
 
 		 287 aa  185  8e-46  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4859  lipopolysaccharide kinase  39.41 
 
 		 268 aa  182  8.000000000000001e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.59895 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0344  lipopolysaccharide kinase  39.03 
 
 		 268 aa  179  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.048106  normal  0.813701 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0372  lipopolysaccharide kinase  40.48 
 
 		 268 aa  179  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.982942  normal  0.29184 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0369  lipopolysaccharide kinase  38.66 
 
 		 268 aa  179  5.999999999999999e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0468  lipopolysaccharide kinase  39.55 
 
 		 268 aa  179  5.999999999999999e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0582  lipopolysaccharide kinase  41.6 
 
 		 265 aa  178  7e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0422457 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0523  lipopolysaccharide kinase  37.92 
 
 		 268 aa  177  2e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5000  lipopolysaccharide core biosynthesis protein WaaP  37.92 
 
 		 268 aa  176  5e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5744  lipopolysaccharide kinase WaaP  40.96 
 
 		 268 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.867323  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66220  lipopolysaccharide kinase WaaP  40.56 
 
 		 268 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3965  lipopolysaccharide core biosynthesis protein RfaP  41.02 
 
 		 265 aa  172  5e-42  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0509856  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0075  lipopolysaccharide kinase  40.32 
 
 		 265 aa  172  6.999999999999999e-42  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4131  lipopolysaccharide core biosynthesis protein RfaP  40.62 
 
 		 265 aa  172  6.999999999999999e-42  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00183874  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0081  lipopolysaccharide kinase  40.62 
 
 		 265 aa  172  6.999999999999999e-42  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.382008  hitchhiker  0.000743328 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5000  lipopolysaccharide core biosynthesis protein RfaP  40.62 
 
 		 265 aa  172  6.999999999999999e-42  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.120387  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3839  lipopolysaccharide core biosynthesis protein RfaP  40.62 
 
 		 265 aa  171  9e-42  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000421355  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03439  hypothetical protein  40.62 
 
 		 265 aa  171  1e-41  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03487  kinase that phosphorylates core heptose of lipopolysaccharide  40.62 
 
 		 268 aa  171  1e-41  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4055  lipopolysaccharide core biosynthesis protein RfaP  40.23 
 
 		 265 aa  170  3e-41  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44830  Lipopolysaccharide kinase  40.08 
 
 		 271 aa  166  4e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.83472  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4046  lipopolysaccharide core biosynthesis protein RfaP  39.84 
 
 		 265 aa  165  5.9999999999999996e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.710683  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3938  lipopolysaccharide core biosynthesis protein RfaP  39.84 
 
 		 265 aa  165  5.9999999999999996e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4001  lipopolysaccharide core biosynthesis protein  39.84 
 
 		 265 aa  165  5.9999999999999996e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00922523  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4108  lipopolysaccharide core biosynthesis protein  39.84 
 
 		 265 aa  165  5.9999999999999996e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.184564  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3920  lipopolysaccharide core biosynthesis protein RfaP  39.84 
 
 		 265 aa  165  9e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.773448  hitchhiker  0.00444896 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0755  lipopolysaccharide kinase  37.71 
 
 		 278 aa  157  2e-37  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0921452 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1265  putative LPS biosynthesis enzyme  30.89 
 
 		 277 aa  95.5  9e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0901  lipopolysaccharide kinase  32.08 
 
 		 268 aa  84.7  0.000000000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5743  hypothetical protein  26.97 
 
 		 244 aa  56.2  0.0000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.744614  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66210  hypothetical protein  26.56 
 
 		 244 aa  56.2  0.0000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4999  lipopolysaccharide core biosynthesis protein, putative  25.61 
 
 		 244 aa  50.1  0.00004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0371  lipopolysaccharide kinase  27.64 
 
 		 250 aa  49.3  0.00007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.605574  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0346  lipopolysaccharide kinase  27.64 
 
 		 250 aa  49.3  0.00007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0524  lipopolysaccharide kinase  25.91 
 
 		 244 aa  49.3  0.00008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0469  lipopolysaccharide core biosynthesis protein, putative  26.73 
 
 		 244 aa  47  0.0003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.365356  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0345  lipopolysaccharide kinase  28.17 
 
 		 244 aa  46.2  0.0006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.199411  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0525  lipopolysaccharide kinase  26.47 
 
 		 259 aa  45.8  0.0007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0373  lipopolysaccharide kinase  27.78 
 
 		 244 aa  45.8  0.0008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.379585 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0374  lipopolysaccharide kinase  26.13 
 
 		 250 aa  45.8  0.0009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.616716 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0583  lipopolysaccharide kinase  28.38 
 
 		 244 aa  45.1  0.001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0886843 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4998  lipopolysaccharide biosynthesis protein, putative  26.47 
 
 		 253 aa  44.7  0.002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0370  lipopolysaccharide kinase  27.78 
 
 		 244 aa  42.7  0.006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4857  lipopolysaccharide kinase  25.93 
 
 		 250 aa  42.4  0.007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.616277 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4858  lipopolysaccharide kinase  26.67 
 
 		 244 aa  42.4  0.008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.596099 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>