More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPA7_2090 on replicon NC_009656
Organism: Pseudomonas aeruginosa PA7



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008740  Maqu_1039  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  51.72 
 
 
725 aa  723  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.525642  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24675  hypothetical protein  97.38 
 
 
343 aa  690  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1063  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  47.3 
 
 
702 aa  635  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  3.72198e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0499  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  46.91 
 
 
734 aa  673  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.639423  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1615  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  79.73 
 
 
730 aa  1219  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  5.68261e-05 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1699  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  46.48 
 
 
722 aa  640  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2311  methylase, putative  76.23 
 
 
762 aa  1196  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.9895  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2072  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  53.19 
 
 
713 aa  757  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1608  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  80 
 
 
730 aa  1226  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.159338 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18930  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  77.17 
 
 
738 aa  1141  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1788  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  75.26 
 
 
756 aa  1196  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0022  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  46.33 
 
 
707 aa  663  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0023  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  45.92 
 
 
707 aa  659  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2108  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  76.23 
 
 
750 aa  1196  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.949067  decreased coverage  0.00266929 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1952  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  51.43 
 
 
712 aa  659  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.64464  normal  0.031867 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2096  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  80.14 
 
 
730 aa  1228  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.110427 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1739  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  48.9 
 
 
721 aa  706  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.876202  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1344  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  53.39 
 
 
732 aa  700  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3009  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  82.34 
 
 
725 aa  1253  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.30746  hitchhiker  1.88031e-11 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2090  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  100 
 
 
725 aa  1481  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1460  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  47.08 
 
 
702 aa  637  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.372421  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3643  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  80.14 
 
 
730 aa  1228  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.698608 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1752  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  45.61 
 
 
752 aa  646  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.935518  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0712  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  53.74 
 
 
738 aa  739  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1102  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  47.15 
 
 
702 aa  634  1e-180  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.907291  normal  0.597986 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1019  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  47.15 
 
 
702 aa  634  1e-180  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  1.63679e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1170  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  47.15 
 
 
702 aa  634  1e-180  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.988002  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1123  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  47.29 
 
 
702 aa  635  1e-180  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.482785  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1136  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  47.15 
 
 
702 aa  634  1e-180  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.237115  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2369  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  47.3 
 
 
702 aa  634  1e-180  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0183103  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2648  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  47.02 
 
 
702 aa  632  1e-179  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0833868  hitchhiker  0.000556962 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2171  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  47.53 
 
 
702 aa  630  1e-179  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  7.66949e-05  normal  0.466381 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1112  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  47.08 
 
 
702 aa  629  1e-179  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000933928  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00959  hypothetical protein  47.02 
 
 
702 aa  630  1e-179  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000774517  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2005  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  43.78 
 
 
701 aa  630  1e-179  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.391349  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2695  putative RNA methylase  47.02 
 
 
702 aa  632  1e-179  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0489936  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1057  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  47.02 
 
 
702 aa  632  1e-179  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  5.81203e-07  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00952  predicted methyltransferase  47.02 
 
 
702 aa  630  1e-179  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000729792  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1791  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  47.22 
 
 
705 aa  625  1e-178  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1680  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  47.14 
 
 
707 aa  627  1e-178  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.719337  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00768  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  46.79 
 
 
711 aa  625  1e-178  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.192916  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1551  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  43.7 
 
 
718 aa  627  1e-178  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.728211  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1812  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  44.23 
 
 
711 aa  622  1e-177  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0884579  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1649  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  47.78 
 
 
705 aa  623  1e-177  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1600  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  44.9 
 
 
708 aa  622  1e-177  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1322  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  48.14 
 
 
712 aa  621  1e-176  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.0919587 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2661  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  43.11 
 
 
712 aa  620  1e-176  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1851  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  43.91 
 
 
711 aa  621  1e-176  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2064  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  46.81 
 
 
705 aa  620  1e-176  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1095  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  44.34 
 
 
708 aa  616  1e-175  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0184189  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2685  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  44.03 
 
 
709 aa  617  1e-175  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.379022  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1774  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  44.03 
 
 
709 aa  617  1e-175  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.828749  hitchhiker  0.000200873 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2470  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  42.98 
 
 
711 aa  613  1e-174  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000238626  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1607  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  43.66 
 
 
713 aa  613  1e-174  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00710463  normal  0.246745 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1540  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  43.66 
 
 
713 aa  613  1e-174  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2570  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  44.03 
 
 
709 aa  612  1e-174  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0113028  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1601  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  43.66 
 
 
713 aa  614  1e-174  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0419159  normal  0.867514 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1632  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  43.33 
 
 
709 aa  612  1e-173  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0586736  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1743  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  45.83 
 
 
706 aa  610  1e-173  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.171189  hitchhiker  0.000865534 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2610  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  44.03 
 
 
709 aa  612  1e-173  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  5.68014e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1946  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  42.78 
 
 
711 aa  610  1e-173  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.478167  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003438  23S rRNA (guanine-N-2-) -methyltransferase RlmL  43.9 
 
 
706 aa  607  1e-172  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1020  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  43.85 
 
 
718 aa  607  1e-172  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.164858  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02337  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  44.18 
 
 
707 aa  608  1e-172  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2283  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  42.44 
 
 
749 aa  608  1e-172  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.402285  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2473  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  42.86 
 
 
711 aa  607  1e-172  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00287682 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2552  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  46.05 
 
 
706 aa  603  1e-171  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1987  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  45.94 
 
 
706 aa  604  1e-171  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2641  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  45.94 
 
 
706 aa  604  1e-171  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2143  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  41.41 
 
 
711 aa  582  1e-164  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02010  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  42.78 
 
 
699 aa  581  1e-164  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.347097  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2214  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  47.44 
 
 
724 aa  566  1e-160  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.301767  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2125  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  47.32 
 
 
748 aa  566  1e-160  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.842151  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3279  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  39.36 
 
 
715 aa  552  1e-156  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0688  putative RNA methylase  45.14 
 
 
734 aa  550  1e-155  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0808112 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0772  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  41.08 
 
 
776 aa  549  1e-155  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.829763 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0766  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  40.69 
 
 
768 aa  547  1e-154  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.1454 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1771  23S rRNA m(2)G2445 methyltransferase  38.43 
 
 
807 aa  517  1e-145  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24665  hypothetical protein  98.46 
 
 
367 aa  515  1e-144  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0981  putative RNA methylase  38.65 
 
 
751 aa  458  1e-127  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0609358  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1312  THUMP domain protein  38.93 
 
 
768 aa  448  1e-124  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.530559  normal  0.0438625 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00510  predicted N6-adenine-specific DNA methylase  35.75 
 
 
729 aa  410  1e-113  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.563195  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5734  oxidoreductase  49.84 
 
 
365 aa  291  2e-77  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3994  putative RNA methylase  40.69 
 
 
375 aa  291  4e-77  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  2.18402e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3086  hypothetical protein  43.12 
 
 
391 aa  290  6e-77  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2355  putative RNA methylase  40.99 
 
 
393 aa  283  9e-75  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00636349  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0398  putative RNA methylase:THUMP  41.11 
 
 
389 aa  280  7e-74  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0174402  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0477  putative RNA methylase  40.36 
 
 
376 aa  280  9e-74  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0494  putative RNA methylase  41.05 
 
 
376 aa  279  1e-73  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00380676 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6906  Methyltransferase type 11  42.59 
 
 
315 aa  265  2e-69  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.164301 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0889  putative RNA methylase  39.58 
 
 
375 aa  265  2e-69  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1014  THUMP domain protein  43.84 
 
 
760 aa  262  2e-68  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.520443  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1292  putative RNA methylase  37.34 
 
 
375 aa  259  9e-68  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.963614  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1261  putative RNA methylase  37.34 
 
 
375 aa  259  9e-68  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26220  predicted SAM-dependent methyltransferase  43.96 
 
 
657 aa  258  2e-67  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1191  oxidoreductase  44.95 
 
 
321 aa  250  6e-65  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4012  putative RNA methylase  42.32 
 
 
387 aa  249  2e-64  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.206929  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2250  putative RNA methylase  41.01 
 
 
380 aa  247  6e-64  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.959304  normal  0.130722 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1913  hypothetical protein  43.52 
 
 
335 aa  246  2e-63  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0121293  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2822  putative RNA methylase  37.24 
 
 
393 aa  241  2e-62  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>