More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_4083 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008699  Noca_4083  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  100 
 
 
398 aa  806    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.437874  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6186  Formyl-CoA transferase  58.93 
 
 
386 aa  462  1e-129  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.101384  normal  0.961037 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0365  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  60.85 
 
 
396 aa  462  1e-129  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1620  Formyl-CoA transferase  56.89 
 
 
404 aa  447  1.0000000000000001e-124  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.000596861  decreased coverage  0.0000000165542 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1038  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  58.57 
 
 
421 aa  442  1e-123  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1262  putative Acyl-CoA transferase/carnitine dehydratase protein  55.38 
 
 
416 aa  424  1e-117  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.405866  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3030  CAIB/BAIF family protein  55.64 
 
 
420 aa  424  1e-117  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2227  CAIB/BAIF family protein  55.38 
 
 
412 aa  423  1e-117  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3162  Citryl-CoA lyase  47.26 
 
 
395 aa  342  8e-93  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.33357  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1100  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45.89 
 
 
419 aa  340  2.9999999999999998e-92  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4131  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.43 
 
 
413 aa  320  1.9999999999999998e-86  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.501527  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1719  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.65 
 
 
425 aa  317  2e-85  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.473881  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1698  succinyl-CoA:(R)-citramalate CoA-transferase  42.78 
 
 
404 aa  310  2.9999999999999997e-83  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.0000862475  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2233  CAIB/BAIF family protein  43.88 
 
 
425 aa  307  2.0000000000000002e-82  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1271  putative Acyl-CoA transferase/carnitine dehydratase protein  43.88 
 
 
425 aa  306  6e-82  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.554096  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3038  CAIB/BAIF family protein  43.88 
 
 
425 aa  306  6e-82  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2913  CAIB/BAIF family protein  43.88 
 
 
425 aa  306  6e-82  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6913  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.04 
 
 
396 aa  297  2e-79  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.269365  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0077  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.6 
 
 
398 aa  294  2e-78  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.641646 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3505  Formyl-CoA transferase  39.59 
 
 
411 aa  291  2e-77  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6621  Formyl-CoA transferase  41.52 
 
 
398 aa  290  2e-77  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0212408  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0910  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.45 
 
 
405 aa  289  7e-77  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.397198  normal 
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3563  Formyl-CoA transferase  38.25 
 
 
399 aa  287  2e-76  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1330  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.9 
 
 
405 aa  286  4e-76  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00256533 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1288  hypothetical protein  42.06 
 
 
409 aa  285  8e-76  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4249  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.46 
 
 
397 aa  285  8e-76  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0050  Formyl-CoA transferase  39.49 
 
 
404 aa  283  3.0000000000000004e-75  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.337885 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3871  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.47 
 
 
397 aa  283  4.0000000000000003e-75  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.39623  normal  0.242924 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1234  Formyl-CoA transferase  38.96 
 
 
402 aa  281  1e-74  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.704005  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6977  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.02 
 
 
397 aa  280  2e-74  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.862151  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4036  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.04 
 
 
433 aa  277  3e-73  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.615075  normal  0.406795 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3495  Formyl-CoA transferase  37.72 
 
 
402 aa  276  4e-73  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.36601  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4852  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.42 
 
 
396 aa  276  6e-73  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0314834 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3093  Formyl-CoA transferase  37.47 
 
 
402 aa  275  7e-73  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0159656  normal  0.100643 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1691  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.19 
 
 
396 aa  275  7e-73  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.377478  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1651  Formyl-CoA transferase  39.55 
 
 
418 aa  276  7e-73  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.579204  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1212  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.19 
 
 
396 aa  275  7e-73  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1663  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.68 
 
 
396 aa  275  8e-73  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4904  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.05 
 
 
397 aa  275  9e-73  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0968635  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0294  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.03 
 
 
406 aa  275  1.0000000000000001e-72  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.316386 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2730  acyl-CoA transferases/carnitine dehydratase  39.59 
 
 
405 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.743365  normal  0.0955095 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2874  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.79 
 
 
405 aa  274  2.0000000000000002e-72  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.423527  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5093  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.46 
 
 
397 aa  274  2.0000000000000002e-72  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.432845 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4175  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.85 
 
 
406 aa  274  2.0000000000000002e-72  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1555  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.19 
 
 
396 aa  274  2.0000000000000002e-72  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.142209 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2499  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37 
 
 
415 aa  273  3e-72  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.262086  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0346  Formyl-CoA transferase  39.75 
 
 
412 aa  273  5.000000000000001e-72  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1813  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.42 
 
 
406 aa  270  4e-71  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.542825  normal  0.0368115 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3276  hypothetical protein  40.61 
 
 
400 aa  270  4e-71  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.000379613  normal  0.0373612 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2359  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.36 
 
 
406 aa  269  5.9999999999999995e-71  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.433272  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1621  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.31 
 
 
396 aa  269  5.9999999999999995e-71  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2861  Formyl-CoA transferase  38.79 
 
 
410 aa  269  7e-71  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.744926  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2872  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.36 
 
 
406 aa  268  1e-70  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.618828  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3894  CAIB/BAIF family protein  37.73 
 
 
396 aa  267  2e-70  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0523257  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6214  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.63 
 
 
418 aa  267  2e-70  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.111664  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1829  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.25 
 
 
413 aa  267  2e-70  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.198369 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0954  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.25 
 
 
421 aa  267  2e-70  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0829746  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1599  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.31 
 
 
396 aa  268  2e-70  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2222  CAIB/BAIF family protein  37.34 
 
 
401 aa  266  2.9999999999999995e-70  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.274305  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2550  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.39 
 
 
408 aa  266  4e-70  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1444  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.13 
 
 
401 aa  266  5e-70  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.141686  normal  0.619669 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1380  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.13 
 
 
401 aa  266  5e-70  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.340149  normal  0.260314 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1590  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.4 
 
 
396 aa  266  5.999999999999999e-70  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.296049  normal  0.127031 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1473  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.35 
 
 
411 aa  265  8.999999999999999e-70  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2358  hypothetical protein  37.75 
 
 
413 aa  264  2e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0628874  normal  0.0423673 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3879  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.18 
 
 
459 aa  263  4e-69  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.375173  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3718  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.63 
 
 
402 aa  263  4e-69  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2745  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.9 
 
 
418 aa  262  6.999999999999999e-69  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1331  Formyl-CoA transferase  37.03 
 
 
452 aa  261  1e-68  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00277298 
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5642  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.32 
 
 
417 aa  261  1e-68  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2370  CAIB/BAIF family protein  37.76 
 
 
401 aa  260  2e-68  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.907744  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2202  CAIB/BAIF family protein  37.76 
 
 
401 aa  260  3e-68  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.020872  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1848  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.28 
 
 
401 aa  260  3e-68  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.90869  normal  0.159448 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2240  CAIB/BAIF family protein  37.76 
 
 
401 aa  260  3e-68  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.422635  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1358  CAIB/BAIF family protein  37.76 
 
 
401 aa  260  3e-68  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1848  CAIB/BAIF family protein  37.76 
 
 
401 aa  260  3e-68  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00504727  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1824  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.44 
 
 
401 aa  260  3e-68  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.799134  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0049  CAIB/BAIF family protein  37.76 
 
 
401 aa  260  3e-68  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.182363  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6255  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.44 
 
 
401 aa  260  3e-68  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.2305  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1120  CAIB/BAIF family protein  37.76 
 
 
401 aa  260  3e-68  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1735  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.44 
 
 
401 aa  259  5.0000000000000005e-68  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0615326 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0637  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.79 
 
 
417 aa  259  6e-68  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.463251  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1449  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.19 
 
 
401 aa  259  6e-68  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.104257 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0555  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.79 
 
 
417 aa  259  6e-68  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1642  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.79 
 
 
417 aa  259  6e-68  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0528  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.79 
 
 
417 aa  259  6e-68  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.203103  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1693  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.79 
 
 
417 aa  259  6e-68  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.888371 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1669  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.79 
 
 
417 aa  259  6e-68  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5025  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.86 
 
 
396 aa  258  1e-67  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.422666  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0872  Formyl-CoA transferase  34.69 
 
 
397 aa  258  2e-67  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00148474  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4465  Formyl-CoA transferase  37.76 
 
 
400 aa  256  3e-67  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.115324 
 
 
-
 
NC_008704  Mkms_5852  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.52 
 
 
417 aa  257  3e-67  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  decreased coverage  0.00403756  normal 
 
 
-
 
NC_008147  Mmcs_5455  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.52 
 
 
417 aa  257  3e-67  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2108  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.52 
 
 
398 aa  256  4e-67  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1314  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.28 
 
 
397 aa  256  5e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4176  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.53 
 
 
426 aa  256  5e-67  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.949796 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5125  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.93 
 
 
401 aa  256  5e-67  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0126904  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0174  succinyl-CoA:(R)-citramalate CoA-transferase  39.67 
 
 
400 aa  256  5e-67  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1762  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.93 
 
 
401 aa  255  8e-67  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.176134  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3446  Formyl-CoA transferase  39.11 
 
 
415 aa  254  2.0000000000000002e-66  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>