More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mflv_0555 on replicon NC_009338
Organism: Mycobacterium gilvum PYR-GCK



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009338  Mflv_0555  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  100 
 
 
417 aa  847    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0637  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  100 
 
 
417 aa  847    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.463251  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1693  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  100 
 
 
417 aa  847    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.888371 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0528  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  100 
 
 
417 aa  847    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.203103  normal 
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5642  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  98.56 
 
 
417 aa  836    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008704  Mkms_5852  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  99.28 
 
 
417 aa  840    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  decreased coverage  0.00403756  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1669  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  100 
 
 
417 aa  847    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008147  Mmcs_5455  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  99.28 
 
 
417 aa  840    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1642  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  100 
 
 
417 aa  847    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3093  Formyl-CoA transferase  42.11 
 
 
402 aa  317  3e-85  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0159656  normal  0.100643 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0050  Formyl-CoA transferase  41.85 
 
 
404 aa  316  4e-85  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.337885 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6621  Formyl-CoA transferase  42.61 
 
 
398 aa  316  6e-85  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0212408  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1698  succinyl-CoA:(R)-citramalate CoA-transferase  41.35 
 
 
404 aa  315  8e-85  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.0000862475  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3495  Formyl-CoA transferase  41.6 
 
 
402 aa  315  9.999999999999999e-85  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.36601  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0077  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.95 
 
 
398 aa  295  8e-79  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.641646 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2722  hypothetical protein  42.14 
 
 
406 aa  293  5e-78  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.835037 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3718  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.85 
 
 
402 aa  291  1e-77  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1197  hypothetical protein  40.6 
 
 
405 aa  290  4e-77  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.71679  normal  0.667677 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1133  Formyl-CoA transferase  40.1 
 
 
402 aa  287  2e-76  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.55814 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1041  Formyl-CoA transferase  40.05 
 
 
402 aa  287  2.9999999999999996e-76  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3268  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.09 
 
 
391 aa  286  5e-76  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.304167  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2125  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.16 
 
 
398 aa  286  7e-76  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.919556  normal  0.446535 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2108  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.21 
 
 
398 aa  285  1.0000000000000001e-75  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3563  Formyl-CoA transferase  35.87 
 
 
399 aa  284  2.0000000000000002e-75  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3894  CAIB/BAIF family protein  39.53 
 
 
396 aa  283  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0523257  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0294  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.1 
 
 
406 aa  282  6.000000000000001e-75  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.316386 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0365  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.8 
 
 
396 aa  282  9e-75  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1555  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.8 
 
 
396 aa  280  3e-74  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.142209 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1444  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.6 
 
 
401 aa  280  5e-74  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.141686  normal  0.619669 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2730  acyl-CoA transferases/carnitine dehydratase  39.35 
 
 
405 aa  279  5e-74  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.743365  normal  0.0955095 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1380  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.6 
 
 
401 aa  280  5e-74  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.340149  normal  0.260314 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0174  succinyl-CoA:(R)-citramalate CoA-transferase  39.39 
 
 
400 aa  279  6e-74  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16130  hypothetical protein  38.64 
 
 
409 aa  279  6e-74  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1386  hypothetical protein  39.14 
 
 
399 aa  278  1e-73  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0255273  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1590  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.15 
 
 
396 aa  278  1e-73  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.296049  normal  0.127031 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3879  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.47 
 
 
459 aa  278  1e-73  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.375173  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4852  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.95 
 
 
396 aa  278  1e-73  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0314834 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3391  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.67 
 
 
399 aa  277  2e-73  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.592416  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3113  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.44 
 
 
399 aa  277  2e-73  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1691  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.81 
 
 
396 aa  277  3e-73  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.377478  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1212  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.81 
 
 
396 aa  277  3e-73  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1599  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.56 
 
 
396 aa  277  3e-73  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1262  putative Acyl-CoA transferase/carnitine dehydratase protein  39.45 
 
 
416 aa  276  4e-73  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.405866  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3030  CAIB/BAIF family protein  39.45 
 
 
420 aa  276  5e-73  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2227  CAIB/BAIF family protein  39.7 
 
 
412 aa  275  9e-73  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0872  Formyl-CoA transferase  38.15 
 
 
397 aa  275  2.0000000000000002e-72  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00148474  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1620  Formyl-CoA transferase  39.45 
 
 
404 aa  274  2.0000000000000002e-72  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.000596861  decreased coverage  0.0000000165542 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4904  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.26 
 
 
397 aa  274  3e-72  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0968635  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1080  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.87 
 
 
399 aa  274  3e-72  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1621  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.31 
 
 
396 aa  273  3e-72  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0856  Formyl-CoA transferase  39.65 
 
 
399 aa  274  3e-72  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2861  Formyl-CoA transferase  38.89 
 
 
410 aa  273  4.0000000000000004e-72  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.744926  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1475  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.5 
 
 
399 aa  273  5.000000000000001e-72  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.238925 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1033  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.44 
 
 
399 aa  273  5.000000000000001e-72  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.914753 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1330  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.69 
 
 
405 aa  273  5.000000000000001e-72  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00256533 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0910  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.88 
 
 
405 aa  272  6e-72  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.397198  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1663  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.31 
 
 
396 aa  273  6e-72  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1473  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.18 
 
 
411 aa  271  1e-71  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5025  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.75 
 
 
396 aa  272  1e-71  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.422666  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3505  Formyl-CoA transferase  40.15 
 
 
411 aa  271  1e-71  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4175  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.6 
 
 
406 aa  271  1e-71  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1100  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.53 
 
 
419 aa  271  1e-71  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4246  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.23 
 
 
399 aa  271  2e-71  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4083  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.79 
 
 
398 aa  269  8e-71  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.437874  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6977  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.94 
 
 
397 aa  268  8.999999999999999e-71  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.862151  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1651  Formyl-CoA transferase  38.89 
 
 
418 aa  268  1e-70  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.579204  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4249  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.11 
 
 
397 aa  268  1e-70  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0346  Formyl-CoA transferase  40.15 
 
 
412 aa  268  1e-70  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6300  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.61 
 
 
399 aa  266  5e-70  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3276  hypothetical protein  40.1 
 
 
400 aa  266  5.999999999999999e-70  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.000379613  normal  0.0373612 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2222  CAIB/BAIF family protein  39.58 
 
 
401 aa  265  1e-69  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.274305  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2745  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.71 
 
 
418 aa  265  1e-69  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4036  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.65 
 
 
433 aa  264  2e-69  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.615075  normal  0.406795 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1314  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.61 
 
 
397 aa  264  3e-69  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4144  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.86 
 
 
399 aa  264  3e-69  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.698652 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3871  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.27 
 
 
397 aa  263  3e-69  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.39623  normal  0.242924 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0954  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.31 
 
 
421 aa  263  4e-69  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0829746  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6186  Formyl-CoA transferase  38.79 
 
 
386 aa  263  4e-69  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.101384  normal  0.961037 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2359  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.13 
 
 
406 aa  262  6.999999999999999e-69  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.433272  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2872  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.13 
 
 
406 aa  262  8.999999999999999e-69  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.618828  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1358  CAIB/BAIF family protein  39.31 
 
 
401 aa  261  1e-68  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2240  CAIB/BAIF family protein  39.31 
 
 
401 aa  261  1e-68  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.422635  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0049  CAIB/BAIF family protein  39.31 
 
 
401 aa  261  1e-68  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.182363  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1848  CAIB/BAIF family protein  39.31 
 
 
401 aa  261  1e-68  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00504727  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1813  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.86 
 
 
406 aa  261  1e-68  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.542825  normal  0.0368115 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1120  CAIB/BAIF family protein  39.31 
 
 
401 aa  261  1e-68  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2202  CAIB/BAIF family protein  39.31 
 
 
401 aa  261  1e-68  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.020872  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2370  CAIB/BAIF family protein  39.31 
 
 
401 aa  261  2e-68  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.907744  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6913  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.5 
 
 
396 aa  260  3e-68  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.269365  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2874  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.93 
 
 
405 aa  260  3e-68  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.423527  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1449  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.65 
 
 
401 aa  259  8e-68  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.104257 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2499  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.94 
 
 
415 aa  258  1e-67  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.262086  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1829  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.79 
 
 
413 aa  258  1e-67  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.198369 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5093  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.81 
 
 
397 aa  258  1e-67  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.432845 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1824  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.34 
 
 
401 aa  258  2e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.799134  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6255  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.34 
 
 
401 aa  258  2e-67  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.2305  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1735  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.34 
 
 
401 aa  257  3e-67  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0615326 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2358  hypothetical protein  38.26 
 
 
413 aa  257  3e-67  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0628874  normal  0.0423673 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1848  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.34 
 
 
401 aa  257  3e-67  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.90869  normal  0.159448 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0990  putative carnitine dehydratase  35.5 
 
 
396 aa  256  4e-67  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.942345 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>