41 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Namu_2967 on replicon NC_013235
Organism: Nakamurella multipartita DSM 44233



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013235  Namu_2967  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  100 
 
 		 245 aa  484  1e-136  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0309554  normal  0.0111256 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4672  sigma-70 region 2 domain-containing protein  49.43 
 
 		 203 aa  155  5.0000000000000005e-37  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0614  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  42.54 
 
 		 256 aa  130  2.0000000000000002e-29  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1584  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  38.98 
 
 		 199 aa  125  8.000000000000001e-28  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0444  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  39.76 
 
 		 201 aa  117  1.9999999999999998e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0734207  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3591  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  41.28 
 
 		 945 aa  109  4.0000000000000004e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2377  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24  42.77 
 
 		 180 aa  101  1e-20  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0764696 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1634  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  39.04 
 
 		 182 aa  101  1e-20  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.000122057  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5299  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  38.82 
 
 		 194 aa  89.7  3e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5413  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.44 
 
 		 219 aa  84  0.000000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7061  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  41.28 
 
 		 190 aa  84  0.000000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.518263  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3265  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.14 
 
 		 187 aa  84  0.000000000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.145946  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1410  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.93 
 
 		 192 aa  82.4  0.000000000000007  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3039  sigma-70 region 2 domain-containing protein  34.64 
 
 		 198 aa  79  0.00000000000006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.956019  normal  0.605091 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2406  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.63 
 
 		 194 aa  75.9  0.0000000000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.822053  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5320  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.42 
 
 		 194 aa  72.8  0.000000000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2194  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.85 
 
 		 393 aa  71.2  0.00000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1223  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.46 
 
 		 196 aa  70.5  0.00000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2672  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30 
 
 		 213 aa  64.7  0.000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2634  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.59 
 
 		 177 aa  52.8  0.000006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.530594  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1075  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.57 
 
 		 187 aa  50.8  0.00002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0486  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.51 
 
 		 195 aa  50.1  0.00003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.200751  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0340  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.34 
 
 		 195 aa  48.5  0.0001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.847546  normal  0.277076 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3471  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.55 
 
 		 182 aa  48.5  0.0001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.711987  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4494  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.11 
 
 		 236 aa  47  0.0003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.384346  hitchhiker  0.00278013 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4361  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.95 
 
 		 210 aa  46.6  0.0004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6760  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.58 
 
 		 183 aa  46.2  0.0005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0551  RNA polymerase sigma factor RpoE  26.88 
 
 		 195 aa  45.8  0.0007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.23743  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1629  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.54 
 
 		 230 aa  45.1  0.001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.195635  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0911  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  23.2 
 
 		 189 aa  44.7  0.001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000494533  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1534  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.32 
 
 		 549 aa  44.7  0.001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3264  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.12 
 
 		 189 aa  44.3  0.002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2528  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.38 
 
 		 654 aa  43.1  0.004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.97811  normal  0.381441 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1062  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.27 
 
 		 194 aa  43.1  0.004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.602875  normal  0.18502 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6922  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.58 
 
 		 192 aa  43.1  0.004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3134  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.35 
 
 		 290 aa  43.1  0.004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.804493 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3534  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.25 
 
 		 194 aa  42.4  0.006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.517598 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2057  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.01 
 
 		 219 aa  42  0.008  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.400859  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0883  sigma-24 (FecI)  38.68 
 
 		 171 aa  42  0.008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5658  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.94 
 
 		 190 aa  42  0.009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0146  transcriptional regulator, LuxR family  31.37 
 
 		 197 aa  42  0.01  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>