More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_3517 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011757  Mchl_0315  DNA-directed DNA polymerase  95.03 
 
 		 443 aa  863    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.639091 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3517  DNA-directed DNA polymerase  100 
 
 		 478 aa  969    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6255  DNA-directed DNA polymerase  79.46 
 
 		 442 aa  692    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.983679 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7046  UMUC domain protein DNA-repair protein  75.7 
 
 		 442 aa  658    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3752  DNA-directed DNA polymerase  55.87 
 
 		 420 aa  469  1.0000000000000001e-131  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0705  DNA-directed DNA polymerase  43.12 
 
 		 450 aa  360  2e-98  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3536  DNA-repair protein  48.83 
 
 		 418 aa  352  8.999999999999999e-96  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0052  DNA-directed DNA polymerase  44.57 
 
 		 449 aa  328  1.0000000000000001e-88  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00154189 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1982  DNA-directed DNA polymerase  43.06 
 
 		 423 aa  320  3e-86  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.84718  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1751  umuC protein  43.66 
 
 		 427 aa  320  3.9999999999999996e-86  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4341  DNA-directed DNA polymerase  43.94 
 
 		 432 aa  320  5e-86  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0175  DNA-directed DNA polymerase  44.47 
 
 		 423 aa  317  2e-85  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2106  DNA-directed DNA polymerase  42.02 
 
 		 421 aa  314  2.9999999999999996e-84  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1965  DNA polymerase V subunit UmuC  44.71 
 
 		 422 aa  310  4e-83  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.000119892  normal  0.867639 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1671  DNA polymerase V subunit UmuC  44.47 
 
 		 422 aa  309  8e-83  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0525212  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01159  DNA polymerase V subunit UmuC  44.47 
 
 		 422 aa  307  2.0000000000000002e-82  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.0000022565  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2464  DNA-directed DNA polymerase  44.47 
 
 		 422 aa  307  2.0000000000000002e-82  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000050901  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1329  DNA polymerase V subunit UmuC  44.47 
 
 		 422 aa  307  2.0000000000000002e-82  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000024147  n/a   
 
 
-
 
NC_006366  plpl0055  hypothetical protein  39.53 
 
 		 425 aa  308  2.0000000000000002e-82  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  normal  0.352875  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1005  hypothetical protein  39.58 
 
 		 425 aa  308  2.0000000000000002e-82  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01169  hypothetical protein  44.47 
 
 		 422 aa  307  2.0000000000000002e-82  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000148835  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2441  DNA polymerase V subunit UmuC  44.47 
 
 		 422 aa  307  2.0000000000000002e-82  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.00000365295  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1287  DNA polymerase V subunit UmuC  44.24 
 
 		 422 aa  306  5.0000000000000004e-82  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000534988  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1550  DNA-directed DNA polymerase  41.08 
 
 		 418 aa  306  6e-82  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.0477659 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1662  hypothetical protein  40.14 
 
 		 418 aa  304  2.0000000000000002e-81  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1369  DNA-directed DNA polymerase  40.52 
 
 		 426 aa  303  5.000000000000001e-81  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1040  hypothetical protein  39.11 
 
 		 425 aa  301  1e-80  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0886  DNA-directed DNA polymerase  43.16 
 
 		 439 aa  300  3e-80  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1369  DNA-directed DNA polymerase  42.29 
 
 		 426 aa  300  5e-80  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.772919  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1668  hypothetical protein  40 
 
 		 418 aa  299  6e-80  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2212  DNA polymerase V subunit UmuC  43.79 
 
 		 422 aa  299  7e-80  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0650836 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4000  DNA-directed DNA polymerase  41.34 
 
 		 430 aa  299  9e-80  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1492  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  40.43 
 
 		 420 aa  298  1e-79  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00564635  decreased coverage  0.000128837 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0459  DNA-directed DNA polymerase  45.18 
 
 		 423 aa  298  1e-79  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.204967  normal  0.799613 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2200  DNA-directed DNA polymerase  43.65 
 
 		 424 aa  296  4e-79  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2378  DNA-directed DNA polymerase  42.26 
 
 		 425 aa  296  5e-79  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011081  SeHA_A0036  DNA polymerase V subunit UmuC  41.16 
 
 		 424 aa  296  7e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0503759 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1425  DNA-directed DNA polymerase  42.15 
 
 		 426 aa  295  1e-78  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0759  DNA-directed DNA polymerase  41.33 
 
 		 423 aa  294  2e-78  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2162  DNA polymerase V subunit UmuC  44 
 
 		 422 aa  293  3e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.229342 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_4983  UMUC-like DNA-repair protein  44.32 
 
 		 432 aa  291  1e-77  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000315583 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2158  DNA polymerase V subunit UmuC  43.53 
 
 		 422 aa  291  2e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.512063  normal  0.695732 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2745  DNA-directed DNA polymerase  41.22 
 
 		 424 aa  291  2e-77  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2950  DNA-directed DNA polymerase  41.94 
 
 		 424 aa  288  1e-76  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2353  DNA-directed DNA polymerase  40 
 
 		 424 aa  288  1e-76  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1434  DNA-directed DNA polymerase  41.94 
 
 		 497 aa  288  2e-76  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2215  DNA polymerase V subunit UmuC  43.53 
 
 		 422 aa  287  2.9999999999999996e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.69246  normal  0.844364 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2342  DNA-directed DNA polymerase  39.76 
 
 		 424 aa  287  2.9999999999999996e-76  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2458  DNA-directed DNA polymerase  39.76 
 
 		 424 aa  287  2.9999999999999996e-76  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2005  DNA-directed DNA polymerase  39.76 
 
 		 424 aa  287  4e-76  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000515421 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1279  DNA-directed DNA polymerase  42.25 
 
 		 423 aa  287  4e-76  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2761  DNA-directed DNA polymerase  40.5 
 
 		 426 aa  286  5.999999999999999e-76  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0282343 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0862  DNA-directed DNA polymerase  36.34 
 
 		 428 aa  286  7e-76  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.826564  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1031  DNA-directed DNA polymerase  39.72 
 
 		 426 aa  285  9e-76  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0898  DNA-directed DNA polymerase  41.72 
 
 		 437 aa  284  2.0000000000000002e-75  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.694521 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_09231  putative UmuC protein  35.65 
 
 		 428 aa  284  2.0000000000000002e-75  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.986725  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2973  DNA-directed DNA polymerase  43.21 
 
 		 492 aa  282  9e-75  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0296388  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3075  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  37.65 
 
 		 419 aa  281  1e-74  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2606  DNA-directed DNA polymerase  40 
 
 		 422 aa  281  1e-74  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.4458 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_10201  putative UmuC protein  35.92 
 
 		 430 aa  280  3e-74  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.31245  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_09211  putative UmuC protein  35.65 
 
 		 428 aa  279  7e-74  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5030  DNA-directed DNA polymerase  41.98 
 
 		 426 aa  278  1e-73  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1908  DNA-directed DNA polymerase  41.55 
 
 		 420 aa  276  5e-73  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1292  DNA-directed DNA polymerase  39.95 
 
 		 424 aa  276  5e-73  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.355097  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10658  putative RumB/ImpB like DNA repair protein  38.06 
 
 		 422 aa  276  5e-73  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0002  DNA polymerase V subunit UmuC  41.36 
 
 		 423 aa  276  5e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1178  DNA-directed DNA polymerase  39.44 
 
 		 424 aa  276  7e-73  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0736762  normal  1 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6848  DNA-directed DNA polymerase  38.5 
 
 		 422 aa  275  1.0000000000000001e-72  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.615058  normal  0.214932 
 
 
-
 
NC_009705  YpsIP31758_B0053  mutagenesis and repair protein MucB  39.76 
 
 		 421 aa  271  1e-71  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000259717  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0920  DNA-directed DNA polymerase  40 
 
 		 423 aa  271  1e-71  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.21788  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_15961  putative UmuC protein  38.28 
 
 		 424 aa  261  1e-68  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1966  DNA-directed DNA polymerase  35.43 
 
 		 446 aa  261  1e-68  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.577995  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3841  DNA-directed DNA polymerase  38.51 
 
 		 437 aa  262  1e-68  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4321  DNA-directed DNA polymerase  38.48 
 
 		 428 aa  258  1e-67  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.466657 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4268  DNA-repair protein  43.33 
 
 		 382 aa  258  1e-67  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1200  DNA-directed DNA polymerase  41.78 
 
 		 432 aa  258  2e-67  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1335  DNA-directed DNA polymerase  40.5 
 
 		 419 aa  258  2e-67  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0859  DNA-directed DNA polymerase  36.16 
 
 		 450 aa  257  3e-67  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4498  DNA-directed DNA polymerase  38.07 
 
 		 426 aa  256  5e-67  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_07071  putative UmuC protein  36.15 
 
 		 422 aa  249  5e-65  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.109713 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0220  DNA-directed DNA polymerase  38.23 
 
 		 436 aa  249  1e-64  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2344  DNA-directed DNA polymerase  38.05 
 
 		 421 aa  248  3e-64  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1338  umuC protein  37.86 
 
 		 432 aa  246  6.999999999999999e-64  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0012  SOS mutagenesis protein RulB  37.38 
 
 		 418 aa  241  2e-62  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.374057  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3235  DNA-directed DNA polymerase  36.47 
 
 		 418 aa  241  2e-62  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2605  DNA-directed DNA polymerase  35.53 
 
 		 418 aa  239  1e-61  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.733552  normal  0.0235112 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2196  DNA-directed DNA polymerase  36.32 
 
 		 418 aa  238  2e-61  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1832  DNA-repair protein  37.79 
 
 		 418 aa  238  2e-61  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.375325 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1964  DNA-directed DNA polymerase  36.79 
 
 		 418 aa  237  4e-61  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3453  DNA-directed DNA polymerase  35.85 
 
 		 418 aa  235  1.0000000000000001e-60  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00650413  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3210  DNA-directed DNA polymerase  36.56 
 
 		 418 aa  233  5e-60  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000012227 
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4598  DNA-repair protein  35.8 
 
 		 418 aa  232  9e-60  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000000181511  normal  1 
 
 
-
 
NC_009998  Sbal195_4570  DNA-repair protein  35.8 
 
 		 418 aa  232  9e-60  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4414  DNA-repair protein  35.8 
 
 		 418 aa  232  9e-60  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000291737  decreased coverage  0.00359939 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2195  DNA-directed DNA polymerase  36.92 
 
 		 417 aa  232  1e-59  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.147122  n/a   
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08269  DNA-directed DNA polymerase  35.05 
 
 		 418 aa  231  2e-59  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1636  umuC protein  34.28 
 
 		 417 aa  230  3e-59  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2682  umuC protein  34.04 
 
 		 418 aa  230  5e-59  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.261647  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4268  DNA-directed DNA polymerase  37.03 
 
 		 418 aa  227  4e-58  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4407  DNA-directed DNA polymerase  37.03 
 
 		 418 aa  227  4e-58  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>