45 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lferr_2171 on replicon NC_011206
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011206  Lferr_2171  Radical SAM domain protein  100 
 
 
378 aa  798  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00159358  decreased coverage  6.51126e-10 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2543  radical SAM domain protein  100 
 
 
378 aa  798  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2204  radical SAM domain protein  77.51 
 
 
383 aa  632  1e-180  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0644  Radical SAM domain protein  75.4 
 
 
390 aa  620  1e-176  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.14053  normal  0.0928811 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0592  Radical SAM domain protein  49.14 
 
 
371 aa  370  1e-101  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  decreased coverage  6.49486e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0445  radical SAM family protein  43.6 
 
 
349 aa  298  8e-80  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1052  Radical SAM domain protein  36.47 
 
 
366 aa  229  6e-59  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.652305  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1558  radical SAM domain-containing protein  35.04 
 
 
355 aa  218  1e-55  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal  0.0417812 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2088  Radical SAM domain protein  34.41 
 
 
351 aa  212  1e-53  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0919  Radical SAM domain protein  28.83 
 
 
308 aa  123  5e-27  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.000116556  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0912  radical SAM domain-containing protein  26.5 
 
 
295 aa  105  1e-21  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0705  radical SAM domain-containing protein  24.11 
 
 
283 aa  102  1e-20  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0962  radical SAM domain-containing protein  23.4 
 
 
290 aa  97.8  3e-19  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1520  Radical SAM domain protein  25.24 
 
 
310 aa  95.9  9e-19  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0681  radical SAM domain-containing protein  24.11 
 
 
283 aa  95.9  1e-18  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0033  radical SAM domain-containing protein  24.67 
 
 
296 aa  95.1  2e-18  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.531209  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1508  radical SAM domain-containing protein  24.16 
 
 
266 aa  85.5  1e-15  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3477  hypothetical protein  23.83 
 
 
359 aa  70.1  6e-11  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4562  radical SAM domain-containing protein  21.14 
 
 
360 aa  63.5  5e-09  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.343645  normal  0.720303 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1409  hypothetical protein  22.36 
 
 
356 aa  61.6  2e-08  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7577  Biotin synthase-related enzyme  22.35 
 
 
323 aa  61.2  3e-08  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.146272  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2714  Radical SAM domain protein  22.36 
 
 
356 aa  60.8  3e-08  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2620  Radical SAM domain protein  24.38 
 
 
371 aa  60.8  3e-08  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2103  radical SAM domain-containing protein  22.26 
 
 
362 aa  58.9  1e-07  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.938739  normal  0.248825 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5394  Radical SAM domain protein  21.5 
 
 
367 aa  58.2  2e-07  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.313238  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0560  Radical SAM domain protein  29.7 
 
 
360 aa  56.6  7e-07  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4750  Radical SAM domain protein  28.57 
 
 
379 aa  56.6  7e-07  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.219205  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0057  Radical SAM domain protein  27.72 
 
 
367 aa  55.5  1e-06  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.615692  normal  0.0888986 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1993  Radical SAM domain protein  26.53 
 
 
370 aa  54.7  2e-06  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0246  radical SAM domain-containing protein  25.45 
 
 
367 aa  51.6  2e-05  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6661  radical SAM domain-containing protein  21.4 
 
 
337 aa  52  2e-05  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.000604358  normal  0.799079 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0604  biotin synthase  22.89 
 
 
333 aa  50.8  4e-05  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0107  biotin synthase  22.69 
 
 
344 aa  48.5  0.0002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.156568  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4690  Radical SAM domain protein  23.97 
 
 
351 aa  48.9  0.0002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0492  biotin synthase  22.79 
 
 
321 aa  48.1  0.0002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.395668 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0506  biotin synthase  23.91 
 
 
364 aa  47.8  0.0003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2499  biotin synthase  25.1 
 
 
335 aa  47  0.0005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2451  biotin synthase  25.1 
 
 
335 aa  47  0.0005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1164  Radical SAM domain protein  22.87 
 
 
331 aa  45.4  0.001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.987774  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0020  biotin synthase  20.43 
 
 
320 aa  45.8  0.001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  5.21068e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2060  Radical SAM domain protein  22.02 
 
 
374 aa  45.8  0.001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3698  biotin synthase  20.85 
 
 
331 aa  44.7  0.003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00270895  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1109  Elongator protein 3/MiaB/NifB  22.68 
 
 
362 aa  44.3  0.004  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal  0.370435 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0464  biotin synthetase  21.99 
 
 
330 aa  43.5  0.005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0838  Elongator protein 3/MiaB/NifB  22.77 
 
 
365 aa  43.5  0.006  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.195743  normal  0.168484 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>