More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GYMC61_0060 on replicon NC_013411
Organism: Geobacillus sp. Y412MC61



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012793  GWCH70_0062  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  69.13 
 
 
462 aa  660  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0340332  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0060  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  100 
 
 
464 aa  953  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0058  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  50.11 
 
 
476 aa  473  1e-132  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5246  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  48.61 
 
 
476 aa  474  1e-132  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.320432  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0058  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  48.39 
 
 
476 aa  474  1e-132  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0070  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  48.82 
 
 
476 aa  471  1e-131  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.278443  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0074  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  47.65 
 
 
476 aa  468  1e-130  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0125987  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0062  hypothetical protein  47.44 
 
 
476 aa  467  1e-130  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0058  cell cycle protein  47.44 
 
 
476 aa  467  1e-130  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0061  hypothetical protein  47.44 
 
 
476 aa  467  1e-130  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.625972  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0062  hypothetical protein  47.44 
 
 
476 aa  467  1e-130  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.223025  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0058  cell cycle protein  47.44 
 
 
476 aa  467  1e-130  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0071  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  47.44 
 
 
476 aa  467  1e-130  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0086  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.26 
 
 
470 aa  270  3e-71  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00560  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.49 
 
 
468 aa  265  1e-69  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0427403  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0228  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.56 
 
 
473 aa  251  3e-65  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0079  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.91 
 
 
509 aa  241  3e-62  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2060  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.94 
 
 
471 aa  239  7e-62  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0862311  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0125  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.33 
 
 
472 aa  235  1e-60  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0104  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  37.08 
 
 
455 aa  229  1e-58  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.192858  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2255  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.69 
 
 
470 aa  228  2e-58  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  1.64425e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2735  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.81 
 
 
459 aa  222  1e-56  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  9.20326e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0865  hypoxanthine phosphoribosyltransferase  35.82 
 
 
676 aa  220  5e-56  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000888188 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2248  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.12 
 
 
485 aa  212  1e-53  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  7.93902e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1810  cell cycle protein MesJ, putative  35.33 
 
 
471 aa  211  3e-53  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0106411  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1891  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  34.52 
 
 
468 aa  209  7e-53  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  4.60009e-09  hitchhiker  6.38883e-11 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0094  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.41 
 
 
454 aa  209  7e-53  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0791  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.76 
 
 
458 aa  207  5e-52  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  3.25177e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0321  hypoxanthine phosphoribosyltransferase  33.88 
 
 
682 aa  205  2e-51  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.124455 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0139  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.86 
 
 
492 aa  204  4e-51  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00237598  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2640  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.2 
 
 
457 aa  203  5e-51  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0996  cell cycle protein  35.58 
 
 
458 aa  202  1e-50  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.44135e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1594  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.98 
 
 
457 aa  201  3e-50  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2474  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.3 
 
 
469 aa  198  2e-49  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2788  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.3 
 
 
469 aa  196  8e-49  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0083  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.02 
 
 
481 aa  195  1e-48  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.24629  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0068  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.65 
 
 
480 aa  190  4e-47  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.552857  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0357  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.89 
 
 
414 aa  189  7e-47  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.173835  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2662  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.89 
 
 
474 aa  186  1e-45  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0298541 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1203  PP-loop  31.78 
 
 
476 aa  184  2e-45  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3027  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.77 
 
 
486 aa  184  3e-45  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.00722625  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0093  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  26.26 
 
 
457 aa  183  7e-45  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  1.67197e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1421  PP-loop family protein  30.65 
 
 
470 aa  182  1e-44  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0339  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.26 
 
 
419 aa  181  2e-44  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5217  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.13 
 
 
444 aa  180  5e-44  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0198  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.54 
 
 
475 aa  179  1e-43  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.723741  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2521  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.32 
 
 
476 aa  176  9e-43  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  3.32242e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0622  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  26.43 
 
 
456 aa  176  1e-42  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.336141  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0062  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  29.93 
 
 
464 aa  176  1e-42  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1229  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.43 
 
 
476 aa  175  1e-42  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0144  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.89 
 
 
472 aa  174  2e-42  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  1.75887e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2187  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  33.9 
 
 
444 aa  174  3e-42  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.150034  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0266  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  27.51 
 
 
464 aa  174  4e-42  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2624  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  27.53 
 
 
442 aa  173  7e-42  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2138  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.17 
 
 
436 aa  170  5e-41  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.87877  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0964  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.22 
 
 
461 aa  169  7e-41  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0640  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.74 
 
 
456 aa  169  9e-41  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.180708  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0494  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.09 
 
 
465 aa  169  1e-40  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3018  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  27.31 
 
 
450 aa  167  3e-40  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1051  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  27.89 
 
 
442 aa  160  4e-38  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0869  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  27.48 
 
 
455 aa  160  5e-38  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1265  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.58 
 
 
470 aa  159  1e-37  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.265542  normal  0.258224 
 
 
-
 
NC_002950  PG2046  hypothetical protein  29.89 
 
 
454 aa  157  4e-37  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  8.39704e-06 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1198  hypothetical protein  28.89 
 
 
454 aa  153  6e-36  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0013516 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0012  putative cell-cycle protein, MesJ/Ycf62 family  29.89 
 
 
421 aa  147  4e-34  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1671  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.26 
 
 
455 aa  146  6e-34  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.121682 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1088  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  31.92 
 
 
487 aa  146  7e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00200666  normal  0.0296865 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0531  hypothetical protein  27.03 
 
 
431 aa  145  2e-33  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00156827  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0544  hypothetical protein  27.03 
 
 
431 aa  145  2e-33  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000216418  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1752  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.73 
 
 
334 aa  144  3e-33  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.927815  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0579  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  27.58 
 
 
431 aa  142  9e-33  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.992157  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1834  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.58 
 
 
440 aa  142  1e-32  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0704  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.56 
 
 
328 aa  141  2e-32  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1609  MesJ protein  37.5 
 
 
332 aa  142  2e-32  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.368084 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0579  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.89 
 
 
325 aa  141  2e-32  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.391449  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0207  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.35 
 
 
423 aa  140  4e-32  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.716943  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0158  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  27.91 
 
 
457 aa  140  5e-32  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0865096  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0626  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.93 
 
 
325 aa  139  1e-31  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09873  putative cell-cycle protein  26.56 
 
 
436 aa  138  2e-31  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.55826  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1746  MesJ protein  34.93 
 
 
354 aa  137  3e-31  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1551  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.02 
 
 
241 aa  137  6e-31  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  hitchhiker  7.25449e-11 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0598  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.78 
 
 
334 aa  135  1e-30  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.070597 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2410  tRNA(Ile)-lysidine synthase  28.34 
 
 
443 aa  135  2e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0631  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  26.39 
 
 
397 aa  134  3e-30  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1467  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.82 
 
 
338 aa  133  6e-30  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.0235653 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2339  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.41 
 
 
436 aa  133  8e-30  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.934648 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0872  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.78 
 
 
311 aa  132  1e-29  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.203605  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0918  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.86 
 
 
445 aa  131  2e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1815  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  23.49 
 
 
450 aa  132  2e-29  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.195712  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0402  tRNA(Ile)-lysidine synthetase, MesJ  25.83 
 
 
430 aa  130  6e-29  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.0260657  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0850  hypothetical protein  29.25 
 
 
431 aa  129  1e-28  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0074  MesJ-like protein  32.06 
 
 
337 aa  129  1e-28  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1031  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  27.14 
 
 
451 aa  129  2e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1310  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  25.84 
 
 
446 aa  128  2e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.615384  normal  0.623923 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3762  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  25.11 
 
 
445 aa  127  3e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0801202  hitchhiker  0.00083153 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3417  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  27.14 
 
 
460 aa  127  3e-28  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8428  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.43 
 
 
358 aa  127  4e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1125  PP-loop  29.11 
 
 
484 aa  127  5e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00891393  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0825  hypothetical protein  28.2 
 
 
431 aa  125  1e-27  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2027  ketose-bisphosphate aldolase, class-II  32.39 
 
 
357 aa  125  1e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.481135  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>