More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_0032 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_0032  nitrogen regulatory protein P-II  100 
 
 
112 aa  224  4e-58  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0018  nitrogen regulatory protein P-II  70.54 
 
 
112 aa  174  3e-43  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.825328  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1786  nitrogen regulatory protein P-II  48.21 
 
 
112 aa  120  5e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1565  nitrogen regulatory protein P-II  48.21 
 
 
112 aa  118  3e-26  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.204869  normal  0.0818079 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0969  nitrogen regulatory protein P-II  50 
 
 
112 aa  115  1e-25  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.176176 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1466  nitrogen regulatory protein P-II  48.65 
 
 
113 aa  113  9e-25  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.629362 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0981  nitrogen regulatory protein P-II  48.21 
 
 
112 aa  112  1e-24  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.502811  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12933  nitrogen regulatory protein P-II glnB  49.11 
 
 
112 aa  110  6e-24  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  3.30403e-36  normal  0.258229 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2003  nitrogen regulatory protein P-II  49.11 
 
 
112 aa  110  6e-24  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0914763  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1937  nitrogen regulatory protein P-II  49.11 
 
 
112 aa  110  6e-24  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1957  nitrogen regulatory protein P-II  49.11 
 
 
112 aa  110  6e-24  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.158303  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1235  Nitrogen regulatory protein PII  43.75 
 
 
112 aa  109  2e-23  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5933  nitrogen regulatory protein P-II  45.54 
 
 
112 aa  108  3e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4014  nitrogen regulatory protein P-II  47.32 
 
 
112 aa  108  3e-23  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  hitchhiker  0.00726508  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23790  nitrogen regulatory protein P-II  47.32 
 
 
112 aa  107  4e-23  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.411454  normal  0.269755 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0173  nitrogen regulatory protein P-II  43.75 
 
 
112 aa  103  8e-22  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  2.93377e-06  normal  0.353092 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0195  nitrogen regulatory protein P-II  40.18 
 
 
112 aa  102  1e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.863029 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3119  nitrogen regulatory protein P-II  44.64 
 
 
112 aa  103  1e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2513  nitrogen regulatory protein P-II  41.96 
 
 
112 aa  102  2e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00284343  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2357  nitrogen regulatory protein P-II  43.75 
 
 
112 aa  102  2e-21  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4813  nitrogen regulatory protein P-II  40.18 
 
 
112 aa  101  3e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.311514  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0234  nitrogen regulatory protein P-II  39.29 
 
 
112 aa  101  3e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000834653  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1879  nitrogen regulatory protein P-II  41.07 
 
 
112 aa  101  3e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  2.57329e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4248  nitrogen regulatory protein P-II  44.64 
 
 
112 aa  101  4e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.415508  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3161  nitrogen regulatory protein P-II  41.96 
 
 
112 aa  100  5e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0791702  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7999  nitrogen regulatory protein P-II  41.96 
 
 
112 aa  100  5e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2346  nitrogen regulatory protein P-II (GlnB, GlnK)  44.64 
 
 
112 aa  100  5e-21  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.235899 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2546  nitrogen regulatory protein P-II  44.64 
 
 
112 aa  100  6e-21  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.164416 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1065  nitrogen regulatory protein P-II  43.75 
 
 
112 aa  100  6e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2043  nitrogen regulatory protein P-II  44.64 
 
 
112 aa  100  6e-21  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.242523  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0053  nitrogen regulatory protein P-II  42.86 
 
 
112 aa  100  6e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0041295  normal  0.377674 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2137  nitrogen regulatory protein P-II  42.86 
 
 
112 aa  100  6e-21  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.573897  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0421  nitrogen regulatory protein P-II  46.85 
 
 
113 aa  100  7e-21  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.666216 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1394  nitrogen regulatory protein P-II  48.21 
 
 
112 aa  100  8e-21  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.00884752  decreased coverage  0.00366325 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1163  nitrogen regulatory protein P-II  47.75 
 
 
113 aa  100  9e-21  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.334919  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3148  nitrogen regulatory protein P-II  49.11 
 
 
112 aa  99.8  1e-20  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  2.32085e-06  hitchhiker  0.0073566 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1074  nitrogen regulatory protein P-II  39.29 
 
 
112 aa  99.8  1e-20  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2491  nitrogen regulatory protein P-II  40.18 
 
 
112 aa  99  2e-20  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0578365  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0080  nitrogen regulatory protein P-II  41.96 
 
 
112 aa  99  2e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.416357  normal  0.780104 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0472  nitrogen regulatory protein P-II  44.64 
 
 
112 aa  99  2e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4397  nitrogen regulatory protein P-II  43.75 
 
 
112 aa  98.6  2e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.467345 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1836  nitrogen regulatory protein P-II  41.96 
 
 
112 aa  99  2e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0337137  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0850  nitrogen regulatory protein P-II  43.75 
 
 
113 aa  99  2e-20  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1351  nitrogen regulatory protein P-II  41.96 
 
 
112 aa  98.6  2e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  7.71293e-08  hitchhiker  9.23382e-11 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0694  nitrogen regulatory protein P-II  40.18 
 
 
112 aa  98.6  2e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.804518  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4381  nitrogen regulatory protein P-II  43.75 
 
 
117 aa  98.6  3e-20  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.647425  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4404  nitrogen regulatory protein P-II  43.75 
 
 
117 aa  98.6  3e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.795902  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1680  nitrogen regulatory protein P-II  40.18 
 
 
112 aa  98.6  3e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  8.92392e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0564  nitrogen regulatory protein P-II  40.18 
 
 
112 aa  98.6  3e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  7.17962e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3163  nitrogen regulatory protein P-II  41.96 
 
 
112 aa  98.2  4e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.105283  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0552  nitrogen regulatory protein P-II  39.29 
 
 
112 aa  97.8  4e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.524059  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0550  nitrogen regulatory protein P-II  36.61 
 
 
112 aa  97.8  4e-20  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1188  nitrogen regulatory protein P-II  41.07 
 
 
112 aa  97.8  4e-20  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0671677  hitchhiker  0.00271711 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0302  nitrogen regulatory protein P-II  42.86 
 
 
112 aa  97.8  4e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0232  nitrogen regulatory protein P-II  41.07 
 
 
112 aa  97.8  4e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0312248  normal  0.530475 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0594  nitrogen regulatory protein P-II  40.18 
 
 
112 aa  97.8  4e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0800  nitrogen regulatory protein P-II  42.86 
 
 
112 aa  97.8  4e-20  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0132  nitrogen regulatory protein P-II  40.18 
 
 
112 aa  97.8  5e-20  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  unclonable  1.99717e-15  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4190  nitrogen regulatory protein P-II  40.18 
 
 
112 aa  97.4  6e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.959597 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0256  nitrogen regulatory protein P-II  40.18 
 
 
112 aa  97.4  6e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0110  nitrogen regulatory protein P-II  42.86 
 
 
112 aa  97.4  6e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.0179377 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3366  nitrogen regulatory protein P-II  40.18 
 
 
112 aa  97.4  6e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0525  nitrogen regulatory protein P-II  40.18 
 
 
112 aa  97.4  6e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.887906  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2915  nitrogen regulatory protein P-II 2  42.86 
 
 
112 aa  97.1  7e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0326538  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1356  nitrogen regulatory protein P-II  42.86 
 
 
124 aa  97.1  7e-20  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.51478  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2530  nitrogen regulatory protein P-II  42.86 
 
 
112 aa  97.1  7e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1183  nitrogen regulatory protein P-II  40.18 
 
 
112 aa  97.1  8e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.14961e-05 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0437  nitrogen regulatory protein P-II  39.29 
 
 
112 aa  97.1  8e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2877  nitrogen regulatory protein P-II  39.29 
 
 
112 aa  97.1  8e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.58077  normal  0.596742 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2866  nitrogen regulatory protein P-II  39.29 
 
 
136 aa  97.1  8e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00138557  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2921  nitrogen regulatory protein P-II  39.29 
 
 
112 aa  97.1  8e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0772673  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2252  nitrogen regulatory protein P-II  39.29 
 
 
112 aa  97.1  8e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0233324  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3078  nitrogen regulatory protein P-II  40.18 
 
 
112 aa  97.1  8e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  4.264e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2783  nitrogen regulatory protein P-II  39.29 
 
 
112 aa  97.1  8e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.190051  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03567  nitrogen regulatory protein P-II  40.18 
 
 
114 aa  96.7  9e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.918332  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3942  nitrogen regulatory protein P-II  41.96 
 
 
112 aa  96.3  1e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1957  nitrogen regulatory protein P-II  41.96 
 
 
112 aa  96.3  1e-19  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2863  nitrogen regulatory protein P-II  38.39 
 
 
112 aa  96.3  1e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00920081  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2326  nitrogen regulatory protein P-II  42.86 
 
 
112 aa  96.3  1e-19  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.875617  normal  0.385523 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0171  nitrogen regulatory protein P-II  41.96 
 
 
112 aa  95.9  1e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.138781  normal  0.605066 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03014  GlnB  41.07 
 
 
112 aa  96.3  1e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  3.37232e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3314  nitrogen regulatory protein P-II  41.07 
 
 
112 aa  96.7  1e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.258343  normal  0.0812118 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47790  Nitrogen regulatory protein P-II GlnK  39.29 
 
 
112 aa  96.7  1e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.144153  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3268  nitrogen regulatory protein P-II  49.11 
 
 
112 aa  95.9  1e-19  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0681608  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1299  nitrogen regulatory protein P-II  39.29 
 
 
117 aa  96.3  1e-19  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.770143  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0291  nitrogen regulatory protein P-II  41.07 
 
 
112 aa  96.3  1e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2231  nitrogen regulatory protein P-II  39.29 
 
 
112 aa  95.9  2e-19  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.61063e-10 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1918  nitrogen regulatory protein P-II  41.96 
 
 
112 aa  95.9  2e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1089  nitrogen regulatory protein P-II  41.96 
 
 
112 aa  95.9  2e-19  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.101953  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2560  nitrogen regulatory protein P-II  38.39 
 
 
112 aa  95.9  2e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.24557  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0523  nitrogen regulatory protein P-II  41.07 
 
 
112 aa  95.5  2e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.278087  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2156  nitrogen regulatory protein P-II  38.39 
 
 
112 aa  95.9  2e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0805697  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0939  nitrogen regulatory protein P-II, putative  40.18 
 
 
112 aa  95.5  2e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2376  nitrogen regulatory protein PII  41.07 
 
 
112 aa  95.5  2e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0285666  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3426  nitrogen regulatory protein P-II  46.43 
 
 
112 aa  94.7  3e-19  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  2.43696e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2406  nitrogen regulatory protein P-II  41.07 
 
 
112 aa  94.7  3e-19  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1123  nitrogen regulatory protein P-II  41.96 
 
 
112 aa  95.1  3e-19  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.727128  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0120  nitrogen regulatory protein P-II  41.96 
 
 
112 aa  95.1  3e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0723912 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0233  nitrogen regulatory protein P-II  42.86 
 
 
112 aa  95.1  3e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0240  nitrogen regulatory protein P-II (GlnB, GlnK)  40.18 
 
 
112 aa  95.1  3e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.289663  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>