52 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_0022 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_0022  hypothetical protein  100 
 
 
275 aa  550  1e-156  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.724418  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17310  CRISPR-associated protein, Cse3 family  45.79 
 
 
241 aa  198  7e-50  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1531  Cse3 family CRISPR-associated protein  37.41 
 
 
230 aa  130  3e-29  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.010314  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3905  CRISPR-associated protein, Cse3 family  35.56 
 
 
236 aa  130  3e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.154401  normal  0.123474 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3050  CRISPR-associated protein, Cse3 family  36.7 
 
 
215 aa  129  4e-29  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000131653  hitchhiker  0.000844358 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2684  CRISPR-associated protein, Cse3 family  36.9 
 
 
229 aa  122  5e-27  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000634043  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1285  CRISPR-associated protein, Cse3 family  35.04 
 
 
239 aa  117  2e-25  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2577  CRISPR-associated Cse3 family protein  35.29 
 
 
227 aa  117  2e-25  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0617652 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1596  CRISPR-associated Cse3 family protein  36.14 
 
 
207 aa  104  1e-21  Thermobifida fusca YX  Bacteria  hitchhiker  0.00642378  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0984  CRISPR-associated protein, Cse3 family  30.63 
 
 
226 aa  104  2e-21  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2652  CRISPR-associated protein, Cse3 family  32.41 
 
 
230 aa  85.1  1e-15  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1235  CRISPR-associated protein, Cse3 family  28.2 
 
 
208 aa  81.6  1e-14  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00100035  normal  0.670253 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_3014  Cse3 family CRISPR-associated protein  26.39 
 
 
210 aa  74.3  2e-12  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00083763  normal  0.0405409 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2829  CRISPR-associated Cse3 family protein  27.14 
 
 
202 aa  71.2  2e-11  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1900  CRISPR-associated protein, Cse3 family  28.09 
 
 
240 aa  68.9  9e-11  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0646  CRISPR-associated Cse3 family protein  26.84 
 
 
238 aa  67.8  2e-10  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.503781  normal  0.334707 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2338  CRISPR-associated Cse3 family protein  23.53 
 
 
224 aa  63.9  3e-09  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2634  CRISPR-associated Cse3 family protein  28.94 
 
 
211 aa  62.8  6e-09  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.38182  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2443  CRISPR-associated protein, Cse3 family  23.27 
 
 
219 aa  61.6  1e-08  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.880295 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0909  CRISPR-associated protein, Cse3 family  22.79 
 
 
215 aa  58.5  1e-07  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.752623  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0764  CRISPR system CASCADE complex protein CasE  26.2 
 
 
215 aa  57.4  2e-07  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.0680361 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4089  CRISPR-associated protein, Cse3 family  23.31 
 
 
206 aa  56.6  4e-07  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.208178  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17220  CRISPR-associated protein, CT1974  26.1 
 
 
205 aa  55.5  9e-07  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3058  CRISPR-associated Cse3 family protein  25.82 
 
 
216 aa  53.5  3e-06  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0231  CRISPR-associated Cse3 family protein  27.93 
 
 
230 aa  53.5  3e-06  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1809  CRISPR-associated Cse3 family protein  25.9 
 
 
228 aa  53.9  3e-06  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3319  CRISPR-associated Cse3 family protein  25.82 
 
 
225 aa  52.8  6e-06  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.148514  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2884  CRISPR-associated Cse3 family protein  26.18 
 
 
216 aa  52.4  8e-06  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.542217  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2673  CRISPR-associated protein, Cse3 family  37.25 
 
 
215 aa  51.2  2e-05  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0598  CRISPR-associated Cse3 family protein  23.39 
 
 
224 aa  50.8  2e-05  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  decreased coverage  1.63206e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3756  CRISPR-associated Cse3 family protein  26.47 
 
 
204 aa  51.6  2e-05  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.353675 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1603  CRISPR-associated protein, Cse3 family  45.83 
 
 
225 aa  51.2  2e-05  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.61218  normal  0.84733 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0961  hypothetical protein  27.93 
 
 
299 aa  50.1  4e-05  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2895  CRISPR-associated Cse3 family protein  44.68 
 
 
199 aa  47.4  0.0002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.698854  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13920  CRISPR-associated protein, Cse3 family  47.83 
 
 
197 aa  48.1  0.0002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.475319 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4009  CRISPR-associated protein, Cse3 family  25.09 
 
 
216 aa  47.4  0.0002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3118  CRISPR-associated protein, Cse3 family  25.11 
 
 
216 aa  47  0.0003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0402  CRISPR-associated protein, Cse3 family  26.32 
 
 
215 aa  47  0.0003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0280403  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5410  CRISPR-associated protein, Cse3 family  27.31 
 
 
243 aa  47  0.0004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0341034  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0932  CRISPR-associated protein, Cse3 family  38.6 
 
 
199 aa  46.2  0.0005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1389  CRISPR-associated Cse3 family protein  47.5 
 
 
202 aa  46.6  0.0005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.831554  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0956  CRISPR-associated Cse3 family protein  36.84 
 
 
199 aa  45.8  0.0008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1376  CRISPR-associated Cse3 family protein  23.55 
 
 
228 aa  45.1  0.001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.00399966  normal  0.582034 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17180  CRISPR-associated protein, Cse3 family  42.5 
 
 
207 aa  44.7  0.002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.784887  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1976  CRISPR-associated Cse3 family protein  45.95 
 
 
206 aa  43.9  0.003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0708342  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3067  crispr-associated protein, Cse3 family  24 
 
 
216 aa  43.5  0.003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3149  crispr-associated protein Cse3 family  24.44 
 
 
234 aa  43.5  0.004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.62558 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0170  CRISPR-associated Cse3 family protein  39.13 
 
 
220 aa  43.5  0.004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.396726  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3093  crispr-associated protein, Cse3 family  23.89 
 
 
235 aa  43.5  0.004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1588  CRISPR-associated Cse3 family protein  26.46 
 
 
232 aa  42.7  0.007  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0734757  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0860  CRISPR-associated Cse3 family protein  38.18 
 
 
219 aa  42.4  0.009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2475  CRISPR-associated protein, Cse3 family  34.78 
 
 
292 aa  42  0.01  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>