42 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcDH1_1888 on replicon CP001637
Organism: Escherichia coli DH1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_01723  hypothetical protein  100 
 
 
388 aa  792  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1838  putative ABC transporter solute-binding protein  100 
 
 
388 aa  792  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1878  putative ABC transporter solute-binding protein  99.74 
 
 
388 aa  790  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000418187 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1436  putative ABC transporter solute-binding protein  97.94 
 
 
388 aa  728  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.463512  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2003  putative ABC transporter solute-binding protein  98.45 
 
 
388 aa  778  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.203142  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1977  putative ABC transporter solute-binding protein  98.45 
 
 
388 aa  780  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.942474  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2473  putative ABC transporter solute-binding protein  98.2 
 
 
388 aa  781  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1888  extracellular solute-binding protein family 1  100 
 
 
388 aa  792  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00824785  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01711  hypothetical protein  100 
 
 
388 aa  792  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1693  putative ABC transporter solute-binding protein  73.45 
 
 
390 aa  584  1e-166  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.949015  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4046  putative ABC transporter solute-binding protein  47.97 
 
 
406 aa  356  4e-97  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02678  putative ABC transporter solute-binding protein  45.82 
 
 
403 aa  348  7e-95  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3278  putative ABC transporter solute-binding protein  48.28 
 
 
408 aa  348  1e-94  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003793  ABC transporter substrate-binding protein YnjB  44.95 
 
 
386 aa  348  1e-94  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  2.77117e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0361  putative ABC transporter solute-binding protein  46.09 
 
 
380 aa  347  2e-94  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.083844  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1269  putative ABC transporter solute-binding protein  45.45 
 
 
382 aa  339  5e-92  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  8.20878e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2438  hypothetical protein  44.56 
 
 
409 aa  338  9e-92  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.557423  normal  0.459913 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3226  putative ABC transporter solute-binding protein  45.64 
 
 
401 aa  336  3e-91  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0901142  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1446  putative ABC transporter solute-binding protein  45.72 
 
 
401 aa  331  1e-89  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.50777  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2768  putative ABC transporter solute-binding protein  44.11 
 
 
381 aa  331  2e-89  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.211813  normal  0.195627 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1832  putative ABC transporter solute-binding protein  44.41 
 
 
401 aa  324  1e-87  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.563171 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0200  putative ABC transporter solute-binding protein  43.33 
 
 
401 aa  322  1e-86  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.91232  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2251  putative ABC transporter solute-binding protein  42.4 
 
 
399 aa  305  6e-82  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.11793  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2959  putative ABC transporter solute-binding protein  41.39 
 
 
419 aa  291  1e-77  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0976  putative ABC transporter solute-binding protein  40.52 
 
 
435 aa  282  7e-75  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.0656307 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2153  extracellular solute-binding protein  41.55 
 
 
404 aa  278  1e-73  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.27732e-05 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01789  putative ABC-type transport system, periplasmic component  38.25 
 
 
384 aa  266  5e-70  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0532  putative ABC transporter solute-binding protein  42.25 
 
 
439 aa  261  2e-68  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.96386  normal  0.487675 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0393  putative ABC transporter solute-binding protein  38.86 
 
 
373 aa  245  1e-63  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.235452  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2122  putative ABC transporter solute-binding protein  38.58 
 
 
409 aa  244  3e-63  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.708087 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0791  putative ABC transporter solute-binding protein  39.64 
 
 
403 aa  238  2e-61  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1199  putative ABC transporter solute-binding protein  41.62 
 
 
430 aa  235  9e-61  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.134978 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4231  putative ABC transporter solute-binding protein  40.37 
 
 
410 aa  234  1e-60  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.816365 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0759  putative ABC transporter solute-binding protein  37.77 
 
 
429 aa  233  5e-60  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1236  hypothetical protein  37.54 
 
 
429 aa  204  2e-51  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2068  putative ABC transporter solute-binding protein  34.29 
 
 
424 aa  179  9e-44  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.730242  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2094  putative spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  26.9 
 
 
377 aa  65.5  2e-09  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1874  extracellular solute-binding protein family 1  25.36 
 
 
375 aa  59.3  1e-07  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.58176  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2171  extracellular solute-binding protein  24.7 
 
 
360 aa  47.8  0.0003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.56432  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2451  hypothetical protein  24.7 
 
 
360 aa  47.4  0.0005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2059  putative spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  24.39 
 
 
360 aa  46.2  0.001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.791804  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7450  extracellular solute-binding protein  24.34 
 
 
380 aa  43.9  0.004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>