More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_2931 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_2931  ribose-phosphate pyrophosphokinase  100 
 
 
340 aa  697    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.134005  normal  0.0220495 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0976  ribose-phosphate pyrophosphokinase  79.17 
 
 
339 aa  555  1e-157  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.508643  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2301  phosphoribosyl pyrophosphate synthetase  79.17 
 
 
339 aa  555  1e-157  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.320704  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3823  ribose-phosphate pyrophosphokinase  78.34 
 
 
339 aa  554  1e-157  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2199  ribose-phosphate pyrophosphokinase  78.57 
 
 
339 aa  551  1e-156  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1053  ribose-phosphate pyrophosphokinase  78.4 
 
 
342 aa  547  1e-154  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2075  ribose-phosphate pyrophosphokinase  74.41 
 
 
340 aa  525  1e-148  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.344649  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2257  ribose-phosphate pyrophosphokinase  61.83 
 
 
310 aa  383  1e-105  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.441991  normal  0.889784 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2258  ribose-phosphate pyrophosphokinase  60.25 
 
 
311 aa  382  1e-105  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.284821  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3177  ribose-phosphate pyrophosphokinase  60.88 
 
 
310 aa  383  1e-105  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2155  ribose-phosphate pyrophosphokinase  61.51 
 
 
310 aa  384  1e-105  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3026  ribose-phosphate pyrophosphokinase  59.94 
 
 
310 aa  381  1e-105  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.695746  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1487  ribose-phosphate pyrophosphokinase  62.93 
 
 
314 aa  381  1e-105  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00209861 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6610  ribose-phosphate pyrophosphokinase  62.19 
 
 
314 aa  378  1e-104  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.881605  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2763  ribose-phosphate pyrophosphokinase  59.62 
 
 
310 aa  379  1e-104  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0549676  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6074  ribose-phosphate pyrophosphokinase  62.15 
 
 
316 aa  379  1e-104  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0344609 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1761  ribose-phosphate pyrophosphokinase  61.13 
 
 
317 aa  381  1e-104  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2553  ribose-phosphate pyrophosphokinase  60 
 
 
317 aa  379  1e-104  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.391347  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4332  ribose-phosphate pyrophosphokinase  62.26 
 
 
314 aa  375  1e-103  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0649453  normal  0.563505 
 
 
-
 
NC_004310  BR1533  ribose-phosphate pyrophosphokinase  59.62 
 
 
310 aa  373  1e-102  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.987838  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3875  ribose-phosphate pyrophosphokinase  62.26 
 
 
346 aa  374  1e-102  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.175586  normal  0.0190503 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4185  ribose-phosphate pyrophosphokinase  62.26 
 
 
314 aa  374  1e-102  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.849276  normal  0.673311 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1709  ribose-phosphate pyrophosphokinase  59.81 
 
 
310 aa  373  1e-102  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.347929  normal  0.21366 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1634  ribose-phosphate pyrophosphokinase  59.94 
 
 
310 aa  373  1e-102  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.692153  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4846  ribose-phosphate pyrophosphokinase  59.25 
 
 
317 aa  369  1e-101  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0174  ribose-phosphate pyrophosphokinase  59.94 
 
 
310 aa  369  1e-101  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0239  ribose-phosphate pyrophosphokinase  58.68 
 
 
310 aa  368  1e-101  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2165  ribose-phosphate pyrophosphokinase  59.94 
 
 
310 aa  369  1e-101  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0998  ribose-phosphate pyrophosphokinase  58.68 
 
 
310 aa  370  1e-101  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0838998  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1482  ribose-phosphate pyrophosphokinase  59.31 
 
 
328 aa  371  1e-101  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  decreased coverage  0.00949997  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1409  ribose-phosphate pyrophosphokinase  60.19 
 
 
317 aa  367  1e-100  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.70704  normal  0.419031 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2501  ribose-phosphate pyrophosphokinase  58.36 
 
 
331 aa  364  1e-99  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.534013 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4168  ribose-phosphate pyrophosphokinase  58.62 
 
 
317 aa  363  3e-99  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.384244  normal  0.332215 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0971  ribose-phosphate pyrophosphokinase  58.81 
 
 
311 aa  363  3e-99  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1089  ribose-phosphate pyrophosphokinase  55.59 
 
 
326 aa  362  4e-99  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0645  ribose-phosphate pyrophosphokinase  57.1 
 
 
310 aa  362  6e-99  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3091  ribose-phosphate pyrophosphokinase  58.36 
 
 
317 aa  361  8e-99  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3879  ribose-phosphate pyrophosphokinase  59.56 
 
 
317 aa  360  2e-98  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.409064  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2438  ribose-phosphate pyrophosphokinase  60.38 
 
 
311 aa  357  9.999999999999999e-98  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.167005  normal  0.972576 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3627  ribose-phosphate pyrophosphokinase  57.59 
 
 
316 aa  356  3.9999999999999996e-97  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0759  ribose-phosphate pyrophosphokinase  55.84 
 
 
310 aa  353  2.9999999999999997e-96  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.462965 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0671  ribose-phosphate pyrophosphokinase  58.81 
 
 
312 aa  350  3e-95  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2004  phosphoribosyl pyrophosphate synthetase  55.7 
 
 
312 aa  349  4e-95  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000613984  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0820  ribose-phosphate pyrophosphokinase  56.65 
 
 
315 aa  345  8e-94  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0240183  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2942  ribose-phosphate pyrophosphokinase  57.23 
 
 
311 aa  343  2e-93  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.851382 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0387  ribose-phosphate pyrophosphokinase  54.43 
 
 
316 aa  342  5.999999999999999e-93  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0198132 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3256  ribose-phosphate diphosphokinase  54.43 
 
 
313 aa  342  7e-93  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.670875  normal  0.0151507 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0585  ribose-phosphate pyrophosphokinase  55.84 
 
 
318 aa  340  2e-92  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.60749  hitchhiker  0.00709586 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3730  ribose-phosphate pyrophosphokinase  56.15 
 
 
316 aa  340  2.9999999999999998e-92  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.322716 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0100  ribose-phosphate pyrophosphokinase  56.01 
 
 
316 aa  338  8e-92  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.100447  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4133  ribose-phosphate pyrophosphokinase  55.52 
 
 
318 aa  338  9.999999999999999e-92  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.266741  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0395  ribose-phosphate pyrophosphokinase  55.38 
 
 
316 aa  337  1.9999999999999998e-91  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00089412  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41520  ribose-phosphate pyrophosphokinase  54.11 
 
 
313 aa  337  1.9999999999999998e-91  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.684903  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4345  ribose-phosphate pyrophosphokinase  53.11 
 
 
323 aa  337  1.9999999999999998e-91  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0589  ribose-phosphate pyrophosphokinase  53.29 
 
 
316 aa  336  2.9999999999999997e-91  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2188  ribose-phosphate pyrophosphokinase  55.84 
 
 
320 aa  336  2.9999999999999997e-91  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0141666  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2802  ribose-phosphate pyrophosphokinase  55.84 
 
 
320 aa  337  2.9999999999999997e-91  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0348969  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2813  ribose-phosphate pyrophosphokinase  55.84 
 
 
320 aa  337  2.9999999999999997e-91  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.223011  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3120  ribose-phosphate pyrophosphokinase  55.52 
 
 
318 aa  336  3.9999999999999995e-91  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.205277  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0585  ribose-phosphate pyrophosphokinase  55.52 
 
 
318 aa  336  3.9999999999999995e-91  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.882389  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0753  ribose-phosphate pyrophosphokinase  55.52 
 
 
318 aa  336  3.9999999999999995e-91  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2930  ribose-phosphate pyrophosphokinase  55.52 
 
 
318 aa  336  3.9999999999999995e-91  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.014212  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0569  ribose-phosphate pyrophosphokinase  55.52 
 
 
318 aa  336  3.9999999999999995e-91  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00937686  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1502  ribose-phosphate pyrophosphokinase  55.52 
 
 
318 aa  336  3.9999999999999995e-91  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00100657  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0088  ribose-phosphate pyrophosphokinase  55.52 
 
 
318 aa  336  3.9999999999999995e-91  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2720  ribose-phosphate pyrophosphokinase  55.52 
 
 
320 aa  335  5e-91  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.0000418106  normal  0.234705 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0824  ribose-phosphate pyrophosphokinase  53.63 
 
 
321 aa  335  5.999999999999999e-91  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.37249  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0895  Fis family transcriptional regulator  53.63 
 
 
321 aa  335  5.999999999999999e-91  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.944384  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2078  ribose-phosphate pyrophosphokinase  56.65 
 
 
317 aa  335  7.999999999999999e-91  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3610  Fis family transcriptional regulator  53 
 
 
319 aa  335  9e-91  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.493844 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2862  ribose-phosphate pyrophosphokinase  55.21 
 
 
320 aa  334  1e-90  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.0000366656  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3682  ribose-phosphate pyrophosphokinase  51.9 
 
 
316 aa  333  2e-90  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000078681  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0315  ribose-phosphate pyrophosphokinase  54.75 
 
 
318 aa  333  2e-90  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0515679  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1055  ribose-phosphate pyrophosphokinase  53.16 
 
 
310 aa  333  3e-90  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.973686  normal  0.13758 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0513  ribose-phosphate pyrophosphokinase  55.52 
 
 
318 aa  332  4e-90  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.127422  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0678  ribose-phosphate pyrophosphokinase  53.16 
 
 
311 aa  332  5e-90  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.585206  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1472  ribose-phosphate pyrophosphokinase  52.85 
 
 
316 aa  332  7.000000000000001e-90  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0157862 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0250  ribose-phosphate pyrophosphokinase  55.52 
 
 
316 aa  332  7.000000000000001e-90  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0474  ribose-phosphate pyrophosphokinase  54.75 
 
 
318 aa  332  7.000000000000001e-90  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.393869  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0277  ribose-phosphate pyrophosphokinase  55.52 
 
 
316 aa  332  7.000000000000001e-90  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.918759  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0125  ribose-phosphate pyrophosphokinase  51.9 
 
 
321 aa  332  8e-90  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0779969  normal  0.177896 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0139  ribose-phosphate pyrophosphokinase  52.53 
 
 
321 aa  331  1e-89  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0128  ribose-phosphate pyrophosphokinase  52.53 
 
 
321 aa  331  1e-89  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1293  ribose-phosphate pyrophosphokinase  52.63 
 
 
324 aa  331  1e-89  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.891091 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0068  ribose-phosphate diphosphokinase  53.31 
 
 
317 aa  331  1e-89  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5433  ribose-phosphate pyrophosphokinase  53.63 
 
 
319 aa  330  2e-89  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2848  ribose-phosphate pyrophosphokinase  51.57 
 
 
314 aa  330  2e-89  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000330674  hitchhiker  0.0000000000848542 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3229  ribose-phosphate diphosphokinase  53.8 
 
 
321 aa  330  2e-89  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2768  ribose-phosphate pyrophosphokinase  52.53 
 
 
316 aa  330  2e-89  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0630543  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0743  ribose-phosphate pyrophosphokinase  53.16 
 
 
314 aa  330  2e-89  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.549423  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0722  ribose-phosphate pyrophosphokinase  52.85 
 
 
313 aa  330  3e-89  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.162348  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0756  ribose-phosphate pyrophosphokinase  52.85 
 
 
310 aa  330  3e-89  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0121  ribose-phosphate pyrophosphokinase  52.22 
 
 
321 aa  330  3e-89  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.917582  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0766  ribose-phosphate pyrophosphokinase  52.85 
 
 
310 aa  330  3e-89  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1524  ribose-phosphate pyrophosphokinase  52.37 
 
 
313 aa  330  3e-89  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.152066  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4461  ribose-phosphate pyrophosphokinase  52.85 
 
 
310 aa  330  3e-89  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.329466  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0899  ribose-phosphate pyrophosphokinase  52 
 
 
324 aa  329  4e-89  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.941259  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0636  ribose-phosphate pyrophosphokinase  53 
 
 
325 aa  329  4e-89  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.532932  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6132  ribose-phosphate pyrophosphokinase  54.89 
 
 
320 aa  329  4e-89  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000000299156  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0514  ribose-phosphate pyrophosphokinase  54.26 
 
 
336 aa  329  5.0000000000000004e-89  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>