More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_0387 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007404  Tbd_0387  ribose-phosphate pyrophosphokinase  100 
 
 
316 aa  645    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0198132 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0589  ribose-phosphate pyrophosphokinase  81.01 
 
 
316 aa  536  1e-151  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0678  ribose-phosphate pyrophosphokinase  78.14 
 
 
311 aa  500  1e-140  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.585206  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3627  ribose-phosphate pyrophosphokinase  75 
 
 
316 aa  497  1e-139  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0527  ribose-phosphate pyrophosphokinase  72.44 
 
 
312 aa  488  1e-137  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0395  ribose-phosphate pyrophosphokinase  75 
 
 
316 aa  486  1e-136  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00089412  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0088  ribose-phosphate pyrophosphokinase  75.24 
 
 
318 aa  485  1e-136  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3120  ribose-phosphate pyrophosphokinase  75.24 
 
 
318 aa  485  1e-136  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.205277  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0585  ribose-phosphate pyrophosphokinase  75.24 
 
 
318 aa  485  1e-136  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.882389  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0753  ribose-phosphate pyrophosphokinase  75.24 
 
 
318 aa  485  1e-136  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1502  ribose-phosphate pyrophosphokinase  75.24 
 
 
318 aa  485  1e-136  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00100657  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0569  ribose-phosphate pyrophosphokinase  75.24 
 
 
318 aa  485  1e-136  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00937686  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0513  ribose-phosphate pyrophosphokinase  74.92 
 
 
318 aa  485  1e-136  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.127422  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4133  ribose-phosphate pyrophosphokinase  74.29 
 
 
318 aa  485  1e-136  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.266741  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2930  ribose-phosphate pyrophosphokinase  75.24 
 
 
318 aa  485  1e-136  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.014212  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0315  ribose-phosphate pyrophosphokinase  75.24 
 
 
318 aa  486  1e-136  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0515679  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2385  ribose-phosphate pyrophosphokinase  75.32 
 
 
315 aa  483  1e-135  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.90823 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2766  ribose-phosphate pyrophosphokinase  75.32 
 
 
315 aa  483  1e-135  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.244437  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0250  ribose-phosphate pyrophosphokinase  74.37 
 
 
316 aa  481  1e-135  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1168  ribose-phosphate pyrophosphokinase  74.19 
 
 
318 aa  481  1e-135  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.613331  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0474  ribose-phosphate pyrophosphokinase  74.6 
 
 
318 aa  484  1e-135  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.393869  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0585  ribose-phosphate pyrophosphokinase  74.29 
 
 
318 aa  483  1e-135  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.60749  hitchhiker  0.00709586 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0277  ribose-phosphate pyrophosphokinase  74.37 
 
 
316 aa  481  1e-135  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.918759  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2720  ribose-phosphate pyrophosphokinase  73.97 
 
 
320 aa  481  1e-135  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.0000418106  normal  0.234705 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2862  ribose-phosphate pyrophosphokinase  73.97 
 
 
320 aa  481  1e-135  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.0000366656  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2813  ribose-phosphate pyrophosphokinase  73.97 
 
 
320 aa  478  1e-134  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.223011  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0342  ribose-phosphate pyrophosphokinase  73.89 
 
 
317 aa  478  1e-134  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.379543  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2802  ribose-phosphate pyrophosphokinase  73.97 
 
 
320 aa  478  1e-134  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0348969  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6132  ribose-phosphate pyrophosphokinase  73.65 
 
 
320 aa  477  1e-133  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000000299156  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0289  ribose-phosphate pyrophosphokinase  72.61 
 
 
317 aa  474  1e-133  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2188  ribose-phosphate pyrophosphokinase  73.65 
 
 
320 aa  477  1e-133  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0141666  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3730  ribose-phosphate pyrophosphokinase  74.37 
 
 
316 aa  474  1e-132  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.322716 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0514  ribose-phosphate pyrophosphokinase  68.57 
 
 
336 aa  465  9.999999999999999e-131  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1293  ribose-phosphate pyrophosphokinase  70.1 
 
 
324 aa  462  1e-129  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.891091 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0345  ribose-phosphate pyrophosphokinase  69.45 
 
 
311 aa  459  9.999999999999999e-129  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.276335 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1660  ribose-phosphate pyrophosphokinase  70.42 
 
 
325 aa  460  9.999999999999999e-129  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0989  ribose-phosphate pyrophosphokinase  68.27 
 
 
318 aa  458  9.999999999999999e-129  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.697734  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2365  ribose-phosphate pyrophosphokinase  70.65 
 
 
316 aa  456  1e-127  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.870749  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5433  ribose-phosphate pyrophosphokinase  69.65 
 
 
319 aa  455  1e-127  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0899  ribose-phosphate pyrophosphokinase  69.52 
 
 
324 aa  456  1e-127  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.941259  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0283  ribose-phosphate pyrophosphokinase  68.27 
 
 
318 aa  455  1e-127  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1056  ribose-phosphate pyrophosphokinase  69.45 
 
 
311 aa  454  1.0000000000000001e-126  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.550032  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4345  ribose-phosphate pyrophosphokinase  68.39 
 
 
323 aa  451  1.0000000000000001e-126  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3610  Fis family transcriptional regulator  67.85 
 
 
319 aa  449  1e-125  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.493844 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3256  ribose-phosphate diphosphokinase  68.06 
 
 
313 aa  449  1e-125  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.670875  normal  0.0151507 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1524  ribose-phosphate pyrophosphokinase  69.58 
 
 
313 aa  451  1e-125  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.152066  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0951  ribose-phosphate pyrophosphokinase  68.49 
 
 
324 aa  451  1e-125  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41520  ribose-phosphate pyrophosphokinase  68.93 
 
 
313 aa  444  1.0000000000000001e-124  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.684903  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3229  ribose-phosphate diphosphokinase  67.63 
 
 
321 aa  446  1.0000000000000001e-124  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1055  ribose-phosphate pyrophosphokinase  68.93 
 
 
310 aa  444  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.973686  normal  0.13758 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3498  ribose-phosphate pyrophosphokinase  67.74 
 
 
320 aa  444  1.0000000000000001e-124  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000000549461 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0895  Fis family transcriptional regulator  67.52 
 
 
321 aa  442  1e-123  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.944384  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1104  ribose-phosphate pyrophosphokinase  68.61 
 
 
313 aa  443  1e-123  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3604  ribose-phosphate pyrophosphokinase  65.5 
 
 
315 aa  441  1e-123  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00259725  normal  0.154121 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0944  ribose-phosphate pyrophosphokinase  68.61 
 
 
313 aa  442  1e-123  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.494544  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4753  ribose-phosphate pyrophosphokinase  68.61 
 
 
310 aa  442  1e-123  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00928462  normal  0.419726 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1920  ribose-phosphate pyrophosphokinase  67.62 
 
 
321 aa  444  1e-123  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0824  ribose-phosphate pyrophosphokinase  67.52 
 
 
321 aa  442  1e-123  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.37249  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0722  ribose-phosphate pyrophosphokinase  67.96 
 
 
313 aa  439  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.162348  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2105  ribose-phosphate pyrophosphokinase  67.2 
 
 
318 aa  438  9.999999999999999e-123  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000537624  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0756  ribose-phosphate pyrophosphokinase  67.96 
 
 
310 aa  439  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0172  ribose-phosphate pyrophosphokinase  66.13 
 
 
315 aa  437  9.999999999999999e-123  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0093989 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5320  ribose-phosphate pyrophosphokinase  67.95 
 
 
313 aa  440  9.999999999999999e-123  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.887978  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4461  ribose-phosphate pyrophosphokinase  67.96 
 
 
310 aa  439  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.329466  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0766  ribose-phosphate pyrophosphokinase  67.96 
 
 
310 aa  439  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61770  ribose-phosphate pyrophosphokinase  67.95 
 
 
313 aa  440  9.999999999999999e-123  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.701218  hitchhiker  0.0074174 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1625  ribose-phosphate pyrophosphokinase  67.3 
 
 
321 aa  440  9.999999999999999e-123  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.765759  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0185  ribose-phosphate pyrophosphokinase  65.81 
 
 
315 aa  436  1e-121  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.015709  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2207  ribose-phosphate pyrophosphokinase  65.29 
 
 
322 aa  422  1e-117  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0575408  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2118  ribose-phosphate pyrophosphokinase  64.97 
 
 
322 aa  421  1e-117  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.000456755  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0607  ribose-phosphate pyrophosphokinase  62.86 
 
 
315 aa  419  1e-116  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0588  ribose-phosphate pyrophosphokinase  62.86 
 
 
315 aa  418  1e-116  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04542  ribose-phosphate pyrophosphokinase  65.61 
 
 
319 aa  418  1e-116  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0916  ribose-phosphate pyrophosphokinase  63.99 
 
 
315 aa  418  1e-116  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0996  ribose-phosphate pyrophosphokinase  64.74 
 
 
315 aa  419  1e-116  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0911  ribose-phosphate pyrophosphokinase  63.02 
 
 
314 aa  414  9.999999999999999e-116  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.613362  normal  0.368621 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3557  ribose-phosphate pyrophosphokinase  63.34 
 
 
314 aa  416  9.999999999999999e-116  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.00334731  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3837  ribose-phosphate pyrophosphokinase  63.67 
 
 
315 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3550  ribose-phosphate pyrophosphokinase  63.67 
 
 
315 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000537383 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3618  ribose-phosphate pyrophosphokinase  63.67 
 
 
315 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.294091  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3741  ribose-phosphate pyrophosphokinase  63.67 
 
 
315 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.473037 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3173  ribose-phosphate pyrophosphokinase  63.34 
 
 
315 aa  414  9.999999999999999e-116  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.283101  normal  0.911812 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0793  ribose-phosphate pyrophosphokinase  63.34 
 
 
315 aa  414  9.999999999999999e-116  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000256168  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0719  ribose-phosphate pyrophosphokinase  63.34 
 
 
315 aa  415  9.999999999999999e-116  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0196966  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0797  ribose-phosphate pyrophosphokinase  63.67 
 
 
315 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.97766  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0765  ribose-phosphate pyrophosphokinase  63.34 
 
 
315 aa  414  9.999999999999999e-116  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.675099  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0692  ribose-phosphate pyrophosphokinase  63.67 
 
 
315 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2570  ribose-phosphate pyrophosphokinase  63.67 
 
 
315 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00338227  normal  0.11667 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0726  ribose-phosphate pyrophosphokinase  67.2 
 
 
319 aa  411  1e-114  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.282105  normal  0.258423 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2184  ribose-phosphate pyrophosphokinase  62.38 
 
 
315 aa  411  1e-114  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1913  ribose-phosphate pyrophosphokinase  63.02 
 
 
315 aa  411  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.282698  normal  0.8749 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1977  ribose-phosphate pyrophosphokinase  63.02 
 
 
315 aa  411  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.607656  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2464  ribose-phosphate pyrophosphokinase  62.38 
 
 
315 aa  411  1e-114  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.162098  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1541  ribose-phosphate pyrophosphokinase  63.02 
 
 
315 aa  411  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.049338  normal  0.157535 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1986  ribose-phosphate pyrophosphokinase  62.7 
 
 
315 aa  413  1e-114  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.675824  normal  0.0111954 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3463  ribose-phosphate pyrophosphokinase  63.02 
 
 
315 aa  412  1e-114  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.281933  normal  0.770216 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3130  ribose-phosphate pyrophosphokinase  62.42 
 
 
324 aa  412  1e-114  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000268526  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0786  ribose-phosphate pyrophosphokinase  61.78 
 
 
332 aa  412  1e-114  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000113332  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3689  ribose-phosphate pyrophosphokinase  62.42 
 
 
324 aa  412  1e-114  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00564575  normal  0.505374 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2070  ribose-phosphate pyrophosphokinase  62.38 
 
 
315 aa  411  1e-114  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000481775  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>