More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_6506 on replicon NC_008392
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009512  Pput_2221  acyl-CoA synthetase  63.2 
 
 
540 aa  715  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3590  AMP-dependent synthetase and ligase  61.04 
 
 
547 aa  682  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1291  AMP-dependent synthetase and ligase  58.04 
 
 
550 aa  645  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0896483  normal  0.0414381 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0511  AMP-dependent synthetase and ligase  57.86 
 
 
551 aa  649  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25250  acyl-CoA synthetase  62.99 
 
 
540 aa  709  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4913  AMP-dependent synthetase and ligase  95.96 
 
 
545 aa  1078  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2093  acyl-CoA synthetase  63.74 
 
 
542 aa  714  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.100174  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2483  AMP-dependent synthetase and ligase  58.66 
 
 
548 aa  651  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.279875  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2080  AMP-dependent synthetase and ligase  59.12 
 
 
543 aa  644  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1658  acyl-CoA synthetase  61.15 
 
 
542 aa  677  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.125326  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2083  AMP-dependent synthetase and ligase  58.52 
 
 
542 aa  658  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.656252  hitchhiker  1.0579e-12 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1195  AMP-dependent synthetase and ligase  61.45 
 
 
652 aa  654  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.497537  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0900  acyl-CoA synthetase  62.62 
 
 
540 aa  706  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0183173  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2689  AMP-dependent synthetase and ligase  59.12 
 
 
543 aa  639  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.586965  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6506  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 
545 aa  1125  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00389964  normal  0.364964 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3817  acyl-CoA synthetase  63.69 
 
 
539 aa  719  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.710335  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3282  AMP-dependent synthetase and ligase  60.59 
 
 
546 aa  652  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3136  AMP-dependent synthetase and ligase  58.66 
 
 
545 aa  650  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3553  acyl-CoA synthetase  63.01 
 
 
540 aa  712  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.817597  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2369  acyl-CoA synthetase  63.2 
 
 
540 aa  711  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4259  AMP-binding protein  62.66 
 
 
541 aa  728  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09660  acyl-CoA synthetase  62.43 
 
 
540 aa  704  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00865902  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3250  AMP-dependent synthetase and ligase  95.96 
 
 
545 aa  1078  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0550813  normal  0.598947 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5039  AMP-dependent synthetase and ligase  58.1 
 
 
548 aa  634  1e-180  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.05602  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4684  AMP-dependent synthetase and ligase  57.99 
 
 
544 aa  634  1e-180  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3533  acyl-CoA synthetase  57.86 
 
 
546 aa  629  1e-179  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.8024  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0226  acyl-CoA synthetase  58.85 
 
 
545 aa  627  1e-178  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00200455  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2463  AMP-dependent synthetase and ligase  57.62 
 
 
542 aa  622  1e-177  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.591871  normal  0.469505 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1570  acyl-CoA synthetase  57.62 
 
 
549 aa  622  1e-177  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.228906  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5768  acyl-CoA synthetase  56.16 
 
 
544 aa  621  1e-176  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.915964  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5782  AMP-dependent synthetase and ligase  56.82 
 
 
550 aa  620  1e-176  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6026  AMP-dependent synthetase and ligase  56.07 
 
 
550 aa  614  1e-174  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1502  AMP-dependent synthetase and ligase  59.07 
 
 
545 aa  613  1e-174  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1170  acyl-CoA synthetase  54.26 
 
 
543 aa  613  1e-174  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.0279011 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0683  AMP-dependent synthetase and ligase  56.82 
 
 
550 aa  612  1e-174  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000214245  normal  0.363431 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4171  AMP-dependent synthetase and ligase  57.54 
 
 
543 aa  608  1e-173  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010373  M446_7038  hypothetical protein  56.07 
 
 
544 aa  611  1e-173  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.445259 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0019  acyl-CoA synthetase  55.31 
 
 
544 aa  603  1e-171  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3119  acyl-CoA synthetase  54.88 
 
 
549 aa  603  1e-171  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.186561  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4540  AMP-dependent synthetase and ligase  57.36 
 
 
543 aa  604  1e-171  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.143365  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4096  acyl-CoA synthetase  55.04 
 
 
547 aa  600  1e-170  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0212968 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0024  acyl-CoA synthetase  55.12 
 
 
544 aa  601  1e-170  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.702064 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5939  AMP-dependent synthetase and ligase  55.1 
 
 
559 aa  600  1e-170  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.812118  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4308  acyl-CoA synthetase  54.93 
 
 
544 aa  601  1e-170  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.458975  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6424  AMP-dependent synthetase and ligase  56.87 
 
 
551 aa  597  1e-169  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2005  acyl-CoA synthetase  54.93 
 
 
547 aa  594  1e-168  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0857661  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2709  acyl-CoA synthetase  54.33 
 
 
549 aa  594  1e-168  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6221  AMP-dependent synthetase and ligase  53.46 
 
 
550 aa  589  1e-167  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2720  acyl-CoA synthetase  54 
 
 
549 aa  590  1e-167  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.120351  normal  0.897048 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4911  AMP-dependent synthetase and ligase  53.07 
 
 
550 aa  587  1e-166  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2684  acyl-CoA synthetase  54.19 
 
 
549 aa  587  1e-166  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.598514 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1435  putative CoA ligase (AMP-forming)  55.08 
 
 
552 aa  587  1e-166  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.760271  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6767  acyl-CoA synthetase  55.84 
 
 
543 aa  578  1e-164  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.196968  normal  0.258132 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2076  AMP-dependent synthetase and ligase  52.72 
 
 
556 aa  578  1e-163  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0086171 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2795  acyl-CoA synthetase  54.14 
 
 
548 aa  575  1e-163  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1108  acyl-CoA synthetase  54.21 
 
 
551 aa  572  1e-162  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4590  acyl-CoA synthetase  54.21 
 
 
551 aa  572  1e-162  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.907923 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2782  acyl-CoA synthetase  55.41 
 
 
543 aa  573  1e-162  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0317959  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4295  acyl-CoA synthetase  55.26 
 
 
550 aa  569  1e-161  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3713  acyl-CoA synthetase  54.89 
 
 
550 aa  568  1e-161  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4071  acyl-CoA synthetase  55.26 
 
 
550 aa  569  1e-161  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3222  acyl-CoA synthetase  55.26 
 
 
550 aa  569  1e-161  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.831142  normal  0.141843 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4191  acyl-CoA synthetase  55.08 
 
 
550 aa  567  1e-160  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.408436  normal  0.60064 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1565  AMP-dependent synthetase and ligase  52.17 
 
 
543 aa  563  1e-159  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1394  acyl-CoA synthetase  55.47 
 
 
553 aa  564  1e-159  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.592914  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2306  acyl-CoA synthetase  55.28 
 
 
553 aa  564  1e-159  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1474  acyl-CoA synthetase  55.47 
 
 
553 aa  563  1e-159  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.703733  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0993  acyl-CoA synthetase  55.28 
 
 
553 aa  564  1e-159  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.936979  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1076  acyl-CoA synthetase  55.28 
 
 
553 aa  563  1e-159  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0509  acyl-CoA synthetase  55.47 
 
 
553 aa  564  1e-159  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35940  acyl-CoA synthetase  53.93 
 
 
548 aa  564  1e-159  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0629004  hitchhiker  4.55863e-16 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0138  acyl-CoA synthetase  55.47 
 
 
553 aa  563  1e-159  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4310  acyl-CoA synthetase  55.93 
 
 
550 aa  559  1e-158  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.213622 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2536  acyl-CoA synthetase  52.39 
 
 
558 aa  555  1e-157  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1724  acyl-CoA synthetase  54.43 
 
 
556 aa  554  1e-156  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0277595  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2111  AMP-dependent synthetase and ligase  50.82 
 
 
560 aa  551  1e-156  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1686  acyl-CoA synthetase  54.72 
 
 
553 aa  553  1e-156  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6109  AMP-dependent synthetase and ligase  51.58 
 
 
558 aa  549  1e-155  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.649133  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2979  AMP-dependent synthetase and ligase  53.83 
 
 
543 aa  549  1e-155  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0673597  normal  0.286044 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0180  AMP-dependent synthetase and ligase family protein  49.26 
 
 
554 aa  542  1e-153  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.115712 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0833  AMP-dependent synthetase and ligase  52.52 
 
 
541 aa  542  1e-153  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0919846  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0193  AMP-dependent synthetase and ligase  49.45 
 
 
554 aa  540  1e-152  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0063  AMP-dependent synthetase and ligase  51.27 
 
 
550 aa  535  1e-151  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.488746  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0282  AMP-dependent synthetase and ligase  52.14 
 
 
548 aa  520  1e-146  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0254  AMP-dependent synthetase and ligase  51.77 
 
 
549 aa  520  1e-146  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0606  AMP-dependent synthetase and ligase  52.65 
 
 
560 aa  514  1e-144  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0135962 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1599  AMP-binding protein  51.58 
 
 
549 aa  511  1e-143  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.4226  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2329  AMP-dependent synthetase and ligase  49.53 
 
 
521 aa  484  1e-135  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.247287  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2052  AMP-dependent synthetase and ligase  48.38 
 
 
523 aa  476  1e-133  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0787  AMP-dependent synthetase and ligase  51.48 
 
 
549 aa  464  1e-129  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.387629  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3751  hypothetical protein  51.66 
 
 
549 aa  463  1e-129  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0030  AMP-dependent synthetase and ligase  46.76 
 
 
541 aa  451  1e-125  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0394  AMP-dependent synthetase and ligase  40.87 
 
 
549 aa  420  1e-116  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5356  AMP-dependent synthetase and ligase  44.44 
 
 
523 aa  400  1e-110  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0682  AMP-dependent synthetase and ligase  41.97 
 
 
530 aa  377  1e-103  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1498  AMP-dependent synthetase and ligase  39.81 
 
 
531 aa  353  4e-96  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_04201  AMP-binding enzyme, putative (AFU_orthologue; AFUA_5G04270)  39.11 
 
 
592 aa  350  3e-95  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.475143  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2084  AMP-dependent synthetase and ligase  37.48 
 
 
511 aa  328  1e-88  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.365856  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0588  AMP-dependent synthetase and ligase  40.11 
 
 
515 aa  328  2e-88  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.204195  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1369  AMP-dependent synthetase and ligase  38.04 
 
 
541 aa  322  1e-86  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  decreased coverage  0.00896755  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>