More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1565 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007493  RSP_1599  AMP-binding protein  69.4 
 
 		 549 aa  726    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.4226  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0282  AMP-dependent synthetase and ligase  68.47 
 
 		 548 aa  732    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2979  AMP-dependent synthetase and ligase  72.68 
 
 		 543 aa  798    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0673597  normal  0.286044 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0254  AMP-dependent synthetase and ligase  69.78 
 
 		 549 aa  747    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0833  AMP-dependent synthetase and ligase  77.47 
 
 		 541 aa  830    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0919846  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1565  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 		 543 aa  1127    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2083  AMP-dependent synthetase and ligase  54.41 
 
 		 542 aa  588  1e-167  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.656252  hitchhiker  0.0000000000010579 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3817  acyl-CoA synthetase  54.61 
 
 		 539 aa  585  1e-166  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.710335  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0900  acyl-CoA synthetase  53.47 
 
 		 540 aa  582  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0183173  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09660  acyl-CoA synthetase  53.47 
 
 		 540 aa  582  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00865902  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2093  acyl-CoA synthetase  53.57 
 
 		 542 aa  577  1.0000000000000001e-163  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.100174  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2369  acyl-CoA synthetase  53.96 
 
 		 540 aa  573  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3590  AMP-dependent synthetase and ligase  54.43 
 
 		 547 aa  572  1.0000000000000001e-162  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25250  acyl-CoA synthetase  53.76 
 
 		 540 aa  573  1.0000000000000001e-162  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2221  acyl-CoA synthetase  53.4 
 
 		 540 aa  571  1e-161  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1658  acyl-CoA synthetase  54.6 
 
 		 542 aa  569  1e-161  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.125326  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3553  acyl-CoA synthetase  53.21 
 
 		 540 aa  567  1e-160  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.817597  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3136  AMP-dependent synthetase and ligase  53.46 
 
 		 545 aa  566  1e-160  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4913  AMP-dependent synthetase and ligase  52.73 
 
 		 545 aa  567  1e-160  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2483  AMP-dependent synthetase and ligase  53.46 
 
 		 548 aa  566  1e-160  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.279875  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2080  AMP-dependent synthetase and ligase  55.33 
 
 		 543 aa  567  1e-160  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3250  AMP-dependent synthetase and ligase  52.73 
 
 		 545 aa  567  1e-160  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0550813  normal  0.598947 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6506  AMP-dependent synthetase and ligase  52.17 
 
 		 545 aa  563  1.0000000000000001e-159  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00389964  normal  0.364964 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4684  AMP-dependent synthetase and ligase  52.44 
 
 		 544 aa  555  1e-157  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2689  AMP-dependent synthetase and ligase  54.43 
 
 		 543 aa  556  1e-157  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.586965  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1195  AMP-dependent synthetase and ligase  53.07 
 
 		 652 aa  557  1e-157  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.497537  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2463  AMP-dependent synthetase and ligase  53.96 
 
 		 542 aa  557  1e-157  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.591871  normal  0.469505 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1291  AMP-dependent synthetase and ligase  50.64 
 
 		 550 aa  550  1e-155  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0896483  normal  0.0414381 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0511  AMP-dependent synthetase and ligase  51.58 
 
 		 551 aa  550  1e-155  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3533  acyl-CoA synthetase  52.43 
 
 		 546 aa  549  1e-155  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.8024  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1170  acyl-CoA synthetase  50.56 
 
 		 543 aa  549  1e-155  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0279011 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4259  AMP-binding protein  50.38 
 
 		 541 aa  546  1e-154  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5768  acyl-CoA synthetase  53 
 
 		 544 aa  546  1e-154  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.915964  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5039  AMP-dependent synthetase and ligase  52.26 
 
 		 548 aa  545  1e-154  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.05602  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3282  AMP-dependent synthetase and ligase  52.59 
 
 		 546 aa  544  1e-153  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4308  acyl-CoA synthetase  52.6 
 
 		 544 aa  540  9.999999999999999e-153  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.458975  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4096  acyl-CoA synthetase  51.32 
 
 		 547 aa  540  9.999999999999999e-153  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0212968 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4171  AMP-dependent synthetase and ligase  52.73 
 
 		 543 aa  537  1e-151  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4540  AMP-dependent synthetase and ligase  53.1 
 
 		 543 aa  535  1e-151  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.143365  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3713  acyl-CoA synthetase  53.79 
 
 		 550 aa  535  1e-151  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0019  acyl-CoA synthetase  51.49 
 
 		 544 aa  531  1e-150  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4191  acyl-CoA synthetase  54.21 
 
 		 550 aa  533  1e-150  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.408436  normal  0.60064 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1724  acyl-CoA synthetase  53.93 
 
 		 556 aa  533  1e-150  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0277595  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4590  acyl-CoA synthetase  52.9 
 
 		 551 aa  533  1e-150  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.907923 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0683  AMP-dependent synthetase and ligase  53.46 
 
 		 550 aa  533  1e-150  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000214245  normal  0.363431 
 
 
-
 
NC_010373  M446_7038  hypothetical protein  52.07 
 
 		 544 aa  532  1e-150  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.445259 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1108  acyl-CoA synthetase  52.9 
 
 		 551 aa  533  1e-150  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4071  acyl-CoA synthetase  54.1 
 
 		 550 aa  529  1e-149  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3222  acyl-CoA synthetase  54.1 
 
 		 550 aa  529  1e-149  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.831142  normal  0.141843 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4295  acyl-CoA synthetase  54.1 
 
 		 550 aa  529  1e-149  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1502  AMP-dependent synthetase and ligase  53.21 
 
 		 545 aa  527  1e-148  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0226  acyl-CoA synthetase  51.32 
 
 		 545 aa  525  1e-148  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00200455  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6767  acyl-CoA synthetase  52.82 
 
 		 543 aa  525  1e-148  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.196968  normal  0.258132 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5782  AMP-dependent synthetase and ligase  50.46 
 
 		 550 aa  526  1e-148  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0024  acyl-CoA synthetase  51.12 
 
 		 544 aa  527  1e-148  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.702064 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2684  acyl-CoA synthetase  50.38 
 
 		 549 aa  522  1e-147  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.598514 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2782  acyl-CoA synthetase  52.26 
 
 		 543 aa  523  1e-147  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0317959  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2720  acyl-CoA synthetase  50.09 
 
 		 549 aa  524  1e-147  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.120351  normal  0.897048 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2536  acyl-CoA synthetase  50.19 
 
 		 558 aa  523  1e-147  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2709  acyl-CoA synthetase  49.91 
 
 		 549 aa  519  1e-146  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1570  acyl-CoA synthetase  52.05 
 
 		 549 aa  518  1e-146  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.228906  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6026  AMP-dependent synthetase and ligase  49.91 
 
 		 550 aa  520  1e-146  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3119  acyl-CoA synthetase  49.53 
 
 		 549 aa  516  1.0000000000000001e-145  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.186561  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4911  AMP-dependent synthetase and ligase  50.09 
 
 		 550 aa  515  1.0000000000000001e-145  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2005  acyl-CoA synthetase  50.38 
 
 		 547 aa  516  1.0000000000000001e-145  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0857661  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5939  AMP-dependent synthetase and ligase  49.91 
 
 		 559 aa  511  1e-144  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.812118  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4310  acyl-CoA synthetase  54.12 
 
 		 550 aa  513  1e-144  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.213622 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1076  acyl-CoA synthetase  52.13 
 
 		 553 aa  504  1e-141  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1394  acyl-CoA synthetase  51.94 
 
 		 553 aa  503  1e-141  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.592914  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2306  acyl-CoA synthetase  51.76 
 
 		 553 aa  502  1e-141  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0509  acyl-CoA synthetase  51.94 
 
 		 553 aa  503  1e-141  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1474  acyl-CoA synthetase  51.94 
 
 		 553 aa  502  1e-141  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.703733  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0993  acyl-CoA synthetase  51.76 
 
 		 553 aa  502  1e-141  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.936979  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0138  acyl-CoA synthetase  51.94 
 
 		 553 aa  502  1e-141  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2795  acyl-CoA synthetase  49.62 
 
 		 548 aa  499  1e-140  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1686  acyl-CoA synthetase  51.39 
 
 		 553 aa  499  1e-140  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6221  AMP-dependent synthetase and ligase  48.59 
 
 		 550 aa  495  1e-139  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0180  AMP-dependent synthetase and ligase family protein  46.01 
 
 		 554 aa  493  9.999999999999999e-139  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.115712 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6424  AMP-dependent synthetase and ligase  48.13 
 
 		 551 aa  492  9.999999999999999e-139  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0193  AMP-dependent synthetase and ligase  46.47 
 
 		 554 aa  494  9.999999999999999e-139  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0063  AMP-dependent synthetase and ligase  50.84 
 
 		 550 aa  494  9.999999999999999e-139  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.488746  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35940  acyl-CoA synthetase  50.19 
 
 		 548 aa  489  1e-137  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0629004  hitchhiker  4.55863e-16 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2111  AMP-dependent synthetase and ligase  46.06 
 
 		 560 aa  485  1e-136  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2076  AMP-dependent synthetase and ligase  47.24 
 
 		 556 aa  488  1e-136  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0086171 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1435  putative CoA ligase (AMP-forming)  48.52 
 
 		 552 aa  479  1e-134  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.760271  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6109  AMP-dependent synthetase and ligase  47.86 
 
 		 558 aa  473  1e-132  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.649133  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2052  AMP-dependent synthetase and ligase  46.76 
 
 		 523 aa  446  1.0000000000000001e-124  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0030  AMP-dependent synthetase and ligase  45.51 
 
 		 541 aa  443  1e-123  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0606  AMP-dependent synthetase and ligase  46.89 
 
 		 560 aa  440  9.999999999999999e-123  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0135962 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2329  AMP-dependent synthetase and ligase  46.15 
 
 		 521 aa  427  1e-118  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.247287  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5356  AMP-dependent synthetase and ligase  45.9 
 
 		 523 aa  414  1e-114  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0787  AMP-dependent synthetase and ligase  46 
 
 		 549 aa  405  1.0000000000000001e-112  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.387629  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0394  AMP-dependent synthetase and ligase  41.32 
 
 		 549 aa  405  1e-111  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3751  hypothetical protein  45.79 
 
 		 549 aa  403  1e-111  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_04201  AMP-binding enzyme, putative (AFU_orthologue; AFUA_5G04270)  38.56 
 
 		 592 aa  348  2e-94  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.475143  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0682  AMP-dependent synthetase and ligase  39.2 
 
 		 530 aa  347  4e-94  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1369  AMP-dependent synthetase and ligase  38.45 
 
 		 541 aa  332  1e-89  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  decreased coverage  0.00896755  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1498  AMP-dependent synthetase and ligase  39.26 
 
 		 531 aa  332  2e-89  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1402  AMP-dependent synthetase and ligase  39.51 
 
 		 532 aa  330  4e-89  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0820  AMP-dependent synthetase and ligase  39.29 
 
 		 538 aa  322  9.999999999999999e-87  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.594452 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>