141 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_5634 on replicon NC_008392
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008392  Bamb_5634  hypothetical protein  100 
 
 
203 aa  403  1e-112  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00782523  normal  0.0387967 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6382  hypothetical protein  98.52 
 
 
203 aa  397  1e-110  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.141353  normal  0.501614 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1367  hypothetical protein  88.73 
 
 
204 aa  340  1e-92  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0295237  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6462  hypothetical protein  88.73 
 
 
204 aa  340  1e-92  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6054  hypothetical protein  87.75 
 
 
204 aa  333  7e-91  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.127595 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5458  hypothetical protein  81.37 
 
 
204 aa  326  1e-88  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.646751  hitchhiker  0.00225101 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3148  hypothetical protein  58.91 
 
 
201 aa  200  1e-50  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.456613  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1369  hypothetical protein  58.91 
 
 
201 aa  198  4e-50  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.75101  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1277  hypothetical protein  58.91 
 
 
201 aa  198  4e-50  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0990  hypothetical protein  58.91 
 
 
201 aa  198  4e-50  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.177076  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2252  hypothetical protein  58.91 
 
 
201 aa  198  4e-50  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.705781  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3019  hypothetical protein  58.91 
 
 
201 aa  198  4e-50  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1970  hypothetical protein  58.91 
 
 
201 aa  198  4e-50  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.589425  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5975  hypothetical protein  52.75 
 
 
208 aa  177  1e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.566181  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3987  hypothetical protein  51.83 
 
 
212 aa  176  3e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.498228  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4380  hypothetical protein  51.83 
 
 
212 aa  176  3e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.116285  normal  0.971701 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3794  hypothetical protein  47.78 
 
 
214 aa  166  2e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.399094 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1639  hypothetical protein  52.35 
 
 
203 aa  163  1e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.204047 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4259  hypothetical protein  45.27 
 
 
214 aa  163  2e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.464103 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4242  hypothetical protein  51.92 
 
 
231 aa  149  4e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.962866  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3558  hypothetical protein  41.92 
 
 
207 aa  113  2e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0580723  normal  0.864917 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0602  hypothetical protein  39.81 
 
 
181 aa  107  1e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4919  putative outer membrane protein  43.57 
 
 
216 aa  102  3e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5441  hypothetical protein  34.64 
 
 
187 aa  102  4e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.394944 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3606  putative secreted protein  42.75 
 
 
179 aa  101  1e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3284  putative secreted protein  42.75 
 
 
179 aa  100  1e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1165  hypothetical protein  37.91 
 
 
187 aa  99.4  3e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.137159 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1069  outer membrane protein  36.92 
 
 
214 aa  98.2  7e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.0683436 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2670  putative lipoprotein  43.45 
 
 
166 aa  95.5  5e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.541057  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5098  hypothetical protein  44.22 
 
 
172 aa  95.1  7e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3178  hypothetical protein  42.86 
 
 
174 aa  94.7  8e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.613777  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1353  hypothetical protein  39.75 
 
 
169 aa  94.4  1e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4032  outer membrane protein  34.24 
 
 
208 aa  94  1e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00333349 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5178  putative outer membrane protein  37.18 
 
 
183 aa  93.6  2e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.22765 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36980  hypothetical protein  42.25 
 
 
190 aa  94  2e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0430291  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3182  outer membrane protein-like protein  40.71 
 
 
187 aa  93.2  2e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.731503 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3241  hypothetical protein  40.58 
 
 
166 aa  92.4  4e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6394  hypothetical protein  35.97 
 
 
181 aa  91.3  9e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2520  outer membrane protein-like protein  41.38 
 
 
166 aa  90.5  1e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.991788  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5299  hypothetical protein  40.88 
 
 
182 aa  90.1  2e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0560052  normal  0.052078 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5552  outer membrane protein-like protein  40.28 
 
 
194 aa  90.1  2e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.847922 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11110  hypothetical protein  37.31 
 
 
170 aa  88.6  5e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0040  hypothetical protein  35.67 
 
 
200 aa  88.2  8e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.142691 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3132  hypothetical protein  37.25 
 
 
173 aa  87.8  1e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.411044 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0744  hypothetical protein  39.51 
 
 
189 aa  86.7  2e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3254  hypothetical protein  35.71 
 
 
185 aa  85.9  4e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.111604  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2255  hypothetical protein  35 
 
 
186 aa  84.3  1e-15  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3624  hypothetical protein  35.9 
 
 
185 aa  84  1e-15  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.018546 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0334  putative outer membrane protein  35.42 
 
 
169 aa  83.6  2e-15  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.510939 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2005  outer membrane protein-like protein  33.33 
 
 
192 aa  82.4  4e-15  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.779308  normal  0.328183 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5576  outer membrane protein-like protein  35 
 
 
179 aa  80.9  1e-14  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.904013 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0323  putative outer membrane protein  35.82 
 
 
169 aa  80.9  1e-14  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1504  hypothetical protein  35.46 
 
 
193 aa  77.8  9e-14  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.393497 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0816  putative outer membrane protein  34.27 
 
 
173 aa  77.8  1e-13  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3212  hypothetical protein  32.86 
 
 
186 aa  77.8  1e-13  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.617159  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1728  outer membrane protein  33.52 
 
 
214 aa  77  2e-13  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.403983  hitchhiker  0.000467772 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3515  hypothetical protein  36.24 
 
 
190 aa  76.6  2e-13  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3731  hypothetical protein  31.88 
 
 
188 aa  76.3  3e-13  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.352743  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3445  putative outer membrane protein  34.27 
 
 
173 aa  76.3  3e-13  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.56959e-14 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2274  outer membrane protein-like protein  34.31 
 
 
174 aa  75.9  4e-13  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0408901  hitchhiker  0.00589861 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3833  hypothetical protein  32.85 
 
 
176 aa  75.9  4e-13  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.797851  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3401  hypothetical protein  36.3 
 
 
190 aa  74.3  1e-12  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.380854  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0900  hypothetical protein  34.12 
 
 
322 aa  72.8  3e-12  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.319174  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2744  outer membrane protein  34.81 
 
 
235 aa  72.4  4e-12  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0896  hypothetical protein  33.14 
 
 
318 aa  72.4  4e-12  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6350  hypothetical protein  34.75 
 
 
163 aa  72  6e-12  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.041892  normal  0.708608 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5562  hypothetical protein  31.74 
 
 
175 aa  72  6e-12  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.425424  normal  0.0185018 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4652  hypothetical protein  34.38 
 
 
181 aa  71.2  9e-12  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.603696 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1713  outer membrane protein  30 
 
 
194 aa  71.2  1e-11  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000156481 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3550  outer membrane protein  29.41 
 
 
204 aa  70.9  1e-11  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00012513  normal  0.0785876 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5115  hypothetical protein  34.38 
 
 
181 aa  70.5  2e-11  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.85355  normal  0.468603 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2716  hypothetical protein  31.01 
 
 
185 aa  70.1  2e-11  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.451978  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1324  hypothetical protein  35.21 
 
 
167 aa  69.7  3e-11  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2979  hypothetical protein  27.98 
 
 
174 aa  69.3  4e-11  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.281823 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3316  hypothetical protein  35.88 
 
 
235 aa  68.2  9e-11  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.080599  normal  0.507999 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5193  hypothetical protein  31.87 
 
 
180 aa  68.2  9e-11  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.19201  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7395  hypothetical protein  32.85 
 
 
175 aa  67.4  1e-10  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0967548  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1480  hypothetical protein  31.94 
 
 
176 aa  67.4  1e-10  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5231  hypothetical protein  32.61 
 
 
175 aa  67  2e-10  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.376233 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6652  hypothetical protein  33.33 
 
 
175 aa  67.4  2e-10  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00938181 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0851  hypothetical protein  34.97 
 
 
302 aa  66.2  3e-10  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.307036  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3017  hypothetical protein  31.43 
 
 
187 aa  65.5  5e-10  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7119  hypothetical protein  32.7 
 
 
177 aa  65.1  8e-10  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.188362  normal  0.116456 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0511  outer membrane protein-like protein  33.57 
 
 
172 aa  64.3  1e-09  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.303175  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3904  hypothetical protein  24.48 
 
 
167 aa  63.5  2e-09  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0471754  normal 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5287  hypothetical protein  33.33 
 
 
178 aa  63.2  2e-09  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.900899  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1425  hypothetical protein  30.71 
 
 
186 aa  63.5  2e-09  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5617  hypothetical protein  30.66 
 
 
165 aa  62.8  3e-09  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.19111 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5499  putative outer membrane protein  34.27 
 
 
191 aa  62  6e-09  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.234024  decreased coverage  0.000160663 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5210  hypothetical protein  31.97 
 
 
179 aa  59.7  3e-08  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  6.80106e-07  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7733  hypothetical protein  31.72 
 
 
216 aa  58.2  7e-08  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2472  hypothetical protein  30 
 
 
193 aa  57.8  1e-07  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.909183  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2686  hypothetical protein  30 
 
 
193 aa  57.8  1e-07  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2389  hypothetical protein  30 
 
 
193 aa  57.8  1e-07  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3371  outer membrane protein-like protein  27.14 
 
 
195 aa  56.6  2e-07  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.435295  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0617  hypothetical protein  28.06 
 
 
197 aa  57  2e-07  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.161317  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5348  hypothetical protein  34.07 
 
 
184 aa  57  2e-07  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.956984 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0925  hypothetical protein  30 
 
 
193 aa  56.6  2e-07  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0910  hypothetical protein  28.67 
 
 
298 aa  56.6  2e-07  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.190788  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4132  hypothetical protein  29.93 
 
 
202 aa  56.6  3e-07  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.228138 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>