125 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_1504 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_1504  hypothetical protein  100 
 
 		 193 aa  394  1e-109  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.393497 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3624  hypothetical protein  57.31 
 
 		 185 aa  198  3.9999999999999996e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.018546 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3401  hypothetical protein  53.33 
 
 		 190 aa  189  2.9999999999999997e-47  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.380854  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3212  hypothetical protein  46.63 
 
 		 186 aa  180  1e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.617159  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2255  hypothetical protein  46.11 
 
 		 186 aa  176  1e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3731  hypothetical protein  48.35 
 
 		 188 aa  177  1e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.352743  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5562  hypothetical protein  43.41 
 
 		 175 aa  155  4e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.425424  normal  0.0185018 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6652  hypothetical protein  42.31 
 
 		 175 aa  154  6e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00938181 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5231  hypothetical protein  42.86 
 
 		 175 aa  152  2.9999999999999998e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.376233 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7395  hypothetical protein  39.56 
 
 		 175 aa  146  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0967548  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7119  hypothetical protein  41.21 
 
 		 177 aa  146  2.0000000000000003e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.188362  normal  0.116456 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5193  hypothetical protein  44.3 
 
 		 180 aa  145  3e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.19201  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4652  hypothetical protein  45.57 
 
 		 181 aa  144  1e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.603696 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5115  hypothetical protein  46.15 
 
 		 181 aa  143  1e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.85355  normal  0.468603 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2979  hypothetical protein  38.89 
 
 		 174 aa  140  9.999999999999999e-33  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.281823 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3833  hypothetical protein  40.7 
 
 		 176 aa  139  3e-32  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.797851  normal  1 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6350  hypothetical protein  39.33 
 
 		 163 aa  100  9e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.041892  normal  0.708608 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2716  hypothetical protein  38.69 
 
 		 185 aa  100  2e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.451978  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5178  putative outer membrane protein  33.11 
 
 		 183 aa  98.2  7e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.22765 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1353  hypothetical protein  36.3 
 
 		 169 aa  95.1  6e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5576  outer membrane protein-like protein  36.76 
 
 		 179 aa  94.4  9e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.904013 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3445  putative outer membrane protein  32 
 
 		 173 aa  89.4  3e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000556959 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5441  hypothetical protein  36.46 
 
 		 187 aa  88.6  5e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.394944 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1165  hypothetical protein  36.69 
 
 		 187 aa  86.3  3e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.137159 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3316  hypothetical protein  37.24 
 
 		 235 aa  85.1  6e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.080599  normal  0.507999 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3182  outer membrane protein-like protein  35.94 
 
 		 187 aa  82.8  0.000000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.731503 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0816  putative outer membrane protein  29.33 
 
 		 173 aa  81.6  0.000000000000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1367  hypothetical protein  35.46 
 
 		 204 aa  80.9  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0295237  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36980  hypothetical protein  35.29 
 
 		 190 aa  80.5  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0430291  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6462  hypothetical protein  35.46 
 
 		 204 aa  80.9  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4032  outer membrane protein  31.91 
 
 		 208 aa  80.9  0.00000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00333349 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3241  hypothetical protein  35.37 
 
 		 166 aa  79.7  0.00000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2520  outer membrane protein-like protein  36.05 
 
 		 166 aa  80.5  0.00000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.991788  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3178  hypothetical protein  34.56 
 
 		 174 aa  79.7  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.613777  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6054  hypothetical protein  35.46 
 
 		 204 aa  79.7  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.127595 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3284  putative secreted protein  33.33 
 
 		 179 aa  80.1  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3515  hypothetical protein  33.09 
 
 		 190 aa  79.3  0.00000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6382  hypothetical protein  35.46 
 
 		 203 aa  79  0.00000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.141353  normal  0.501614 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3904  hypothetical protein  34.1 
 
 		 167 aa  78.6  0.00000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0471754  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3606  putative secreted protein  32.59 
 
 		 179 aa  78.6  0.00000000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5634  hypothetical protein  35.46 
 
 		 203 aa  77.8  0.00000000000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00782523  normal  0.0387967 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5617  hypothetical protein  34.07 
 
 		 165 aa  77.8  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.19111 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5458  hypothetical protein  32.68 
 
 		 204 aa  77  0.0000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.646751  hitchhiker  0.00225101 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2670  putative lipoprotein  33.56 
 
 		 166 aa  75.1  0.0000000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.541057  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6394  hypothetical protein  30.69 
 
 		 181 aa  73.9  0.000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3132  hypothetical protein  36.13 
 
 		 173 aa  72.8  0.000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.411044 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3558  hypothetical protein  30.46 
 
 		 207 aa  72.8  0.000000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0580723  normal  0.864917 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2274  outer membrane protein-like protein  35 
 
 		 174 aa  71.6  0.000000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0408901  hitchhiker  0.00589861 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5287  hypothetical protein  32.59 
 
 		 178 aa  71.6  0.000000000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.900899  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1069  outer membrane protein  28.79 
 
 		 214 aa  71.2  0.000000000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0683436 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3254  hypothetical protein  34.56 
 
 		 185 aa  70.5  0.00000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.111604  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1639  hypothetical protein  32.05 
 
 		 203 aa  69.7  0.00000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.204047 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0129  hypothetical protein  33.33 
 
 		 201 aa  68.6  0.00000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.359868  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0602  hypothetical protein  28.81 
 
 		 181 aa  68.2  0.00000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1728  outer membrane protein  29.37 
 
 		 214 aa  67.4  0.0000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.403983  hitchhiker  0.000467772 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4242  hypothetical protein  33.33 
 
 		 231 aa  67.4  0.0000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.962866  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5975  hypothetical protein  30.9 
 
 		 208 aa  67.8  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.566181  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4919  putative outer membrane protein  30.37 
 
 		 216 aa  66.6  0.0000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0076  hypothetical protein  37.5 
 
 		 199 aa  65.9  0.0000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.580617 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0511  outer membrane protein-like protein  29.01 
 
 		 172 aa  65.1  0.0000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.303175  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0744  hypothetical protein  29.27 
 
 		 189 aa  64.3  0.000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11110  hypothetical protein  28.67 
 
 		 170 aa  63.9  0.000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5348  hypothetical protein  33.82 
 
 		 184 aa  63.5  0.000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.956984 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1789  hypothetical protein  29.84 
 
 		 178 aa  62.8  0.000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.288402  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5499  putative outer membrane protein  28 
 
 		 191 aa  62  0.000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.234024  decreased coverage  0.000160663 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5299  hypothetical protein  33.55 
 
 		 182 aa  61.6  0.000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0560052  normal  0.052078 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4259  hypothetical protein  28.57 
 
 		 214 aa  61.6  0.000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.464103 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3987  hypothetical protein  29.9 
 
 		 212 aa  61.6  0.000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.498228  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4380  hypothetical protein  29.9 
 
 		 212 aa  61.6  0.000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.116285  normal  0.971701 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5552  outer membrane protein-like protein  28.38 
 
 		 194 aa  61.2  0.000000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.847922 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3794  hypothetical protein  31.94 
 
 		 214 aa  60.5  0.00000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.399094 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3371  outer membrane protein-like protein  26.09 
 
 		 195 aa  60.8  0.00000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.435295  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5210  hypothetical protein  29.79 
 
 		 179 aa  60.8  0.00000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000000680106  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5098  hypothetical protein  32.45 
 
 		 172 aa  59.7  0.00000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2536  outer membrane protein  26.4 
 
 		 173 aa  58.5  0.00000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2005  outer membrane protein-like protein  25.51 
 
 		 192 aa  58.2  0.00000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.779308  normal  0.328183 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3017  hypothetical protein  34.27 
 
 		 187 aa  56.6  0.0000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3523  hypothetical protein  29.01 
 
 		 226 aa  57  0.0000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.858088  hitchhiker  0.00178282 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1425  hypothetical protein  34.27 
 
 		 186 aa  57  0.0000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0617  hypothetical protein  30.82 
 
 		 197 aa  55.8  0.0000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.161317  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3550  outer membrane protein  27.82 
 
 		 204 aa  55.1  0.0000006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00012513  normal  0.0785876 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1970  hypothetical protein  30.07 
 
 		 201 aa  55.1  0.0000007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.589425  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1369  hypothetical protein  30.07 
 
 		 201 aa  55.1  0.0000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.75101  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0990  hypothetical protein  30.07 
 
 		 201 aa  55.1  0.0000007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.177076  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1277  hypothetical protein  30.07 
 
 		 201 aa  55.1  0.0000007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3019  hypothetical protein  30.07 
 
 		 201 aa  55.1  0.0000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2252  hypothetical protein  30.07 
 
 		 201 aa  55.1  0.0000007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.705781  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2686  hypothetical protein  31.21 
 
 		 193 aa  54.7  0.0000008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2389  hypothetical protein  31.21 
 
 		 193 aa  54.7  0.0000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2472  hypothetical protein  31.21 
 
 		 193 aa  54.7  0.0000008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.909183  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0925  hypothetical protein  31.21 
 
 		 193 aa  54.3  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0748  hypothetical protein  31.21 
 
 		 193 aa  54.3  0.000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0759  hypothetical protein  31.21 
 
 		 193 aa  53.9  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3148  hypothetical protein  29.37 
 
 		 201 aa  53.5  0.000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.456613  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7435  outer membrane protein-like protein  23.08 
 
 		 217 aa  52.8  0.000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.938816 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2290  hypothetical protein  42.86 
 
 		 233 aa  52.8  0.000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.75728  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7733  hypothetical protein  25.74 
 
 		 216 aa  52.8  0.000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0323  putative outer membrane protein  26.95 
 
 		 169 aa  52.4  0.000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0040  hypothetical protein  24.24 
 
 		 200 aa  52.4  0.000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.142691 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0334  putative outer membrane protein  26.24 
 
 		 169 aa  51.2  0.000009  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.510939 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>