More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_3139 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_3139  thioredoxin-disulfide reductase  100 
 
 		 338 aa  696    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2721  thioredoxin reductase  80.56 
 
 		 324 aa  551  1e-156  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.137171  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2982  thioredoxin reductase  81.17 
 
 		 324 aa  553  1e-156  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0371232 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1248  thioredoxin reductase  79.63 
 
 		 324 aa  539  9.999999999999999e-153  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.335568  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2112  thioredoxin reductase  71.6 
 
 		 324 aa  503  1e-141  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0949537  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1499  thioredoxin reductase  73.15 
 
 		 324 aa  493  9.999999999999999e-139  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.770592  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1664  thioredoxin reductase  74.07 
 
 		 324 aa  494  9.999999999999999e-139  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.28715  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1450  thioredoxin-disulfide reductase  72.84 
 
 		 324 aa  466  9.999999999999999e-131  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.661871  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0056  thioredoxin reductase  67.51 
 
 		 326 aa  454  1e-127  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2812  thioredoxin reductase  68.59 
 
 		 326 aa  450  1e-125  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6803  thioredoxin reductase, FAD/NAD(P)-binding  68.28 
 
 		 321 aa  442  1e-123  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.2043  normal  0.741138 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2453  thioredoxin reductase  66.67 
 
 		 321 aa  437  1e-121  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.62912 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2880  thioredoxin reductase  66.02 
 
 		 321 aa  434  1e-121  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.805293  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3793  thioredoxin reductase  64.97 
 
 		 325 aa  437  1e-121  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.119595  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1092  thioredoxin reductase  63.19 
 
 		 324 aa  434  1e-120  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0981  thioredoxin-disulfide reductase  63.58 
 
 		 317 aa  432  1e-120  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.708131  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1221  thioredoxin reductase  62.88 
 
 		 324 aa  431  1e-119  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3838  thioredoxin reductase  65.62 
 
 		 321 aa  429  1e-119  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1026  thioredoxin reductase  62.58 
 
 		 324 aa  430  1e-119  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.15779  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1512  thioredoxin reductase  64.69 
 
 		 321 aa  424  1e-118  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.379406 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2753  thioredoxin reductase  66.05 
 
 		 320 aa  426  1e-118  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1453  thioredoxin reductase  65 
 
 		 321 aa  427  1e-118  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.904503 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5827  thioredoxin reductase  63.19 
 
 		 325 aa  423  1e-117  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0638947  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4304  thioredoxin reductase  66.56 
 
 		 335 aa  422  1e-117  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4609  thioredoxin reductase  65 
 
 		 321 aa  423  1e-117  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0752942  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2305  thioredoxin reductase  65.18 
 
 		 334 aa  420  1e-116  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0781239 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0563  thioredoxin reductase  64.11 
 
 		 326 aa  413  1e-114  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0552475  normal  0.0148693 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2145  thioredoxin reductase  63.26 
 
 		 314 aa  413  1e-114  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.610006 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2441  thioredoxin reductase  60.19 
 
 		 345 aa  399  9.999999999999999e-111  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0877885  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1576  thioredoxin reductase  58.31 
 
 		 317 aa  389  1e-107  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0414  thioredoxin reductase  57.96 
 
 		 314 aa  387  1e-106  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0681074  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0228  thioredoxin reductase  58.84 
 
 		 312 aa  387  1e-106  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0256  thioredoxin reductase  57.45 
 
 		 335 aa  385  1e-106  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.464072 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2654  thioredoxin reductase  59.81 
 
 		 332 aa  384  1e-105  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2898  thioredoxin reductase  58.6 
 
 		 314 aa  383  1e-105  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0145  thioredoxin reductase  58.47 
 
 		 321 aa  384  1e-105  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3203  thioredoxin reductase  58.7 
 
 		 361 aa  383  1e-105  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.121454  normal  0.627549 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3338  thioredoxin reductase  55.63 
 
 		 331 aa  378  1e-104  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4027  thioredoxin reductase  56.04 
 
 		 323 aa  379  1e-104  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2343  thioredoxin reductase  58.41 
 
 		 322 aa  375  1e-103  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0614  thioredoxin reductase  57.51 
 
 		 313 aa  376  1e-103  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.305667  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3225  thioredoxin reductase  58.36 
 
 		 319 aa  362  6e-99  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00279715  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2208  thioredoxin reductase  60 
 
 		 338 aa  361  9e-99  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1692  thioredoxin reductase 1  57.41 
 
 		 314 aa  359  3e-98  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.160177  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2006  thioredoxin reductase  57.1 
 
 		 317 aa  358  6e-98  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2601  thioredoxin reductase  56.75 
 
 		 321 aa  355  5.999999999999999e-97  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2303  thioredoxin reductase  56.25 
 
 		 317 aa  353  2e-96  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0558  thioredoxin-disulfide reductase  54.81 
 
 		 314 aa  353  2e-96  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2028  thioredoxin reductase  56.39 
 
 		 316 aa  353  2e-96  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000102058  hitchhiker  0.0000262597 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0689  thioredoxin reductase  57.32 
 
 		 318 aa  353  2e-96  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.200381  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1713  thioredoxin reductase  56.7 
 
 		 317 aa  353  2.9999999999999997e-96  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000742143  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2424  thioredoxin reductase  57.1 
 
 		 320 aa  352  5e-96  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0834  thioredoxin reductase  54.71 
 
 		 346 aa  352  5e-96  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1344  thioredoxin-disulfide reductase  55.52 
 
 		 320 aa  352  5.9999999999999994e-96  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1283  thioredoxin reductase  55.52 
 
 		 320 aa  352  5.9999999999999994e-96  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1443  thioredoxin reductase  55.21 
 
 		 352 aa  351  1e-95  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3442  thioredoxin reductase  55.15 
 
 		 333 aa  351  1e-95  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0846  thioredoxin reductase  56.15 
 
 		 320 aa  350  2e-95  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1694  thioredoxin-disulfide reductase  55.52 
 
 		 317 aa  350  2e-95  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0935  thioredoxin reductase  56.47 
 
 		 320 aa  350  2e-95  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0495  thioredoxin reductase  56.47 
 
 		 320 aa  350  2e-95  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.287434  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1162  thioredoxin reductase  56.7 
 
 		 318 aa  350  2e-95  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.238547 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0974  thioredoxin reductase  56.47 
 
 		 320 aa  350  2e-95  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1293  thioredoxin reductase  55.8 
 
 		 320 aa  350  3e-95  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.429956 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2047  thioredoxin reductase  55.62 
 
 		 317 aa  349  3e-95  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000827938  hitchhiker  0.00204856 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2591  thioredoxin reductase 1  55.52 
 
 		 316 aa  349  4e-95  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.542991  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1959  thioredoxin reductase  55.62 
 
 		 317 aa  349  4e-95  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000155114  normal  0.552411 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3045  thioredoxin-disulfide reductase  55.84 
 
 		 320 aa  348  6e-95  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.403048  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2621  thioredoxin-disulfide reductase  55.84 
 
 		 320 aa  348  6e-95  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.105399  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2123  thioredoxin-disulfide reductase  55.84 
 
 		 320 aa  348  6e-95  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.165856  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2991  thioredoxin-disulfide reductase  55.84 
 
 		 320 aa  348  6e-95  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.520991  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3078  thioredoxin-disulfide reductase  55.84 
 
 		 320 aa  348  6e-95  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1991  thioredoxin-disulfide reductase  55.84 
 
 		 320 aa  348  6e-95  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0789  thioredoxin-disulfide reductase  55.84 
 
 		 320 aa  348  6e-95  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.133485  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02606  thioredoxin reductase  55.8 
 
 		 319 aa  348  6e-95  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2017  thioredoxin reductase  55.84 
 
 		 317 aa  348  7e-95  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000213161  normal  0.0579886 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0619  thioredoxin reductase  54.35 
 
 		 342 aa  347  1e-94  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000125941  normal  0.227908 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2370  thioredoxin reductase  55.62 
 
 		 316 aa  348  1e-94  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.274866  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2486  thioredoxin reductase  54.66 
 
 		 318 aa  347  2e-94  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00000100803  hitchhiker  0.0000245724 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0703  thioredoxin reductase  54.55 
 
 		 321 aa  347  2e-94  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4077  thioredoxin reductase  55.84 
 
 		 346 aa  347  2e-94  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.880689  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0634  thioredoxin reductase  55.49 
 
 		 333 aa  347  2e-94  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30280  thioredoxin reductase 1  55.21 
 
 		 316 aa  347  2e-94  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2014  thioredoxin reductase  55.31 
 
 		 317 aa  347  2e-94  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000856982  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2258  thioredoxin reductase  55.45 
 
 		 316 aa  346  3e-94  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000669147  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0791  thioredoxin reductase  54.55 
 
 		 321 aa  346  3e-94  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1731  thioredoxin reductase  53.14 
 
 		 316 aa  345  4e-94  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1731  thioredoxin reductase  53.14 
 
 		 316 aa  346  4e-94  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0803  thioredoxin reductase  55.28 
 
 		 318 aa  345  5e-94  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1037  thioredoxin reductase  54.24 
 
 		 333 aa  345  6e-94  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.865528  normal  0.526099 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0545  thioredoxin reductase  54.57 
 
 		 323 aa  345  7e-94  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.192083  hitchhiker  0.00000399991 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0375  thioredoxin-disulfide reductase  54.57 
 
 		 323 aa  345  7e-94  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2218  thioredoxin reductase  55 
 
 		 317 aa  345  8e-94  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000123307  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2188  thioredoxin reductase  55 
 
 		 317 aa  345  8e-94  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000784195  normal  0.0220787 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2152  thioredoxin reductase  55 
 
 		 317 aa  345  8e-94  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000485942  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3801  thioredoxin reductase  54.91 
 
 		 328 aa  344  1e-93  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0684  thioredoxin reductase  54.49 
 
 		 317 aa  344  1e-93  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00860267  normal  0.703249 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1838  thioredoxin reductase  55.14 
 
 		 321 aa  344  2e-93  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1560  thioredoxin-disulfide reductase  55.52 
 
 		 320 aa  343  2e-93  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.212237  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2124  thioredoxin reductase  54.86 
 
 		 316 aa  344  2e-93  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000128654  normal  0.0108632 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>