More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Aave_0332 on replicon NC_008752
Organism: Acidovorax citrulli AAC00-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010002  Daci_0385  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  84.11 
 
 
389 aa  653    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.235008  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0267  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  85.6 
 
 
387 aa  699    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.000362711  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0332  penicillin-binding protein 6  100 
 
 
393 aa  803    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.0227892 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0272  penicillin-binding protein 6  85.35 
 
 
387 aa  696    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0245093  hitchhiker  0.00000225718 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1254  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  80.6 
 
 
402 aa  623  1e-177  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.814321  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4921  Beta-lactamase  77.66 
 
 
389 aa  596  1e-169  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0610644  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3801  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  70.89 
 
 
394 aa  585  1e-166  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  unclonable  0.000000264221  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0250  penicillin-binding protein 6  75.67 
 
 
400 aa  587  1e-166  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000463975  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0197  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  73.8 
 
 
402 aa  572  1.0000000000000001e-162  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00107938  normal  0.937465 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0311  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  60.46 
 
 
384 aa  466  9.999999999999999e-131  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.692445  decreased coverage  0.00122162 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4237  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  58.84 
 
 
389 aa  430  1e-119  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.507304 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0291  penicillin-binding protein 6  54.12 
 
 
391 aa  385  1e-105  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.774777 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0225  penicillin-binding protein 6  50.83 
 
 
397 aa  376  1e-103  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0280  penicillin-binding protein 6  49.45 
 
 
399 aa  372  1e-102  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.892374  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1991  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  50.84 
 
 
404 aa  368  1e-101  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0242  Beta-lactamase  48.55 
 
 
375 aa  363  4e-99  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.984857  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0498  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  47.59 
 
 
409 aa  357  9.999999999999999e-98  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0047366 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0212  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  48.42 
 
 
409 aa  357  1.9999999999999998e-97  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4218  penicillin-binding protein 6  47.88 
 
 
418 aa  353  4e-96  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6236  penicillin-binding protein 6  49.86 
 
 
437 aa  350  3e-95  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.960923 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0380  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase family protein  48.61 
 
 
436 aa  350  3e-95  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2903  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  49.3 
 
 
436 aa  347  1e-94  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.392153  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2893  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  49.3 
 
 
436 aa  347  1e-94  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0327  penicillin-binding transmembrane protein  48.48 
 
 
397 aa  347  2e-94  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2805  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  49.58 
 
 
437 aa  346  3e-94  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.816207  normal  0.794908 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2278  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  49.3 
 
 
529 aa  346  4e-94  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0458  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase  48.33 
 
 
437 aa  346  5e-94  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.980224  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0224  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase family protein  48.33 
 
 
437 aa  346  5e-94  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3192  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase family protein  48.33 
 
 
437 aa  346  5e-94  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1369  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase family protein  48.33 
 
 
437 aa  346  5e-94  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0058  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase family protein  48.61 
 
 
403 aa  344  1e-93  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0620  penicillin-binding protein 6  48.33 
 
 
437 aa  345  1e-93  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.696128  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0411  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  49.17 
 
 
438 aa  344  2e-93  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0177027 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2943  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  49.3 
 
 
436 aa  343  2e-93  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0189  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  46.96 
 
 
400 aa  343  2.9999999999999997e-93  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0133986  normal  0.43472 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0438  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase  48.06 
 
 
437 aa  343  4e-93  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0183  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  46.96 
 
 
400 aa  342  5e-93  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2497  penicillin-binding protein 6  46.46 
 
 
385 aa  338  8e-92  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3337  penicillin-binding protein 6  42.39 
 
 
393 aa  317  2e-85  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000146078  normal  0.0197837 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1635  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  42.6 
 
 
396 aa  314  1.9999999999999998e-84  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000137172  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1549  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  40.17 
 
 
359 aa  308  8e-83  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0105  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase  42.94 
 
 
392 aa  307  2.0000000000000002e-82  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2410  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  40.1 
 
 
391 aa  305  8.000000000000001e-82  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1517  hypothetical protein  42.38 
 
 
430 aa  301  1e-80  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1466  hypothetical protein  42.11 
 
 
430 aa  300  3e-80  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0176  penicillin-binding protein 6  42.74 
 
 
381 aa  300  3e-80  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1267  Beta-lactamase  43.5 
 
 
425 aa  297  2e-79  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.00143172  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12100  D-ala-D-ala-carboxypeptidase  41.29 
 
 
386 aa  296  5e-79  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2632  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  41.89 
 
 
382 aa  295  7e-79  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1110  D-ala-D-ala-carboxypeptidase  41.29 
 
 
386 aa  295  8e-79  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4821  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase  40.05 
 
 
386 aa  295  9e-79  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2707  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  42.37 
 
 
391 aa  293  3e-78  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1012  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  41.76 
 
 
392 aa  293  4e-78  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.56176  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4803  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  40.86 
 
 
386 aa  292  7e-78  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.273378 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4361  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  39.52 
 
 
395 aa  291  1e-77  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0572554  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4678  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  40.86 
 
 
403 aa  291  1e-77  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.526181  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4966  penicillin-binding protein 6  40.7 
 
 
385 aa  291  1e-77  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3794  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  40.31 
 
 
386 aa  291  1e-77  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1345  D-alanyl-D-alanine serine-type carboxypeptidase  42.37 
 
 
418 aa  290  2e-77  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.0000062707  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08430  D-Alanyl-D-Alanine carboxypeptidase  41.67 
 
 
404 aa  291  2e-77  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.000566286  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1408  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase  42.37 
 
 
418 aa  290  2e-77  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000562956  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1471  penicillin-binding protein 6  40.91 
 
 
386 aa  290  3e-77  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000138032  normal  0.281403 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4856  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  40.59 
 
 
386 aa  290  4e-77  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.399898  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0618  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  40.32 
 
 
386 aa  289  5.0000000000000004e-77  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.143344  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0647  serine-type D-ala-D-ala-carboxypeptidase  41.78 
 
 
402 aa  280  2e-74  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01214  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase  39.02 
 
 
392 aa  280  3e-74  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1970  Beta-lactamase  41.29 
 
 
415 aa  280  3e-74  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.714135  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2844  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  37.76 
 
 
382 aa  280  4e-74  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000202548  hitchhiker  0.000178418 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3446  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  39.78 
 
 
406 aa  279  6e-74  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.601063 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3027  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  39.95 
 
 
406 aa  278  1e-73  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0470  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase  39.19 
 
 
391 aa  278  2e-73  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000348683  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004225  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase  38.5 
 
 
392 aa  272  6e-72  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000132513  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04285  penicillin-binding protein 6  38.44 
 
 
401 aa  272  9e-72  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1758  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  39.06 
 
 
413 aa  268  2e-70  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0235603  hitchhiker  0.0000554663 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0982  penicillin-binding protein 5 precursor (D-alanyl-D-alanin carboxypeptidase fraction A)  38.76 
 
 
391 aa  266  5e-70  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.843783  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2939  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  36.39 
 
 
390 aa  266  7e-70  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000023213  normal  0.0234348 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0658  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  37.34 
 
 
388 aa  264  2e-69  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0735664  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1305  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  38.98 
 
 
422 aa  264  2e-69  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00907014  normal  0.179482 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1362  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  37.85 
 
 
396 aa  264  3e-69  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0866  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase fraction C  38.5 
 
 
403 aa  262  6.999999999999999e-69  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00806  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase (penicillin-binding protein 6a)  38.44 
 
 
400 aa  262  6.999999999999999e-69  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0900  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase fraction C  38.44 
 
 
400 aa  262  6.999999999999999e-69  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.739941  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00823  hypothetical protein  38.44 
 
 
400 aa  262  6.999999999999999e-69  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0992  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase fraction C  38.5 
 
 
403 aa  262  6.999999999999999e-69  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.858923  normal  0.226305 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2803  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase fraction C  38.44 
 
 
400 aa  262  6.999999999999999e-69  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.93217  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2803  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  38.44 
 
 
400 aa  262  8e-69  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.898477  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0910  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase fraction C  38.44 
 
 
400 aa  262  8.999999999999999e-69  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2506  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase fraction C  38.44 
 
 
400 aa  261  1e-68  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01652  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase  38.46 
 
 
394 aa  262  1e-68  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000184002  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0687  penicillin-binding protein 6  37.01 
 
 
388 aa  261  2e-68  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.869929  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2143  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  38.9 
 
 
385 aa  260  3e-68  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1430  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  38.46 
 
 
347 aa  260  3e-68  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0920  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  40.33 
 
 
414 aa  259  4e-68  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0695  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  37.95 
 
 
403 aa  260  4e-68  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0266  serine-type D-ala-D-ala carboxypeptidase  38.48 
 
 
377 aa  259  7e-68  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.179024  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1712  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase  37.37 
 
 
399 aa  258  1e-67  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3712  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  35.79 
 
 
390 aa  258  2e-67  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00000641261  hitchhiker  0.0005316 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2295  Beta-lactamase  39.34 
 
 
401 aa  257  2e-67  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06426  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase  38.04 
 
 
389 aa  256  3e-67  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0851  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  37.3 
 
 
428 aa  256  5e-67  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000096897  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>