More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_2805 on replicon NC_010551
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010551  BamMC406_2805  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  100 
 
 
437 aa  895    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.816207  normal  0.794908 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1369  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase family protein  82.19 
 
 
437 aa  704    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0058  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase family protein  85.44 
 
 
403 aa  667    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0411  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  94.98 
 
 
438 aa  810    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0177027 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0620  penicillin-binding protein 6  81.96 
 
 
437 aa  702    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.696128  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6236  penicillin-binding protein 6  96.34 
 
 
437 aa  829    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.960923 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0438  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase  81.96 
 
 
437 aa  702    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0380  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase family protein  81.74 
 
 
436 aa  701    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2278  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  94.97 
 
 
529 aa  811    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2903  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  94.97 
 
 
436 aa  813    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.392153  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3192  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase family protein  82.19 
 
 
437 aa  704    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2943  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  98.86 
 
 
436 aa  842    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2893  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  94.97 
 
 
436 aa  813    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0458  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase  82.19 
 
 
437 aa  704    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.980224  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0224  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase family protein  82.19 
 
 
437 aa  704    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4218  penicillin-binding protein 6  70.45 
 
 
418 aa  632  1e-180  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0498  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  69.09 
 
 
409 aa  624  1e-177  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0047366 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0212  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  70 
 
 
409 aa  608  1e-173  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0225  penicillin-binding protein 6  60.44 
 
 
397 aa  479  1e-134  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0280  penicillin-binding protein 6  60.44 
 
 
399 aa  477  1e-133  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.892374  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0183  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  60.6 
 
 
400 aa  472  1e-132  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0327  penicillin-binding transmembrane protein  61.28 
 
 
397 aa  468  1.0000000000000001e-131  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0189  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  60.33 
 
 
400 aa  471  1.0000000000000001e-131  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0133986  normal  0.43472 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0242  Beta-lactamase  51.67 
 
 
375 aa  400  9.999999999999999e-111  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.984857  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1991  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  53.04 
 
 
404 aa  390  1e-107  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0291  penicillin-binding protein 6  51.39 
 
 
391 aa  373  1e-102  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.774777 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4237  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  51.12 
 
 
389 aa  370  1e-101  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.507304 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2410  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  48.51 
 
 
391 aa  366  1e-100  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0311  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  48.4 
 
 
384 aa  359  6e-98  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.692445  decreased coverage  0.00122162 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2497  penicillin-binding protein 6  48.81 
 
 
385 aa  356  5e-97  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0385  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  51.53 
 
 
389 aa  354  1e-96  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.235008  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1549  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  47.18 
 
 
359 aa  353  4e-96  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0272  penicillin-binding protein 6  49.19 
 
 
387 aa  352  7e-96  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0245093  hitchhiker  0.00000225718 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0267  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  49.19 
 
 
387 aa  352  8e-96  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.000362711  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4921  Beta-lactamase  49.03 
 
 
389 aa  347  3e-94  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0610644  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0332  penicillin-binding protein 6  49.58 
 
 
393 aa  346  5e-94  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.0227892 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1254  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  49.03 
 
 
402 aa  346  5e-94  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.814321  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0105  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase  46.2 
 
 
392 aa  341  1e-92  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1635  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  43.86 
 
 
396 aa  334  2e-90  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000137172  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2707  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  47.43 
 
 
391 aa  332  8e-90  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0250  penicillin-binding protein 6  48.49 
 
 
400 aa  331  1e-89  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000463975  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1517  hypothetical protein  42.97 
 
 
430 aa  331  2e-89  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1466  hypothetical protein  42.71 
 
 
430 aa  330  3e-89  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3801  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  46.76 
 
 
394 aa  330  3e-89  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  unclonable  0.000000264221  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0197  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  48.22 
 
 
402 aa  330  3e-89  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00107938  normal  0.937465 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12100  D-ala-D-ala-carboxypeptidase  45.53 
 
 
386 aa  327  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1110  D-ala-D-ala-carboxypeptidase  45.53 
 
 
386 aa  327  3e-88  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3337  penicillin-binding protein 6  44.93 
 
 
393 aa  325  1e-87  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000146078  normal  0.0197837 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0647  serine-type D-ala-D-ala-carboxypeptidase  46.48 
 
 
402 aa  322  7e-87  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3794  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  45.53 
 
 
386 aa  321  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2844  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  43.96 
 
 
382 aa  319  7e-86  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000202548  hitchhiker  0.000178418 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1970  Beta-lactamase  45.38 
 
 
415 aa  317  2e-85  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.714135  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2632  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  45.45 
 
 
382 aa  317  2e-85  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08430  D-Alanyl-D-Alanine carboxypeptidase  44.78 
 
 
404 aa  318  2e-85  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.000566286  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0176  penicillin-binding protein 6  44.89 
 
 
381 aa  317  3e-85  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4803  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  42.58 
 
 
386 aa  313  5.999999999999999e-84  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.273378 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1345  D-alanyl-D-alanine serine-type carboxypeptidase  41.1 
 
 
418 aa  313  5.999999999999999e-84  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.0000062707  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1408  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase  41.1 
 
 
418 aa  313  5.999999999999999e-84  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000562956  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4678  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  42.34 
 
 
403 aa  312  6.999999999999999e-84  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.526181  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4966  penicillin-binding protein 6  43.78 
 
 
385 aa  311  2e-83  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4856  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  42.09 
 
 
386 aa  310  2e-83  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.399898  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3446  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  43.45 
 
 
406 aa  311  2e-83  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.601063 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4821  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase  43.27 
 
 
386 aa  310  4e-83  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2395  Beta-lactamase  43.72 
 
 
402 aa  309  5e-83  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0618  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  43.43 
 
 
386 aa  308  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.143344  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4361  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  43.09 
 
 
395 aa  307  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0572554  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01214  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase  43.99 
 
 
392 aa  304  2.0000000000000002e-81  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1012  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  42.59 
 
 
392 aa  304  2.0000000000000002e-81  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.56176  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2295  Beta-lactamase  42.82 
 
 
401 aa  300  2e-80  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04285  penicillin-binding protein 6  42.42 
 
 
401 aa  300  4e-80  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0695  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  43.33 
 
 
403 aa  299  5e-80  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0996  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase fraction C  43.23 
 
 
400 aa  297  2e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0920  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  41.11 
 
 
414 aa  297  2e-79  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1362  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  42.42 
 
 
396 aa  296  3e-79  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0935  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase fraction C  43.23 
 
 
400 aa  297  3e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0967  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase fraction C  43.23 
 
 
426 aa  297  3e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0899  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase fraction C  43.23 
 
 
426 aa  297  3e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1015  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase fraction C  43.23 
 
 
426 aa  297  3e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.151648  normal  0.456667 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1556  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  39.29 
 
 
390 aa  295  1e-78  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000000411201  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0470  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase  42.34 
 
 
391 aa  293  3e-78  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000348683  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01652  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase  42.9 
 
 
394 aa  293  3e-78  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000184002  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2803  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  42.01 
 
 
400 aa  292  9e-78  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.898477  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3321  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  42.78 
 
 
391 aa  292  9e-78  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000239349  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3457  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  42.78 
 
 
391 aa  292  9e-78  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000146713  normal  0.0310486 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00806  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase (penicillin-binding protein 6a)  42.01 
 
 
400 aa  292  1e-77  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0992  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase fraction C  42.01 
 
 
403 aa  291  1e-77  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.858923  normal  0.226305 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00823  hypothetical protein  42.01 
 
 
400 aa  292  1e-77  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0910  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase fraction C  42.01 
 
 
400 aa  291  1e-77  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1088  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  42.78 
 
 
391 aa  291  1e-77  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.00000000911749  hitchhiker  0.00000985574 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0866  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase fraction C  42.01 
 
 
403 aa  291  1e-77  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0900  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase fraction C  42.01 
 
 
400 aa  292  1e-77  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.739941  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2803  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase fraction C  42.01 
 
 
400 aa  292  1e-77  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.93217  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1758  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  42.08 
 
 
413 aa  291  1e-77  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0235603  hitchhiker  0.0000554663 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1164  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase  42.78 
 
 
390 aa  291  2e-77  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3279  Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase  42.78 
 
 
391 aa  291  2e-77  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000679219  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1267  Beta-lactamase  41.94 
 
 
425 aa  291  2e-77  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.00143172  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2506  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase fraction C  41.75 
 
 
400 aa  290  3e-77  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004225  D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase  42.35 
 
 
392 aa  289  6e-77  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000132513  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0987  penicillin-binding protein 6  42.22 
 
 
391 aa  289  6e-77  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000020777  normal  0.0123429 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0991  penicillin-binding protein 6  42.22 
 
 
391 aa  289  6e-77  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000007627  normal  0.347803 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>