82 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3554 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008043  TM1040_3554  hypothetical protein  100 
 
 		 60 aa  127  6e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.179215 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2867  hypothetical protein  66.67 
 
 		 60 aa  77.4  0.00000000000007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.148567  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1674  hypothetical protein  59.26 
 
 		 72 aa  68.9  0.00000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.231141 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0756  protein of unknown function DUF329  55.77 
 
 		 73 aa  67.8  0.00000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00147041 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1793  hypothetical protein  61.36 
 
 		 49 aa  66.2  0.0000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.660768 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4313  hypothetical protein  60.98 
 
 		 65 aa  65.1  0.0000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.647385  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2724  hypothetical protein  50 
 
 		 76 aa  65.5  0.0000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2275  hypothetical protein  54.55 
 
 		 60 aa  63.2  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.398688 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0623  hypothetical protein  54.55 
 
 		 60 aa  63.2  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0335184  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2136  protein of unknown function DUF329  60 
 
 		 82 aa  62.4  0.000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1133  hypothetical protein  48.33 
 
 		 55 aa  62.8  0.000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.121348 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2751  protein of unknown function DUF329  55.81 
 
 		 67 aa  62.4  0.000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3582  hypothetical protein  51.72 
 
 		 60 aa  62.4  0.000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.891273 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0276  zinc-binding protein  57.14 
 
 		 65 aa  62  0.000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0723518  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4345  zinc-binding protein  53.33 
 
 		 64 aa  61.6  0.000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.15942 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2627  hypothetical protein  51.16 
 
 		 72 aa  60.8  0.000000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.463351 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0185  zinc-binding protein  51.11 
 
 		 70 aa  59.7  0.00000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0293  zinc-binding protein  56.52 
 
 		 60 aa  60.1  0.00000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5017  zinc-binding protein  53.33 
 
 		 60 aa  60.1  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.453654  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2851  protein of unknown function DUF329  48.84 
 
 		 72 aa  59.3  0.00000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3343  protein of unknown function DUF329  58.54 
 
 		 65 aa  59.3  0.00000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0901  hypothetical protein  50 
 
 		 64 aa  58.9  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0244  zinc-binding protein  56.1 
 
 		 70 aa  58.9  0.00000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.869931  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2766  hypothetical protein  51.16 
 
 		 78 aa  58.2  0.00000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0272  zinc-binding protein  56.1 
 
 		 70 aa  57.8  0.00000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2951  hypothetical protein  60.53 
 
 		 61 aa  57.4  0.00000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0602  hypothetical protein  56.76 
 
 		 60 aa  56.6  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4413  zinc-binding protein  58.33 
 
 		 61 aa  56.2  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.809075  normal  0.591143 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0529  hypothetical protein  50 
 
 		 75 aa  53.5  0.000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.502678  normal  0.0768596 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1055  hypothetical protein  53.66 
 
 		 57 aa  53.1  0.000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.800623  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0213  zinc-binding protein  48.78 
 
 		 70 aa  52.4  0.000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.682651 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0636  hypothetical protein  46.51 
 
 		 69 aa  52  0.000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0321  zinc-binding protein  43.48 
 
 		 71 aa  51.6  0.000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0213  hypothetical protein  47.73 
 
 		 60 aa  50.8  0.000007  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  2.00433e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0265  zinc-binding protein  51.43 
 
 		 71 aa  50.4  0.000009  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000322134  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0247  zinc-binding protein  51.43 
 
 		 57 aa  50.4  0.000009  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.612167  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2090  hypothetical protein  43.08 
 
 		 73 aa  48.5  0.00003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0541121  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3075  protein of unknown function DUF329  40.38 
 
 		 67 aa  47.8  0.00005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2830  hypothetical protein  40.82 
 
 		 71 aa  46.2  0.0002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0927405  normal  0.221876 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0411  hypothetical protein  40 
 
 		 69 aa  45.4  0.0003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58790  zinc-binding protein  37.5 
 
 		 66 aa  45.1  0.0004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.262724  normal  0.292853 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2710  protein of unknown function DUF329  38.46 
 
 		 67 aa  44.7  0.0004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5166  zinc-binding protein  37.5 
 
 		 66 aa  45.1  0.0004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.299758  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0771  zinc-binding protein  41.67 
 
 		 64 aa  44.7  0.0005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.879508  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0513  protein of unknown function DUF329  40.43 
 
 		 82 aa  44.3  0.0006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0279105  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0415  hypothetical protein  38 
 
 		 69 aa  44.3  0.0006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3610  hypothetical protein  38 
 
 		 69 aa  44.3  0.0006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0414  hypothetical protein  38 
 
 		 69 aa  44.3  0.0006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00431669 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3428  hypothetical protein  38 
 
 		 69 aa  43.5  0.001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0621  protein of unknown function DUF329  40.38 
 
 		 73 aa  43.1  0.001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0136701  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2086  protein of unknown function DUF329  42 
 
 		 67 aa  43.5  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2001  protein of unknown function DUF329  42 
 
 		 67 aa  43.1  0.001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.155969  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2688  hypothetical protein  44.44 
 
 		 62 aa  43.1  0.001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4113  hypothetical protein  48.65 
 
 		 51 aa  43.1  0.001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2317  hypothetical protein  40 
 
 		 74 aa  42.4  0.002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2365  hypothetical protein  38.33 
 
 		 69 aa  42.4  0.002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.859692  normal  0.117564 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1982  hypothetical protein  44.68 
 
 		 66 aa  42  0.003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0380441  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3658  protein of unknown function DUF329  44.19 
 
 		 73 aa  42  0.003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.673603  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1859  hypothetical protein  41.51 
 
 		 67 aa  41.2  0.004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1006  hypothetical protein  39.62 
 
 		 65 aa  41.2  0.004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.595477  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0364  hypothetical protein  37.5 
 
 		 71 aa  41.2  0.005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000693674 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0275  hypothetical protein  42.86 
 
 		 70 aa  41.2  0.005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2660  hypothetical protein  36.17 
 
 		 64 aa  40.8  0.006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0922  hypothetical protein  42.86 
 
 		 69 aa  41.2  0.006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0794  zinc-binding protein  42.86 
 
 		 69 aa  40.8  0.006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4065  hypothetical protein  36 
 
 		 69 aa  40.8  0.007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.291294 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3872  protein of unknown function DUF329  36 
 
 		 69 aa  40.8  0.007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000285731 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3947  hypothetical protein  36 
 
 		 69 aa  40.8  0.007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1735  hypothetical protein  45.45 
 
 		 86 aa  40.8  0.007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.211092  normal  0.471661 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0846  hypothetical protein  37.25 
 
 		 68 aa  40.8  0.007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.278661  normal  0.355285 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1058  hypothetical protein  46.34 
 
 		 65 aa  40.4  0.008  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.21679  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0270  hypothetical protein  36.07 
 
 		 70 aa  40.4  0.008  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1131  hypothetical protein  40.43 
 
 		 74 aa  40.4  0.008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0660  protein of unknown function DUF329  37.93 
 
 		 65 aa  40.4  0.008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0308  hypothetical protein  33.33 
 
 		 62 aa  40.4  0.009  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3924  hypothetical protein  36 
 
 		 69 aa  40.4  0.009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.73598  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0763  protein of unknown function DUF329  40.91 
 
 		 76 aa  40.4  0.009  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3457  protein of unknown function DUF329  38.3 
 
 		 65 aa  40.4  0.009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.659104  hitchhiker  0.000593666 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0800  hypothetical protein  40.91 
 
 		 76 aa  40.4  0.009  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.596856  normal  0.565525 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1644  hypothetical protein  46.34 
 
 		 87 aa  40  0.01  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000155903  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2280  protein of unknown function DUF329  41.86 
 
 		 62 aa  40  0.01  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0781652  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1943  protein of unknown function DUF329  41.86 
 
 		 62 aa  40  0.01  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>