152 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc2830 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003295  RSc2830  hypothetical protein  100 
 
 
71 aa  149  2e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0927405  normal  0.221876 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3075  protein of unknown function DUF329  83.1 
 
 
67 aa  120  6e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2710  protein of unknown function DUF329  83.1 
 
 
67 aa  119  9.999999999999999e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3457  protein of unknown function DUF329  65.52 
 
 
65 aa  83.2  0.000000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.659104  hitchhiker  0.000593666 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1131  hypothetical protein  56.06 
 
 
74 aa  81.6  0.000000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3532  hypothetical protein  56.06 
 
 
67 aa  80.1  0.000000000000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.995869  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0458  hypothetical protein  56.06 
 
 
67 aa  80.1  0.000000000000008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1316  hypothetical protein  56.06 
 
 
67 aa  80.1  0.000000000000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3511  hypothetical protein  56.06 
 
 
67 aa  80.1  0.000000000000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3536  hypothetical protein  56.06 
 
 
67 aa  80.1  0.000000000000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3246  hypothetical protein  56.06 
 
 
67 aa  80.1  0.000000000000008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2660  hypothetical protein  60.34 
 
 
64 aa  78.2  0.00000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3658  protein of unknown function DUF329  64.41 
 
 
73 aa  77  0.00000000000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.673603  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4824  zinc-binding protein  70.21 
 
 
66 aa  77  0.00000000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.459647  normal  0.368186 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58790  zinc-binding protein  59.02 
 
 
66 aa  76.6  0.0000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.262724  normal  0.292853 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5166  zinc-binding protein  59.02 
 
 
66 aa  76.6  0.0000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.299758  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3658  hypothetical protein  53.73 
 
 
66 aa  75.9  0.0000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.178306  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0543  hypothetical protein  52.24 
 
 
66 aa  74.7  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.196615  normal  0.115747 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2965  hypothetical protein  60.34 
 
 
63 aa  74.7  0.0000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.17158  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0091  hypothetical protein  52.24 
 
 
66 aa  74.7  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.73124  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0573  hypothetical protein  52.24 
 
 
66 aa  74.7  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.399541  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0771  zinc-binding protein  63.16 
 
 
64 aa  74.3  0.0000000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.879508  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0476  hypothetical protein  52.24 
 
 
66 aa  73.6  0.0000000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3113  hypothetical protein  71.43 
 
 
63 aa  73.6  0.0000000000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3707  hypothetical protein  58.18 
 
 
65 aa  73.6  0.000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.811659  normal  0.416266 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3428  hypothetical protein  62 
 
 
69 aa  72.8  0.000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2090  hypothetical protein  53.12 
 
 
73 aa  72.8  0.000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0541121  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0411  hypothetical protein  60 
 
 
69 aa  71.6  0.000000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0415  hypothetical protein  60 
 
 
69 aa  72  0.000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3610  hypothetical protein  60 
 
 
69 aa  72  0.000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0414  hypothetical protein  60 
 
 
69 aa  72  0.000000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00431669 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0501  hypothetical protein  69.05 
 
 
66 aa  71.6  0.000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.707045  normal  0.296294 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2823  hypothetical protein  65.91 
 
 
65 aa  72  0.000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.800981  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3443  hypothetical protein  68.18 
 
 
74 aa  71.2  0.000000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.0338371 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0676  zinc-binding protein  63.27 
 
 
66 aa  71.2  0.000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0364  hypothetical protein  63.83 
 
 
71 aa  70.9  0.000000000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  unclonable  0.00000693674 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3924  hypothetical protein  65.91 
 
 
69 aa  70.5  0.000000000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.73598  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0420  hypothetical protein  65.91 
 
 
70 aa  70.5  0.000000000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000290938 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0763  protein of unknown function DUF329  66.67 
 
 
76 aa  69.7  0.00000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0800  hypothetical protein  66.67 
 
 
76 aa  69.7  0.00000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.596856  normal  0.565525 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0630  zinc-binding protein  59.18 
 
 
66 aa  68.9  0.00000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.709442  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0922  hypothetical protein  65.96 
 
 
69 aa  69.3  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0794  zinc-binding protein  65.96 
 
 
69 aa  69.3  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0621  protein of unknown function DUF329  62 
 
 
73 aa  68.9  0.00000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0136701  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3947  hypothetical protein  63.64 
 
 
69 aa  68.9  0.00000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3872  protein of unknown function DUF329  63.64 
 
 
69 aa  68.9  0.00000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000285731 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0408  hypothetical protein  65.91 
 
 
79 aa  68.9  0.00000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4065  hypothetical protein  63.64 
 
 
69 aa  68.9  0.00000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.291294 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0275  hypothetical protein  58.7 
 
 
70 aa  68.6  0.00000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0671  zinc-binding protein  66.67 
 
 
66 aa  68.2  0.00000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0546784 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0300  hypothetical protein  63.64 
 
 
70 aa  68.2  0.00000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0270  hypothetical protein  58.7 
 
 
70 aa  67.4  0.00000000006  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4540  zinc-binding protein  66.67 
 
 
66 aa  67.4  0.00000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5493  hypothetical protein  54.24 
 
 
87 aa  67.4  0.00000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.493446  normal  0.188786 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3394  hypothetical protein  59.09 
 
 
74 aa  67  0.00000000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0460  hypothetical protein  56.6 
 
 
64 aa  66.6  0.0000000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.308666  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0660  protein of unknown function DUF329  59.18 
 
 
65 aa  65.9  0.0000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3788  hypothetical protein  56.25 
 
 
72 aa  64.7  0.0000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3685  hypothetical protein  57.69 
 
 
84 aa  64.7  0.0000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2365  hypothetical protein  61.36 
 
 
69 aa  64.7  0.0000000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.859692  normal  0.117564 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2688  hypothetical protein  61.36 
 
 
62 aa  63.9  0.0000000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3581  hypothetical protein  52.63 
 
 
64 aa  63.2  0.000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.00002401  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1006  hypothetical protein  59.57 
 
 
65 aa  63.5  0.000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.595477  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03236  zinc-binding protein  63.41 
 
 
75 aa  63.5  0.000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00081145  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2317  hypothetical protein  58.82 
 
 
74 aa  63.2  0.000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0771  hypothetical protein  50.88 
 
 
68 aa  62.4  0.000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0717965 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00101  zinc-binding protein  58.49 
 
 
65 aa  62  0.000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.56833  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3500  protein of unknown function DUF329  58.49 
 
 
65 aa  62  0.000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0094  zinc-binding protein  58.49 
 
 
65 aa  62  0.000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000295925  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0108  zinc-binding protein  58.49 
 
 
65 aa  62  0.000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000466413  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00100  hypothetical protein  58.49 
 
 
65 aa  62  0.000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.643456  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0846  hypothetical protein  50.91 
 
 
68 aa  61.6  0.000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.278661  normal  0.355285 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0105  zinc-binding protein  58.49 
 
 
65 aa  62  0.000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000000360038  normal  0.317748 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3557  zinc-binding protein  58.49 
 
 
65 aa  62  0.000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0234492  hitchhiker  0.00132097 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0106  zinc-binding protein  58.49 
 
 
65 aa  62  0.000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  1.61676e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0103  zinc-binding protein  58.49 
 
 
65 aa  62  0.000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000361316  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3769  protein of unknown function DUF329  60 
 
 
64 aa  61.2  0.000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.119343  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0308  hypothetical protein  50 
 
 
62 aa  61.2  0.000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2178  hypothetical protein  47.69 
 
 
76 aa  61.2  0.000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.453357  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0151  zinc-binding protein  60 
 
 
63 aa  61.2  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00971492  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0151  zinc-binding protein  60 
 
 
63 aa  61.2  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.766166  hitchhiker  0.00953047 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0149  zinc-binding protein  60 
 
 
63 aa  61.2  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0157  zinc-binding protein  60 
 
 
63 aa  61.2  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000171473  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0155  zinc-binding protein  60 
 
 
63 aa  61.2  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.401353  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1644  hypothetical protein  60.47 
 
 
87 aa  60.1  0.000000009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000155903  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1404  hypothetical protein  57.78 
 
 
65 aa  60.1  0.00000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.828972  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2301  hypothetical protein  63.27 
 
 
74 aa  60.1  0.00000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00209673  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0504  hypothetical protein  54.72 
 
 
64 aa  58.9  0.00000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.11543 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0772  hypothetical protein  59.57 
 
 
67 aa  59.3  0.00000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0910112  normal  0.50859 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0646  zinc-binding protein  60.47 
 
 
64 aa  58.5  0.00000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.744559  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1058  hypothetical protein  59.09 
 
 
65 aa  58.2  0.00000004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.21679  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2001  protein of unknown function DUF329  57.78 
 
 
67 aa  58.2  0.00000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.155969  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2086  protein of unknown function DUF329  57.78 
 
 
67 aa  58.2  0.00000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2228  hypothetical protein  51.85 
 
 
62 aa  57.8  0.00000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00360569  normal  0.379355 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0545  hypothetical protein  57.14 
 
 
68 aa  57.4  0.00000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2635  zinc-binding protein  50.98 
 
 
69 aa  57.4  0.00000007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3505  zinc-binding protein  59.52 
 
 
68 aa  57.4  0.00000008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000224667  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3376  zinc-binding protein  59.52 
 
 
68 aa  57.4  0.00000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.144795  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1047  zinc-binding protein  59.52 
 
 
68 aa  57.4  0.00000008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0583875  normal  0.0218321 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1161  hypothetical protein  47.27 
 
 
63 aa  57  0.00000009  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.234176  normal  0.11012 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>