21 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_5378 on replicon NC_009507
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009507  Swit_5378  Type-F conjugative transfer system pilin assembly protein TrbC  100 
 
 		 247 aa  499  1e-140  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.890308 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3999  hypothetical protein  52.32 
 
 		 254 aa  251  6e-66  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007490  RSP_4232  TrbC, sex pilus assembly and mating pair formation protein  39.74 
 
 		 250 aa  100  3e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6166  type-F conjugative transfer system pilin assembly protein TrbC  37.14 
 
 		 205 aa  69.7  0.00000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00855701  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2659  hypothetical protein  31.87 
 
 		 252 aa  68.9  0.00000000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0664159  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2326  hypothetical protein  31.01 
 
 		 252 aa  66.6  0.0000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0830351  normal  1 
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4173  hypothetical protein  29.73 
 
 		 258 aa  65.5  0.0000000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0999993 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1529  hypothetical protein  31.97 
 
 		 250 aa  64.3  0.000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.905367 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6807  hypothetical protein  34.92 
 
 		 262 aa  62  0.000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0350  sex pilus assembly and mating pair formation protein  31.28 
 
 		 228 aa  58.5  0.00000009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.448166 
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4297  hypothetical protein  25.76 
 
 		 206 aa  53.1  0.000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.654961 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0098  type IV conjugative transfer system protein TraW  33.33 
 
 		 421 aa  48.9  0.00008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.122831 
 
 
-
 
NC_009998  Sbal195_4531  type-F conjugative transfer system pilin assembly protein TrbC  28.17 
 
 		 246 aa  48.1  0.0001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0023  conjugal transfer pilus assembly protein TrbC  26.95 
 
 		 212 aa  48.1  0.0001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4438  Type-F conjugative transfer system pilin assembly protein TrbC  28.17 
 
 		 245 aa  47.4  0.0002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4623  type-F conjugative transfer system pilin assembly protein TrbC  28.17 
 
 		 246 aa  47.8  0.0002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4434  type-F conjugative transfer system pilin assembly protein TrbC  28.17 
 
 		 246 aa  47.8  0.0002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.341224  normal  1 
 
 
-
 
NC_011665  Sbal223_4506  type-F conjugative transfer system pilin assembly protein TrbC  28.17 
 
 		 245 aa  47  0.0003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011664  Sbal223_4382  type-F conjugative transfer system pilin assembly protein TrbC  27.46 
 
 		 246 aa  46.6  0.0004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006365  plpp0032  hypothetical protein  28.57 
 
 		 220 aa  42.7  0.005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  0.451875  n/a   
 
 
-
 
NC_011311  VSAL_p840_12  hypothetical protein, putative conjugative transfer protein TrbC  19.83 
 
 		 255 aa  42.7  0.005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>