More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3930 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_3930  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 314 aa  644    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3864  LysR family transcriptional regulator  87.54 
 
 		 306 aa  558  1e-158  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.163001 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3174  LysR family transcriptional regulator  79.62 
 
 		 320 aa  529  1e-149  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4666  LysR family transcriptional regulator  65.15 
 
 		 307 aa  427  1e-118  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1887  transcriptional regulator of LysR family protein  65.25 
 
 		 308 aa  421  1e-117  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0293144  normal  0.0439695 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0035  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 312 aa  213  2.9999999999999995e-54  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0684  LysR family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 306 aa  202  9e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000743111  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3696  LysR family transcriptional regulator  36.56 
 
 		 305 aa  199  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0677  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.2 
 
 		 306 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0773  transcriptional regulator, LysR family  36.2 
 
 		 306 aa  196  6e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0564759  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0640  LysR family transcriptional regulator  36.56 
 
 		 305 aa  194  2e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.148889  hitchhiker  0.000410503 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4568  LysR family transcriptional regulator  36.2 
 
 		 305 aa  193  3e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00026007  normal  0.0106541 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0595  LysR family transcriptional regulator  36.2 
 
 		 305 aa  192  4e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.872616  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0635  LysR family transcriptional regulator  36.2 
 
 		 305 aa  192  4e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000210235  normal  0.698608 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3663  LysR family transcriptional regulator  35.13 
 
 		 302 aa  184  2.0000000000000003e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0209  putative transcriptional regulator  34.39 
 
 		 305 aa  182  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.150203  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01640  LysR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 305 aa  178  8e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.262408  normal  0.919946 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1124  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 318 aa  177  2e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0100  LysR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 306 aa  171  1e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6363  transcriptional regulator, LysR family  31.96 
 
 		 304 aa  171  1e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.284625  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5706  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 298 aa  169  6e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0443967  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4053  LysR family substrate binding transcriptional regulator  34.42 
 
 		 311 aa  167  2.9999999999999998e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6273  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.88 
 
 		 301 aa  166  5e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1381  LysR family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 316 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.727507  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1008  LysR family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 316 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1095  LysR family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 316 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0495  LysR family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 316 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.212291  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1659  LysR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 316 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.262273  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0155  LysR family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 316 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.150061  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1455  LysR family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 316 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2317  LysR family regulatory protein  32.57 
 
 		 302 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3519  transcriptional regulator, LysR family  30 
 
 		 315 aa  164  2.0000000000000002e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0608  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 309 aa  163  3e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4202  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 324 aa  160  2e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0903744 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3728  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 348 aa  160  2e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1699  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 341 aa  159  5e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.761604  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3205  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 316 aa  159  5e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.241885  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4054  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 316 aa  159  5e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3454  transcriptional regulator, LysR family  29.93 
 
 		 314 aa  159  6e-38  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.169025  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4102  LysR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 312 aa  159  8e-38  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4312  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 299 aa  158  1e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.765284 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4295  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 345 aa  158  1e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.56292 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1630  LysR family transcriptional regulator  33.81 
 
 		 296 aa  157  2e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.48911 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1579  transcriptional regulator, LysR family  30.26 
 
 		 315 aa  157  2e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4285  LysR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 312 aa  156  4e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.203182 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4743  LysR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 334 aa  155  6e-37  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6019  LysR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 322 aa  155  7e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4436  LysR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 352 aa  155  1e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00650478  normal  0.12651 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0374  LysR family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 317 aa  153  4e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2197  transcriptional regulator, LysR family  33.72 
 
 		 309 aa  151  1e-35  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03780  putative transcriptional regulator  31.4 
 
 		 320 aa  150  3e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.169365 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0380  transcriptional regulator  31.74 
 
 		 316 aa  149  5e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2851  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 321 aa  149  6e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4038  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 331 aa  147  3e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3191  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 297 aa  143  4e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3917  transcriptional regulator  31.39 
 
 		 297 aa  140  3e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.391829  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1799  LysR family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 299 aa  140  3e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0309251  normal  0.330495 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46060  transcriptional regulator  31.39 
 
 		 297 aa  140  3e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.89621 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1618  LysR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 305 aa  139  4.999999999999999e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0301028 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1458  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 297 aa  138  1e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1540  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 334 aa  138  1e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49590  transcriptional regulator  30.55 
 
 		 300 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0224866  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4028  LysR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 297 aa  136  5e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.119859  normal  0.0962956 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4522  LysR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 297 aa  135  7.000000000000001e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.923329 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1389  LysR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 297 aa  135  7.000000000000001e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3814  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 297 aa  135  9e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0217357 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3104  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 308 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.459931  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2574  LysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 320 aa  129  6e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.475396  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1551  LysR family transcriptional regulator  30.47 
 
 		 306 aa  127  3e-28  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3439  LysR family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 306 aa  124  1e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.555808 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1040  transcriptional regulator, LysR family  26.04 
 
 		 306 aa  124  3e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0665507  normal  0.490523 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4054  LysR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 298 aa  123  4e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5195  LysR family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 306 aa  123  4e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3437  LysR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 304 aa  123  5e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.395284  normal  0.657554 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2060  LysR family transcriptional regulator  26.16 
 
 		 309 aa  121  9.999999999999999e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.159484  normal  0.0317829 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5120  LysR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 297 aa  120  1.9999999999999998e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.809897 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2149  transcriptional regulator, LysR family  26.52 
 
 		 298 aa  121  1.9999999999999998e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.463348 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2782  LysR family transcriptional regulator  26.26 
 
 		 341 aa  120  3e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4378  LysR family transcriptional regulator  26.26 
 
 		 305 aa  119  6e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.840859  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4643  LysR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 303 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5283  LysR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 305 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.770818  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0367  LysR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 305 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.968869  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4985  LysR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 305 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3084  LysR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 305 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0637  LysR family transcriptional regulator  25.69 
 
 		 304 aa  117  3e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.381273  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0638  LysR family transcriptional regulator  24.22 
 
 		 304 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.327526  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5172  LysR family transcriptional regulator  25.96 
 
 		 303 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.106584 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0785  LysR family transcriptional regulator  23.88 
 
 		 304 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.352567  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0675  LysR family transcriptional regulator  23.88 
 
 		 304 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.108594  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1997  LysR family transcriptional regulator  23.88 
 
 		 304 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2242  LysR family transcriptional regulator  23.88 
 
 		 304 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1596  LysR family transcriptional regulator  23.88 
 
 		 304 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2155  LysR family transcriptional regulator  23.88 
 
 		 304 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1818  LysR family transcriptional regulator  33.06 
 
 		 296 aa  106  5e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.631844  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2194  LysR family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 296 aa  104  2e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0690526  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3543  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 318 aa  104  2e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.319397  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02726  transcriptional regulator, LysR family protein  27.42 
 
 		 308 aa  103  4e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2962  LysR family transcriptional regulator  24.5 
 
 		 306 aa  99  1e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2553  transcriptional regulator, LysR family  24.71 
 
 		 302 aa  94  3e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.36259  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1992  transcriptional regulator, LysR family  27.61 
 
 		 313 aa  94  3e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>