More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_2962 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_2962  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 306 aa  639    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02726  transcriptional regulator, LysR family protein  83.12 
 
 		 308 aa  534  1e-151  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3663  LysR family transcriptional regulator  26.78 
 
 		 302 aa  132  6.999999999999999e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0677  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.95 
 
 		 306 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0640  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 305 aa  125  6e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.148889  hitchhiker  0.000410503 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0684  LysR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 306 aa  124  1e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000743111  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0635  LysR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 305 aa  122  5e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000210235  normal  0.698608 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0595  LysR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 305 aa  122  5e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.872616  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0773  transcriptional regulator, LysR family  27.59 
 
 		 306 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0564759  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4568  LysR family transcriptional regulator  27.49 
 
 		 305 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00026007  normal  0.0106541 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0100  LysR family transcriptional regulator  25.85 
 
 		 306 aa  119  7.999999999999999e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6363  transcriptional regulator, LysR family  28.17 
 
 		 304 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.284625  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3696  LysR family transcriptional regulator  27.21 
 
 		 305 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4202  LysR family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 324 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0903744 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6273  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.25 
 
 		 301 aa  115  6.9999999999999995e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1630  LysR family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 296 aa  115  8.999999999999998e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.48911 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1699  LysR family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 341 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.761604  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4054  LysR family transcriptional regulator  27.95 
 
 		 316 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4295  LysR family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 345 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.56292 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3728  LysR family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 348 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0035  LysR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 312 aa  112  7.000000000000001e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5706  LysR family transcriptional regulator  26.14 
 
 		 298 aa  112  8.000000000000001e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0443967  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0209  putative transcriptional regulator  26.07 
 
 		 305 aa  112  8.000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.150203  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1008  LysR family transcriptional regulator  27.95 
 
 		 316 aa  112  9e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0155  LysR family transcriptional regulator  27.95 
 
 		 316 aa  112  9e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.150061  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1381  LysR family transcriptional regulator  27.95 
 
 		 316 aa  112  9e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.727507  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0495  LysR family transcriptional regulator  27.95 
 
 		 316 aa  112  9e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.212291  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1455  LysR family transcriptional regulator  27.95 
 
 		 316 aa  112  9e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4312  LysR family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 299 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.765284 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3205  LysR family transcriptional regulator  27.56 
 
 		 316 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.241885  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1095  LysR family transcriptional regulator  27.95 
 
 		 316 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2347  transcriptional regulator, LysR family  24.66 
 
 		 313 aa  110  3e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3864  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 306 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.163001 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01640  LysR family transcriptional regulator  25.74 
 
 		 305 aa  109  6e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.262408  normal  0.919946 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4102  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 312 aa  108  9.000000000000001e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2317  LysR family regulatory protein  28 
 
 		 302 aa  108  1e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1659  LysR family transcriptional regulator  27.56 
 
 		 316 aa  108  1e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.262273  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2197  transcriptional regulator, LysR family  28.91 
 
 		 309 aa  108  2e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3454  transcriptional regulator, LysR family  25.88 
 
 		 314 aa  107  3e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.169025  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1887  transcriptional regulator of LysR family protein  26.71 
 
 		 308 aa  106  5e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0293144  normal  0.0439695 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1124  LysR family transcriptional regulator  24.01 
 
 		 318 aa  105  1e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4378  LysR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 305 aa  104  2e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.840859  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0374  LysR family transcriptional regulator  26.3 
 
 		 317 aa  104  2e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49590  transcriptional regulator  26.77 
 
 		 300 aa  104  2e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0224866  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4053  LysR family substrate binding transcriptional regulator  25.77 
 
 		 311 aa  103  3e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4038  LysR family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 331 aa  103  4e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4285  LysR family transcriptional regulator  25.57 
 
 		 312 aa  103  4e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.203182 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0785  LysR family transcriptional regulator  22.52 
 
 		 304 aa  102  9e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.352567  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4436  LysR family transcriptional regulator  23.2 
 
 		 352 aa  101  1e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00650478  normal  0.12651 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1724  transcriptional regulator, LysR family  24.41 
 
 		 313 aa  101  1e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2574  LysR family transcriptional regulator  27.64 
 
 		 320 aa  102  1e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.475396  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4743  LysR family transcriptional regulator  26.46 
 
 		 334 aa  102  1e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03780  putative transcriptional regulator  23.41 
 
 		 320 aa  102  1e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.169365 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2246  transcriptional regulator, LysR family  23.91 
 
 		 311 aa  102  1e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1579  transcriptional regulator, LysR family  24.8 
 
 		 315 aa  100  3e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3437  LysR family transcriptional regulator  22.77 
 
 		 304 aa  99.8  5e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.395284  normal  0.657554 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0380  transcriptional regulator  23.97 
 
 		 316 aa  99.8  6e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5172  LysR family transcriptional regulator  22.44 
 
 		 303 aa  99.4  7e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.106584 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4643  LysR family transcriptional regulator  22.19 
 
 		 303 aa  99.4  7e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3104  LysR family transcriptional regulator  23.83 
 
 		 308 aa  99  8e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.459931  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6019  LysR family transcriptional regulator  26.39 
 
 		 322 aa  99.4  8e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3930  LysR family transcriptional regulator  24.5 
 
 		 314 aa  99  9e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0367  LysR family transcriptional regulator  22.7 
 
 		 305 aa  98.2  1e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.968869  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1551  LysR family transcriptional regulator  27.51 
 
 		 306 aa  98.2  1e-19  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2060  LysR family transcriptional regulator  22.22 
 
 		 309 aa  98.6  1e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.159484  normal  0.0317829 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0608  LysR family transcriptional regulator  25.1 
 
 		 309 aa  97.8  2e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1596  LysR family transcriptional regulator  27.81 
 
 		 304 aa  97.8  2e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0638  LysR family transcriptional regulator  21.17 
 
 		 304 aa  98.2  2e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.327526  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2242  LysR family transcriptional regulator  27.81 
 
 		 304 aa  97.8  2e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2155  LysR family transcriptional regulator  27.81 
 
 		 304 aa  97.8  2e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0675  LysR family transcriptional regulator  27.81 
 
 		 304 aa  97.8  2e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.108594  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1997  LysR family transcriptional regulator  27.81 
 
 		 304 aa  97.8  2e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3191  LysR family transcriptional regulator  29.26 
 
 		 297 aa  95.1  1e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3174  LysR family transcriptional regulator  23.79 
 
 		 320 aa  94.4  2e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5120  LysR family transcriptional regulator  21.93 
 
 		 297 aa  94.4  2e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.809897 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5283  LysR family transcriptional regulator  22.04 
 
 		 305 aa  93.2  6e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.770818  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1618  LysR family transcriptional regulator  25.59 
 
 		 305 aa  93.2  6e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0301028 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2149  transcriptional regulator, LysR family  23.53 
 
 		 298 aa  92.8  6e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.463348 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4985  LysR family transcriptional regulator  22.04 
 
 		 305 aa  92.8  6e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3084  LysR family transcriptional regulator  22.04 
 
 		 305 aa  93.2  6e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3917  transcriptional regulator  26.94 
 
 		 297 aa  92.4  9e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.391829  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46060  transcriptional regulator  26.94 
 
 		 297 aa  92  1e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.89621 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4522  LysR family transcriptional regulator  25.43 
 
 		 297 aa  91.7  1e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.923329 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1799  LysR family transcriptional regulator  25.2 
 
 		 299 aa  92  1e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0309251  normal  0.330495 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1389  LysR family transcriptional regulator  25.43 
 
 		 297 aa  91.7  1e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4499  LysR family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 303 aa  91.7  1e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4666  LysR family transcriptional regulator  23.94 
 
 		 307 aa  90.9  2e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4028  LysR family transcriptional regulator  25.09 
 
 		 297 aa  90.1  4e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.119859  normal  0.0962956 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1992  transcriptional regulator, LysR family  23.39 
 
 		 313 aa  90.1  5e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3814  LysR family transcriptional regulator  25.09 
 
 		 297 aa  90.1  5e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0217357 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4054  LysR family transcriptional regulator  24.7 
 
 		 298 aa  89.7  5e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2782  LysR family transcriptional regulator  23.63 
 
 		 341 aa  89.7  6e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2851  LysR family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 321 aa  89.4  7e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1458  LysR family transcriptional regulator  25.61 
 
 		 297 aa  88.6  1e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5195  LysR family transcriptional regulator  24.5 
 
 		 306 aa  87.8  2e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1040  transcriptional regulator, LysR family  21.71 
 
 		 306 aa  87  3e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0665507  normal  0.490523 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1818  LysR family transcriptional regulator  25.19 
 
 		 296 aa  87.4  3e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.631844  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3439  LysR family transcriptional regulator  22.03 
 
 		 306 aa  86.7  5e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.555808 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0637  LysR family transcriptional regulator  22.91 
 
 		 304 aa  86.3  6e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.381273  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3519  transcriptional regulator, LysR family  23.59 
 
 		 315 aa  82.8  0.000000000000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>