More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3696 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_3696  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 305 aa  619  1e-176  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0684  LysR family transcriptional regulator  86.23 
 
 		 306 aa  544  1e-154  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000743111  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0595  LysR family transcriptional regulator  83.83 
 
 		 305 aa  528  1e-149  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.872616  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4568  LysR family transcriptional regulator  83.83 
 
 		 305 aa  527  1e-149  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00026007  normal  0.0106541 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0640  LysR family transcriptional regulator  84.49 
 
 		 305 aa  529  1e-149  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.148889  hitchhiker  0.000410503 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0635  LysR family transcriptional regulator  83.83 
 
 		 305 aa  528  1e-149  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000210235  normal  0.698608 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0677  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  80.66 
 
 		 306 aa  507  1e-143  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0773  transcriptional regulator, LysR family  80 
 
 		 306 aa  507  9.999999999999999e-143  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0564759  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0209  putative transcriptional regulator  64.26 
 
 		 305 aa  393  1e-108  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.150203  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01640  LysR family transcriptional regulator  63.93 
 
 		 305 aa  390  1e-107  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.262408  normal  0.919946 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3663  LysR family transcriptional regulator  58.78 
 
 		 302 aa  374  1e-103  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1124  LysR family transcriptional regulator  59.6 
 
 		 318 aa  361  8e-99  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6273  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  58.14 
 
 		 301 aa  358  7e-98  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4053  LysR family substrate binding transcriptional regulator  51.99 
 
 		 311 aa  322  7e-87  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0100  LysR family transcriptional regulator  48.14 
 
 		 306 aa  314  9.999999999999999e-85  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1540  LysR family transcriptional regulator  55.52 
 
 		 334 aa  276  3e-73  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1095  LysR family transcriptional regulator  41.5 
 
 		 316 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1659  LysR family transcriptional regulator  41.5 
 
 		 316 aa  243  3.9999999999999997e-63  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.262273  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1008  LysR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 316 aa  242  5e-63  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1381  LysR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 316 aa  242  5e-63  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.727507  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1455  LysR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 316 aa  242  5e-63  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0495  LysR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 316 aa  242  5e-63  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.212291  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0155  LysR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 316 aa  242  5e-63  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.150061  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4202  LysR family transcriptional regulator  40.72 
 
 		 324 aa  240  2.9999999999999997e-62  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0903744 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2317  LysR family regulatory protein  41.78 
 
 		 302 aa  238  6.999999999999999e-62  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3728  LysR family transcriptional regulator  40.72 
 
 		 348 aa  238  1e-61  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4295  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 345 aa  237  2e-61  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.56292 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0374  LysR family transcriptional regulator  41.81 
 
 		 317 aa  235  6e-61  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6019  LysR family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 322 aa  235  7e-61  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4743  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 334 aa  235  8e-61  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4054  LysR family transcriptional regulator  40.52 
 
 		 316 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1579  transcriptional regulator, LysR family  39.47 
 
 		 315 aa  233  3e-60  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0608  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 309 aa  233  4.0000000000000004e-60  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4102  LysR family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 312 aa  232  5e-60  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3205  LysR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 316 aa  232  7.000000000000001e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.241885  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1699  LysR family transcriptional regulator  39.22 
 
 		 341 aa  229  5e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.761604  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6363  transcriptional regulator, LysR family  39.12 
 
 		 304 aa  229  6e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.284625  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3454  transcriptional regulator, LysR family  39.67 
 
 		 314 aa  228  1e-58  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.169025  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4285  LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 312 aa  226  3e-58  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.203182 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4312  LysR family transcriptional regulator  40.97 
 
 		 299 aa  225  8e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.765284 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2851  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 321 aa  224  1e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1630  LysR family transcriptional regulator  41.99 
 
 		 296 aa  223  3e-57  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.48911 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4436  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 352 aa  223  3e-57  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00650478  normal  0.12651 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0035  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 312 aa  222  4.9999999999999996e-57  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4038  LysR family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 331 aa  222  6e-57  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5706  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 298 aa  219  3.9999999999999997e-56  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0443967  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3519  transcriptional regulator, LysR family  38.01 
 
 		 315 aa  219  3.9999999999999997e-56  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3104  LysR family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 308 aa  212  7.999999999999999e-54  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.459931  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3930  LysR family transcriptional regulator  36.56 
 
 		 314 aa  199  3.9999999999999996e-50  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3174  LysR family transcriptional regulator  35.2 
 
 		 320 aa  196  4.0000000000000005e-49  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0638  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 304 aa  195  6e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.327526  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0675  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 304 aa  195  9e-49  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.108594  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1596  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 304 aa  195  9e-49  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2242  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 304 aa  195  9e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2155  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 304 aa  195  9e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1997  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 304 aa  195  9e-49  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3191  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 297 aa  194  1e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49590  transcriptional regulator  36.39 
 
 		 300 aa  193  2e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0224866  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1458  LysR family transcriptional regulator  36.93 
 
 		 297 aa  191  1e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0785  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 304 aa  191  2e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.352567  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3917  transcriptional regulator  36.59 
 
 		 297 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.391829  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4666  LysR family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 307 aa  190  2.9999999999999997e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3814  LysR family transcriptional regulator  37.28 
 
 		 297 aa  189  4e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0217357 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1040  transcriptional regulator, LysR family  35.03 
 
 		 306 aa  189  4e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0665507  normal  0.490523 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3439  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 306 aa  189  4e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.555808 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46060  transcriptional regulator  36.59 
 
 		 297 aa  189  5e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.89621 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4028  LysR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 297 aa  189  5.999999999999999e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.119859  normal  0.0962956 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4522  LysR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 297 aa  188  9e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.923329 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1389  LysR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 297 aa  188  9e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0380  transcriptional regulator  36.03 
 
 		 316 aa  188  1e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3864  LysR family transcriptional regulator  34.41 
 
 		 306 aa  186  3e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.163001 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1887  transcriptional regulator of LysR family protein  35.64 
 
 		 308 aa  186  6e-46  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0293144  normal  0.0439695 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03780  putative transcriptional regulator  35.22 
 
 		 320 aa  185  8e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.169365 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2060  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 309 aa  184  1.0000000000000001e-45  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.159484  normal  0.0317829 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3437  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 304 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.395284  normal  0.657554 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1799  LysR family transcriptional regulator  35.54 
 
 		 299 aa  182  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0309251  normal  0.330495 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0637  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 304 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.381273  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5172  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 303 aa  181  1e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.106584 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2149  transcriptional regulator, LysR family  35.74 
 
 		 298 aa  181  1e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.463348 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1618  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 305 aa  181  2e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0301028 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4985  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 305 aa  177  2e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4643  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 303 aa  177  2e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3084  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 305 aa  177  3e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5283  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 305 aa  177  3e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.770818  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0367  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 305 aa  175  8e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.968869  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2574  LysR family transcriptional regulator  37.45 
 
 		 320 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.475396  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2197  transcriptional regulator, LysR family  37.95 
 
 		 309 aa  174  9.999999999999999e-43  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4378  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 305 aa  171  1e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.840859  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4054  LysR family transcriptional regulator  39.92 
 
 		 298 aa  171  1e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5120  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 297 aa  167  2e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.809897 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2782  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 341 aa  167  2e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5195  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 306 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2194  LysR family transcriptional regulator  36.91 
 
 		 296 aa  155  7e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0690526  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3543  LysR family transcriptional regulator  35.83 
 
 		 318 aa  153  4e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.319397  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1818  LysR family transcriptional regulator  36.94 
 
 		 296 aa  153  4e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.631844  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2553  transcriptional regulator, LysR family  34.88 
 
 		 302 aa  148  1.0000000000000001e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.36259  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4499  LysR family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 303 aa  147  3e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1724  transcriptional regulator, LysR family  31.48 
 
 		 313 aa  145  8.000000000000001e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2246  transcriptional regulator, LysR family  32.01 
 
 		 311 aa  137  2e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1992  transcriptional regulator, LysR family  31.32 
 
 		 313 aa  134  9.999999999999999e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>