More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A1540 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A1540  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 334 aa  664    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3663  LysR family transcriptional regulator  56.94 
 
 		 302 aa  345  4e-94  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1124  LysR family transcriptional regulator  59.23 
 
 		 318 aa  345  7e-94  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0684  LysR family transcriptional regulator  56.52 
 
 		 306 aa  344  1e-93  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000743111  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0677  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  56.9 
 
 		 306 aa  342  7e-93  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0209  putative transcriptional regulator  57.43 
 
 		 305 aa  341  8e-93  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.150203  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01640  LysR family transcriptional regulator  57.09 
 
 		 305 aa  338  7e-92  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.262408  normal  0.919946 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3696  LysR family transcriptional regulator  56.52 
 
 		 305 aa  337  9.999999999999999e-92  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4568  LysR family transcriptional regulator  56.57 
 
 		 305 aa  337  1.9999999999999998e-91  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00026007  normal  0.0106541 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0773  transcriptional regulator, LysR family  56.46 
 
 		 306 aa  335  7.999999999999999e-91  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0564759  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0640  LysR family transcriptional regulator  55.89 
 
 		 305 aa  332  4e-90  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.148889  hitchhiker  0.000410503 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0595  LysR family transcriptional regulator  55.56 
 
 		 305 aa  331  1e-89  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.872616  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0635  LysR family transcriptional regulator  55.56 
 
 		 305 aa  331  1e-89  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000210235  normal  0.698608 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4053  LysR family substrate binding transcriptional regulator  50.69 
 
 		 311 aa  311  1e-83  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6273  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  53.12 
 
 		 301 aa  307  2.0000000000000002e-82  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0100  LysR family transcriptional regulator  49.48 
 
 		 306 aa  300  3e-80  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1659  LysR family transcriptional regulator  46.81 
 
 		 316 aa  252  7e-66  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.262273  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1095  LysR family transcriptional regulator  45.74 
 
 		 316 aa  246  3e-64  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2317  LysR family regulatory protein  45.39 
 
 		 302 aa  246  4.9999999999999997e-64  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1455  LysR family transcriptional regulator  45.39 
 
 		 316 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1381  LysR family transcriptional regulator  45.39 
 
 		 316 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.727507  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1008  LysR family transcriptional regulator  45.39 
 
 		 316 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0495  LysR family transcriptional regulator  45.39 
 
 		 316 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.212291  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0155  LysR family transcriptional regulator  45.39 
 
 		 316 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.150061  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3728  LysR family transcriptional regulator  43.71 
 
 		 348 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4743  LysR family transcriptional regulator  45.73 
 
 		 334 aa  244  1.9999999999999999e-63  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3205  LysR family transcriptional regulator  44.41 
 
 		 316 aa  243  3e-63  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.241885  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4054  LysR family transcriptional regulator  44.41 
 
 		 316 aa  243  3e-63  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4202  LysR family transcriptional regulator  43.71 
 
 		 324 aa  243  3.9999999999999997e-63  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0903744 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4295  LysR family transcriptional regulator  43.01 
 
 		 345 aa  239  4e-62  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.56292 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4285  LysR family transcriptional regulator  43.4 
 
 		 312 aa  238  1e-61  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.203182 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1579  transcriptional regulator, LysR family  42.81 
 
 		 315 aa  238  1e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4312  LysR family transcriptional regulator  43.82 
 
 		 299 aa  237  2e-61  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.765284 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1699  LysR family transcriptional regulator  43.15 
 
 		 341 aa  236  4e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.761604  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6363  transcriptional regulator, LysR family  41.75 
 
 		 304 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.284625  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5706  LysR family transcriptional regulator  42.01 
 
 		 298 aa  230  3e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0443967  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0374  LysR family transcriptional regulator  42.16 
 
 		 317 aa  229  4e-59  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3454  transcriptional regulator, LysR family  43.49 
 
 		 314 aa  229  5e-59  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.169025  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4436  LysR family transcriptional regulator  45.05 
 
 		 352 aa  227  3e-58  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00650478  normal  0.12651 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4038  LysR family transcriptional regulator  44.1 
 
 		 331 aa  224  1e-57  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4102  LysR family transcriptional regulator  43.01 
 
 		 312 aa  224  1e-57  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0608  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 309 aa  222  9e-57  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6019  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 322 aa  222  9e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2851  LysR family transcriptional regulator  39.16 
 
 		 321 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49590  transcriptional regulator  43.32 
 
 		 300 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0224866  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1630  LysR family transcriptional regulator  38.27 
 
 		 296 aa  212  7.999999999999999e-54  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.48911 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0035  LysR family transcriptional regulator  39.1 
 
 		 312 aa  209  4e-53  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3519  transcriptional regulator, LysR family  35.76 
 
 		 315 aa  206  4e-52  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3191  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 297 aa  199  6e-50  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3104  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 308 aa  195  1e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.459931  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1618  LysR family transcriptional regulator  39.79 
 
 		 305 aa  194  2e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0301028 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0380  transcriptional regulator  38.36 
 
 		 316 aa  194  2e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03780  putative transcriptional regulator  38.18 
 
 		 320 aa  191  2e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.169365 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0785  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 304 aa  187  2e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.352567  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3439  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 306 aa  187  2e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.555808 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1040  transcriptional regulator, LysR family  38.36 
 
 		 306 aa  187  2e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0665507  normal  0.490523 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1458  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 297 aa  185  8e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0637  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 304 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.381273  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0638  LysR family transcriptional regulator  37.15 
 
 		 304 aa  181  2e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.327526  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1799  LysR family transcriptional regulator  36.03 
 
 		 299 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0309251  normal  0.330495 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1596  LysR family transcriptional regulator  37.15 
 
 		 304 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2155  LysR family transcriptional regulator  37.15 
 
 		 304 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2242  LysR family transcriptional regulator  37.15 
 
 		 304 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0675  LysR family transcriptional regulator  37.15 
 
 		 304 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.108594  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1997  LysR family transcriptional regulator  37.15 
 
 		 304 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5172  LysR family transcriptional regulator  36.42 
 
 		 303 aa  179  8e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.106584 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4522  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 297 aa  178  1e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.923329 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1389  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 297 aa  178  1e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4666  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 307 aa  177  3e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3814  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 297 aa  177  3e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0217357 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3864  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 306 aa  177  3e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.163001 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3930  LysR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 314 aa  176  4e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4028  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 297 aa  176  4e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.119859  normal  0.0962956 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4378  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 305 aa  176  4e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.840859  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0367  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 305 aa  176  7e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.968869  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4643  LysR family transcriptional regulator  36.09 
 
 		 303 aa  175  9e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4985  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 305 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3084  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 305 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5283  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 305 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.770818  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3437  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 304 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.395284  normal  0.657554 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3917  transcriptional regulator  35.19 
 
 		 297 aa  172  6.999999999999999e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.391829  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46060  transcriptional regulator  35.19 
 
 		 297 aa  171  1e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.89621 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2197  transcriptional regulator, LysR family  36.33 
 
 		 309 aa  171  2e-41  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2149  transcriptional regulator, LysR family  34.15 
 
 		 298 aa  169  6e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.463348 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4054  LysR family transcriptional regulator  38.52 
 
 		 298 aa  168  1e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1887  transcriptional regulator of LysR family protein  30 
 
 		 308 aa  167  2.9999999999999998e-40  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0293144  normal  0.0439695 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3174  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 320 aa  165  8e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2060  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 309 aa  162  6e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.159484  normal  0.0317829 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5120  LysR family transcriptional regulator  34.49 
 
 		 297 aa  157  2e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.809897 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2782  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 341 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2574  LysR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 320 aa  152  8e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.475396  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5195  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 306 aa  151  2e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4499  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 303 aa  144  2e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2553  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 302 aa  138  1e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.36259  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1818  LysR family transcriptional regulator  34.87 
 
 		 296 aa  135  8e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.631844  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02130  putative transcriptional regulator transcription regulator protein  31.74 
 
 		 302 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3543  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 		 318 aa  124  2e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.319397  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1551  LysR family transcriptional regulator  31 
 
 		 306 aa  122  8e-27  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2194  LysR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 296 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0690526  normal  1 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4516  LysR family transcriptional regulator  37.55 
 
 		 302 aa  110  4.0000000000000004e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>