29 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewana3_4258 on replicon NC_008573
Organism: Shewanella sp. ANA-3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008573  Shewana3_4258  TraB pilus assembly family protein  100 
 
 		 452 aa  924    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.346298  normal  0.0301907 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0367  sex pilus assembly protein  31.92 
 
 		 402 aa  118  3e-25  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0565513  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1081  conjugal transfer protein, putative  31.7 
 
 		 543 aa  115  1.0000000000000001e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0932  sex pilus assembly protein  31.07 
 
 		 446 aa  112  2.0000000000000002e-23  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.112358  n/a   
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0076  type IV conjugative transfer system protein TraB  26.4 
 
 		 438 aa  111  3e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0255  TraB pilus assembly family protein  32.82 
 
 		 418 aa  110  7.000000000000001e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.844609  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2650  TraB pilus assembly  31.44 
 
 		 457 aa  107  4e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.835433  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0318  TraB pilus assembly family protein  34.36 
 
 		 422 aa  107  4e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2317  TraB pilus assembly  31.44 
 
 		 456 aa  107  5e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.653277  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1538  TraB pilus assembly family protein  30.57 
 
 		 472 aa  104  4e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.245365 
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4181  TraB pilus assembly family protein  28.78 
 
 		 449 aa  103  8e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.000413656  hitchhiker  0.000231943 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6794  TraB pilus assembly family protein  27.19 
 
 		 440 aa  103  9e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3779  TraB pilus assembly family protein  35.67 
 
 		 468 aa  100  8e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.603832  n/a   
 
 
-
 
NC_007490  RSP_4224  putative conjugative transfer factor, TraB  28.64 
 
 		 417 aa  89.7  8e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4287  conjugal transfer pilus assembly protein TraB  26.01 
 
 		 466 aa  85.9  0.000000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011665  Sbal223_4500  TraB pilus assembly family protein  27.27 
 
 		 509 aa  81.3  0.00000000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009998  Sbal195_4537  TraB pilus assembly family protein  27.27 
 
 		 508 aa  80.9  0.00000000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.749618  normal  0.479712 
 
 
-
 
NC_011664  Sbal223_4376  TraB pilus assembly family protein  27.27 
 
 		 508 aa  80.9  0.00000000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4440  TraB pilus assembly family protein  27.27 
 
 		 508 aa  80.9  0.00000000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4444  TraB pilus assembly family protein  26.36 
 
 		 508 aa  80.5  0.00000000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4629  TraB pilus assembly family protein  26.82 
 
 		 509 aa  80.1  0.00000000000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.803556 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0035  conjugal transfer pilus assembly protein TraB  22.52 
 
 		 475 aa  76.6  0.0000000000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011311  VSAL_p840_06  conjugative transfer protein TraB  25.76 
 
 		 476 aa  72.8  0.00000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2159  TraB pilus assembly  27.65 
 
 		 446 aa  69.3  0.0000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009426  Saro_4009  TraB pilus assembly family protein  27.75 
 
 		 458 aa  68.6  0.0000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.702041  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5368  TraB pilus assembly family protein  26.73 
 
 		 443 aa  62  0.00000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.181212 
 
 
-
 
NC_006365  plpp0026  hypothetical protein  27.36 
 
 		 484 aa  62.4  0.00000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6227  hypothetical protein  26.05 
 
 		 453 aa  60.8  0.00000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.771617  normal  1 
 
 
-
 
NC_006366  plpl0018  hypothetical protein  25.59 
 
 		 457 aa  50.1  0.00007  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  normal  0.6486  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>