29 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcSMS35_A0035 on replicon NC_010488
Organism: Escherichia coli SMS-3-5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010488  EcSMS35_A0035  conjugal transfer pilus assembly protein TraB  100 
 
 		 475 aa  969    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4287  conjugal transfer pilus assembly protein TraB  42.15 
 
 		 466 aa  317  2e-85  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4629  TraB pilus assembly family protein  30.02 
 
 		 509 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.803556 
 
 
-
 
NC_011665  Sbal223_4500  TraB pilus assembly family protein  29.81 
 
 		 509 aa  173  6.999999999999999e-42  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011664  Sbal223_4376  TraB pilus assembly family protein  30.06 
 
 		 508 aa  171  2e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009998  Sbal195_4537  TraB pilus assembly family protein  30.06 
 
 		 508 aa  171  2e-41  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.749618  normal  0.479712 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4440  TraB pilus assembly family protein  30.06 
 
 		 508 aa  171  3e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006366  plpl0018  hypothetical protein  31.65 
 
 		 457 aa  168  2e-40  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  normal  0.6486  n/a   
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4444  TraB pilus assembly family protein  29.66 
 
 		 508 aa  167  2.9999999999999998e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011311  VSAL_p840_06  conjugative transfer protein TraB  28.89 
 
 		 476 aa  152  2e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0932  sex pilus assembly protein  38.28 
 
 		 446 aa  143  6e-33  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.112358  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0367  sex pilus assembly protein  30.43 
 
 		 402 aa  129  2.0000000000000002e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0565513  normal  1 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6794  TraB pilus assembly family protein  29.17 
 
 		 440 aa  124  4e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2317  TraB pilus assembly  36.22 
 
 		 456 aa  121  3e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.653277  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2650  TraB pilus assembly  36.22 
 
 		 457 aa  120  3.9999999999999996e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.835433  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1538  TraB pilus assembly family protein  36.02 
 
 		 472 aa  120  4.9999999999999996e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.245365 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_4009  TraB pilus assembly family protein  31.85 
 
 		 458 aa  117  3.9999999999999997e-25  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.702041  n/a   
 
 
-
 
NC_007490  RSP_4224  putative conjugative transfer factor, TraB  37.02 
 
 		 417 aa  117  6e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4181  TraB pilus assembly family protein  30 
 
 		 449 aa  113  7.000000000000001e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.000413656  hitchhiker  0.000231943 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0076  type IV conjugative transfer system protein TraB  27.3 
 
 		 438 aa  107  3e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2159  TraB pilus assembly  39.23 
 
 		 446 aa  106  9e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5368  TraB pilus assembly family protein  30.88 
 
 		 443 aa  102  2e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.181212 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0255  TraB pilus assembly family protein  33 
 
 		 418 aa  99.4  1e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.844609  n/a   
 
 
-
 
NC_006365  plpp0026  hypothetical protein  27.23 
 
 		 484 aa  96.3  1e-18  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0318  TraB pilus assembly family protein  33.17 
 
 		 422 aa  91.3  3e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3779  TraB pilus assembly family protein  28.71 
 
 		 468 aa  84  0.000000000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.603832  n/a   
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6227  hypothetical protein  32.96 
 
 		 453 aa  82.8  0.00000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.771617  normal  1 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4258  TraB pilus assembly family protein  23 
 
 		 452 aa  77.4  0.0000000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.346298  normal  0.0301907 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1081  conjugal transfer protein, putative  23.06 
 
 		 543 aa  75.9  0.000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>