147 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0233 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_02888  hypothetical protein  68.63 
 
 		 739 aa  1077    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0684  Radical SAM domain protein  68.63 
 
 		 739 aa  1076    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4872  hypothetical protein  59.76 
 
 		 766 aa  946    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.783093  normal  0.109803 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6414  Radical SAM domain protein  59.28 
 
 		 766 aa  859    Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0293  hypothetical protein  59.03 
 
 		 710 aa  893    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3203  radical SAM domain-containing protein  67.69 
 
 		 752 aa  1035    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.939016  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0311  hypothetical protein  80.15 
 
 		 786 aa  1296    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4928  radical SAM domain protein  64.17 
 
 		 771 aa  931    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0587  hypothetical protein  59.69 
 
 		 769 aa  934    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.282021  normal  0.175321 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0324  hypothetical protein  55.5 
 
 		 815 aa  875    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.366005 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1996  radical SAM family protein  62.34 
 
 		 740 aa  900    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.578599  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2153  Elongator protein 3/MiaB/NifB  57.53 
 
 		 763 aa  893    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.157967 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0540  hypothetical protein  60.21 
 
 		 767 aa  937    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.212733  normal  0.530642 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2225  Radical SAM domain protein  59.38 
 
 		 795 aa  896    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.291322  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2003  radical SAM family protein  59.68 
 
 		 707 aa  856    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3424  hypothetical protein  70.01 
 
 		 723 aa  1070    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.518229  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0689  radical SAM family protein  60.75 
 
 		 671 aa  856    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3352  hypothetical protein  70.01 
 
 		 723 aa  1070    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1663  Radical SAM domain protein  68.5 
 
 		 745 aa  1091    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2734  radical SAM family protein  60.33 
 
 		 798 aa  891    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.389809  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2898  radical SAM family protein  61.21 
 
 		 724 aa  929    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.041487 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0939  radical SAM family protein  62.74 
 
 		 745 aa  901    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.342945 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1083  radical SAM family protein  62.74 
 
 		 745 aa  901    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3439  hypothetical protein  77.89 
 
 		 785 aa  1288    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0355  hypothetical protein  55 
 
 		 812 aa  876    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.170887 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3431  radical SAM-like  67.8 
 
 		 784 aa  1090    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3981  hypothetical protein  81.07 
 
 		 812 aa  1300    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5075  Radical SAM domain protein  62.12 
 
 		 688 aa  850    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.369209 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3670  hypothetical protein  81.06 
 
 		 781 aa  1303    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0275  hypothetical protein  80.93 
 
 		 781 aa  1301    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0396  hypothetical protein  78.14 
 
 		 773 aa  1294    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65080  hypothetical protein  64.48 
 
 		 747 aa  948    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00809643  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3418  hypothetical protein  69.88 
 
 		 723 aa  1067    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0856  hypothetical protein  60.2 
 
 		 790 aa  957    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.109884  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3874  hypothetical protein  81.06 
 
 		 781 aa  1301    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0959799 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4193  Radical SAM domain protein  62.82 
 
 		 678 aa  862    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1984  Radical SAM domain protein  60.06 
 
 		 726 aa  840    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3349  hypothetical protein  80 
 
 		 806 aa  1301    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2271  radical SAM domain-containing protein  69.31 
 
 		 770 aa  1074    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02838  hypothetical protein  68.63 
 
 		 739 aa  1077    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2437  radical SAM domain-containing protein  56.73 
 
 		 792 aa  889    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.491099  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1897  radical SAM domain-containing protein  59.72 
 
 		 794 aa  886    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.752048 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2243  radical SAM domain-containing protein  59.69 
 
 		 847 aa  885    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.395224  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07700  hypothetical protein  63.4 
 
 		 757 aa  951    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.568115  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3816  radical SAM domain-containing protein  59.44 
 
 		 796 aa  881    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.155717 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1103  radical SAM domain-containing protein  56.2 
 
 		 673 aa  789    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.204136  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3349  hypothetical protein  70.01 
 
 		 723 aa  1070    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0746  Radical SAM domain protein  60.85 
 
 		 677 aa  868    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4090  hypothetical protein  79.43 
 
 		 816 aa  1290    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0233  hypothetical protein  100 
 
 		 780 aa  1624    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.9097 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3424  hypothetical protein  72.36 
 
 		 724 aa  1074    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3682  hypothetical protein  79.29 
 
 		 790 aa  1290    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0652  hypothetical protein  63.83 
 
 		 763 aa  949    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000231874 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1314  hypothetical protein  63.12 
 
 		 789 aa  982    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1515  Radical SAM domain protein  61.71 
 
 		 758 aa  892    Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0572332  hitchhiker  0.00245581 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7218  hypothetical protein  61.76 
 
 		 674 aa  862    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.466758  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4750  hypothetical protein  59.89 
 
 		 766 aa  949    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000182579 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2008  hypothetical protein  54.85 
 
 		 817 aa  877    Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0530056  normal  0.455739 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01783  hypothetical protein  65.1 
 
 		 791 aa  1057    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1364  radical SAM domain-containing protein  60.41 
 
 		 755 aa  910    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000206829 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5654  hypothetical protein  62.16 
 
 		 747 aa  952    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4059  hypothetical protein  81 
 
 		 819 aa  1299    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0585  hypothetical protein  67.56 
 
 		 787 aa  1088    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4327  hypothetical protein  68.63 
 
 		 739 aa  1075    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1188  Radical SAM domain protein  65.85 
 
 		 740 aa  855    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.903904  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0942  radical SAM domain-containing protein  61.46 
 
 		 679 aa  866    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02777  hypothetical protein  64.42 
 
 		 787 aa  970    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3194  hypothetical protein  68.63 
 
 		 739 aa  1076    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3484  hypothetical protein  68.63 
 
 		 739 aa  1076    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4218  hypothetical protein  81.54 
 
 		 774 aa  1349    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4234  hypothetical protein  70.67 
 
 		 721 aa  1060    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.577109 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0279  hypothetical protein  85.73 
 
 		 777 aa  1395    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1631  Radical SAM domain protein  59.97 
 
 		 829 aa  886    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.982619  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003066  hypothetical protein  63.22 
 
 		 781 aa  962    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4177  hypothetical protein  80.68 
 
 		 807 aa  1300    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3519  hypothetical protein  70.01 
 
 		 723 aa  1070    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.115115  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4005  radical SAM domain-containing protein  58.68 
 
 		 831 aa  907    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.143433  normal  0.395979 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4610  radical SAM domain-containing protein  62.25 
 
 		 688 aa  848    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0159872 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4928  hypothetical protein  63.45 
 
 		 736 aa  912    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000895754 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0666  hypothetical protein  67.82 
 
 		 775 aa  1085    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0681  hypothetical protein  68.63 
 
 		 739 aa  1076    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3300  hypothetical protein  68.77 
 
 		 739 aa  1078    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0672097 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4663  hypothetical protein  63.45 
 
 		 737 aa  914    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0697261 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0382  hypothetical protein  83.46 
 
 		 763 aa  1371    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6215  radical SAM domain-containing protein  62.25 
 
 		 679 aa  861    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.310596 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2133  radical SAM domain-containing protein  60.7 
 
 		 810 aa  889    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00433523 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3451  hypothetical protein  68.5 
 
 		 739 aa  1072    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0915  Radical SAM domain protein  46.45 
 
 		 599 aa  595  1e-168  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3346  Radical SAM domain protein  45.6 
 
 		 598 aa  571  1e-161  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0576598 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0066  radical SAM family protein  43.49 
 
 		 648 aa  566  1e-160  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2995  radical SAM family protein  63.86 
 
 		 831 aa  566  1e-160  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0221356  normal  0.207788 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0072  Radical SAM domain protein  43.5 
 
 		 648 aa  565  1.0000000000000001e-159  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.290916  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0068  radical SAM domain-containing protein  44.11 
 
 		 658 aa  562  1.0000000000000001e-159  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.514908  normal  0.0285773 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1094  hypothetical protein  42.16 
 
 		 639 aa  553  1e-156  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0145194  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0084  Radical SAM domain protein  43.5 
 
 		 648 aa  551  1e-155  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.028481  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1858  radical SAM domain-containing protein  43.5 
 
 		 600 aa  546  1e-154  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0945  hypothetical protein  41.94 
 
 		 657 aa  541  9.999999999999999e-153  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1776  hypothetical protein  40.98 
 
 		 622 aa  536  1e-151  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1972  Radical SAM domain protein  41.13 
 
 		 621 aa  533  1e-150  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.270598  normal  0.360161 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4160  hypothetical protein  42.31 
 
 		 687 aa  525  1e-148  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>