142 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_0915 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU2873  radical SAM domain-containing protein  71.45 
 
 		 605 aa  860    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.344485  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3187  Radical SAM domain protein  62.91 
 
 		 607 aa  777    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00436822  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1897  Fe-S oxidoreductase  59.42 
 
 		 625 aa  736    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000117655  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0609  radical SAM family protein  68.78 
 
 		 603 aa  856    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00147953  hitchhiker  0.00191958 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0915  Radical SAM domain protein  100 
 
 		 599 aa  1234    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0556  radical SAM domain-containing protein  66.72 
 
 		 623 aa  823    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.837617  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1052  radical SAM domain-containing protein  70.84 
 
 		 605 aa  869    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.173598  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3346  Radical SAM domain protein  93.32 
 
 		 598 aa  1161    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0576598 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1094  hypothetical protein  48.02 
 
 		 639 aa  620  1e-176  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0145194  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0603  hypothetical protein  47.09 
 
 		 683 aa  605  9.999999999999999e-173  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02888  hypothetical protein  46.72 
 
 		 739 aa  603  1.0000000000000001e-171  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0684  Radical SAM domain protein  46.72 
 
 		 739 aa  603  1.0000000000000001e-171  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0689  radical SAM family protein  48.53 
 
 		 671 aa  602  1.0000000000000001e-171  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3424  hypothetical protein  47.34 
 
 		 723 aa  601  1.0000000000000001e-171  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.518229  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02838  hypothetical protein  46.72 
 
 		 739 aa  603  1.0000000000000001e-171  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3352  hypothetical protein  47.34 
 
 		 723 aa  601  1.0000000000000001e-171  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3349  hypothetical protein  47.34 
 
 		 723 aa  601  1.0000000000000001e-171  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4327  hypothetical protein  46.72 
 
 		 739 aa  603  1.0000000000000001e-171  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3519  hypothetical protein  47.34 
 
 		 723 aa  601  1.0000000000000001e-171  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.115115  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0585  hypothetical protein  46.84 
 
 		 787 aa  602  1.0000000000000001e-171  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3194  hypothetical protein  46.72 
 
 		 739 aa  603  1.0000000000000001e-171  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3484  hypothetical protein  46.72 
 
 		 739 aa  603  1.0000000000000001e-171  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0666  hypothetical protein  46.84 
 
 		 775 aa  602  1.0000000000000001e-171  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0681  hypothetical protein  46.72 
 
 		 739 aa  603  1.0000000000000001e-171  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3300  hypothetical protein  46.72 
 
 		 739 aa  603  1.0000000000000001e-171  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0672097 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2271  radical SAM domain-containing protein  46.11 
 
 		 770 aa  599  1e-170  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3418  hypothetical protein  47.34 
 
 		 723 aa  601  1e-170  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4234  hypothetical protein  46.99 
 
 		 721 aa  601  1e-170  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.577109 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3451  hypothetical protein  46.56 
 
 		 739 aa  599  1e-170  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2003  radical SAM family protein  49.67 
 
 		 707 aa  597  1e-169  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1776  hypothetical protein  46.73 
 
 		 622 aa  596  1e-169  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01783  hypothetical protein  45.74 
 
 		 791 aa  597  1e-169  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0233  hypothetical protein  46.45 
 
 		 780 aa  595  1e-169  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.9097 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0746  Radical SAM domain protein  47.66 
 
 		 677 aa  595  1e-169  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7218  hypothetical protein  48.2 
 
 		 674 aa  596  1e-169  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.466758  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0942  radical SAM domain-containing protein  47.97 
 
 		 679 aa  597  1e-169  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3981  hypothetical protein  46.66 
 
 		 812 aa  592  1e-168  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4090  hypothetical protein  46.66 
 
 		 816 aa  592  1e-168  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4193  Radical SAM domain protein  48.79 
 
 		 678 aa  594  1e-168  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4059  hypothetical protein  46.66 
 
 		 819 aa  593  1e-168  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4177  hypothetical protein  46.66 
 
 		 807 aa  592  1e-168  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6215  radical SAM domain-containing protein  48.63 
 
 		 679 aa  594  1e-168  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.310596 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0382  hypothetical protein  45.34 
 
 		 763 aa  590  1e-167  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5075  Radical SAM domain protein  48.14 
 
 		 688 aa  588  1e-167  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.369209 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0311  hypothetical protein  46.43 
 
 		 786 aa  588  1e-166  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2444  radical SAM domain-containing protein  50.25 
 
 		 640 aa  588  1e-166  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4610  radical SAM domain-containing protein  48.14 
 
 		 688 aa  587  1e-166  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0159872 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3126  hypothetical protein  47.33 
 
 		 642 aa  582  1.0000000000000001e-165  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0311249  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0396  hypothetical protein  46.35 
 
 		 773 aa  583  1.0000000000000001e-165  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3682  hypothetical protein  46.12 
 
 		 790 aa  583  1.0000000000000001e-165  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1364  radical SAM domain-containing protein  44.7 
 
 		 755 aa  583  1.0000000000000001e-165  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000206829 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4218  hypothetical protein  44.8 
 
 		 774 aa  582  1.0000000000000001e-165  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3439  hypothetical protein  45.64 
 
 		 785 aa  580  1e-164  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0652  hypothetical protein  44.66 
 
 		 763 aa  578  1e-164  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000231874 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0279  hypothetical protein  45.04 
 
 		 777 aa  579  1e-164  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0293  hypothetical protein  45.79 
 
 		 710 aa  578  1.0000000000000001e-163  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1663  Radical SAM domain protein  45.37 
 
 		 745 aa  577  1.0000000000000001e-163  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07700  hypothetical protein  45.29 
 
 		 757 aa  577  1.0000000000000001e-163  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.568115  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4872  hypothetical protein  44.36 
 
 		 766 aa  572  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.783093  normal  0.109803 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3349  hypothetical protein  46.38 
 
 		 806 aa  573  1.0000000000000001e-162  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4750  hypothetical protein  44.36 
 
 		 766 aa  572  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000182579 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1972  Radical SAM domain protein  47.64 
 
 		 621 aa  574  1.0000000000000001e-162  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.270598  normal  0.360161 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2153  Elongator protein 3/MiaB/NifB  44.56 
 
 		 763 aa  570  1e-161  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.157967 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1407  hypothetical protein  46.13 
 
 		 662 aa  569  1e-161  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.00374356  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65080  hypothetical protein  44.21 
 
 		 747 aa  570  1e-161  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00809643  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1314  hypothetical protein  45.18 
 
 		 789 aa  571  1e-161  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02777  hypothetical protein  44.48 
 
 		 787 aa  570  1e-161  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0856  hypothetical protein  44.11 
 
 		 790 aa  568  1e-161  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.109884  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1216  hypothetical protein  45.96 
 
 		 662 aa  566  1e-160  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.364904  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1538  radical SAM domain-containing protein  49.06 
 
 		 598 aa  568  1e-160  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.415289  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1103  radical SAM domain-containing protein  51.27 
 
 		 673 aa  566  1e-160  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.204136  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1858  radical SAM domain-containing protein  47.99 
 
 		 600 aa  565  1e-160  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2132  hypothetical protein  46.31 
 
 		 620 aa  565  1e-160  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00115691  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4928  hypothetical protein  44.31 
 
 		 736 aa  562  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000895754 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4663  hypothetical protein  44.31 
 
 		 737 aa  561  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0697261 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003066  hypothetical protein  44.48 
 
 		 781 aa  558  1e-157  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1632  extracellular solute-binding protein  47.6 
 
 		 612 aa  556  1e-157  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6414  Radical SAM domain protein  46.49 
 
 		 766 aa  558  1e-157  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4160  hypothetical protein  46.31 
 
 		 687 aa  556  1e-157  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0066  radical SAM family protein  48.84 
 
 		 648 aa  554  1e-156  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3670  hypothetical protein  44.88 
 
 		 781 aa  553  1e-156  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0275  hypothetical protein  44.88 
 
 		 781 aa  553  1e-156  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3874  hypothetical protein  44.88 
 
 		 781 aa  553  1e-156  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0959799 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1996  radical SAM family protein  44.92 
 
 		 740 aa  550  1e-155  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.578599  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0068  radical SAM domain-containing protein  48.2 
 
 		 658 aa  551  1e-155  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.514908  normal  0.0285773 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1403  Radical SAM domain protein  43.97 
 
 		 630 aa  546  1e-154  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.59751 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0540  hypothetical protein  43.45 
 
 		 767 aa  546  1e-154  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.212733  normal  0.530642 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0072  Radical SAM domain protein  48.18 
 
 		 648 aa  546  1e-154  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.290916  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3616  hypothetical protein  45.09 
 
 		 685 aa  546  1e-154  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0587  hypothetical protein  43.14 
 
 		 769 aa  543  1e-153  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.282021  normal  0.175321 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0281  Radical SAM domain protein  45.52 
 
 		 589 aa  544  1e-153  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4928  radical SAM domain protein  43.14 
 
 		 771 aa  541  9.999999999999999e-153  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11120  Fe-S oxidoreductase  42.02 
 
 		 718 aa  536  1e-151  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.390145  normal  0.0549005 
 
 
-
 
NC_002950  PG0934  hypothetical protein  46.66 
 
 		 634 aa  535  1e-150  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.157188 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0084  Radical SAM domain protein  48.02 
 
 		 648 aa  533  1e-150  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.028481  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1188  Radical SAM domain protein  48.15 
 
 		 740 aa  534  1e-150  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.903904  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1409  Radical SAM domain protein  47.58 
 
 		 614 aa  530  1e-149  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2328  Radical SAM domain protein  44.16 
 
 		 666 aa  528  1e-148  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.80431 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0262  radical SAM domain-containing protein  46.13 
 
 		 568 aa  519  1e-146  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.282617  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0596  radical SAM domain-containing protein  45.73 
 
 		 567 aa  512  1e-144  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.578273  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>