163 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SeD_A4828 on replicon NC_011205
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012880  Dd703_3151  PTS modulated transcriptional regulator, MtlR family  64.27 
 
 
641 aa  858    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0433  transcriptional antiterminator, BglG  79.12 
 
 
636 aa  1028    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4372  transcriptional antiterminator, BglG  64.52 
 
 
638 aa  845    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.180712  normal  0.327197 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0916  PTS modulated transcriptional regulator, MtlR family  78.65 
 
 
636 aa  1041    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.60605  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4794  transcriptional antiterminator, BglG  99.84 
 
 
637 aa  1315    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4849  transcriptional antiterminator, BglG  99.69 
 
 
637 aa  1315    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4699  transcriptional antiterminator, BglG  99.69 
 
 
637 aa  1313    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.613888 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4730  transcriptional antiterminator, BglG  99.37 
 
 
637 aa  1311    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.398231  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4828  HTH domain-containing protein  100 
 
 
637 aa  1318    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0103  HTH-type transcriptional regulator  42.79 
 
 
656 aa  557  1e-157  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0701  transcriptional antiterminator, BglG  26.32 
 
 
646 aa  227  6e-58  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0881  BigG family transcription antiterminator  27.37 
 
 
643 aa  225  2e-57  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.441877  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0823  transcriptional antiterminator, BglG  26.14 
 
 
652 aa  224  4.9999999999999996e-57  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.325703  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0686  BigG family transcription antiterminator  27.22 
 
 
646 aa  223  6e-57  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0751  BigG family transcription antiterminator  27.33 
 
 
646 aa  223  9e-57  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0883  transcription antiterminator, BglG family  27.33 
 
 
646 aa  223  9e-57  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.28346e-33 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0790  BigG family transcription antiterminator  27.33 
 
 
646 aa  223  9e-57  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.290069  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4493  transcription antiterminator, BglG family  27.53 
 
 
646 aa  223  9e-57  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0226696  hitchhiker  0.0000000000157823 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0699  BigG family transcription antiterminator  26.98 
 
 
646 aa  223  9.999999999999999e-57  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0843  transcription antiterminator, BglG family  27.53 
 
 
646 aa  220  5e-56  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.165994  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0952  transcription antiterminator, BglG family  27.86 
 
 
646 aa  219  1e-55  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.439508  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3395  PTS modulated transcriptional regulator, MtlR family  25 
 
 
661 aa  176  8e-43  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0686  PTS modulated transcriptional regulator, MtlR family  22.41 
 
 
627 aa  167  8e-40  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  decreased coverage  0.00026813  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0929  transcriptional antiterminator  22.83 
 
 
663 aa  165  2.0000000000000002e-39  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1587  PTS modulated transcriptional regulator, MtlR family  23.05 
 
 
625 aa  156  9e-37  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1169  transcriptional antiterminator, BglG  22.42 
 
 
648 aa  152  2e-35  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.00649229  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0196  PTS modulated transcriptional regulator, MtlR family  22.13 
 
 
628 aa  147  5e-34  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1683  PTS modulated transcriptional regulator, MtlR family  24.38 
 
 
646 aa  142  9.999999999999999e-33  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0237  transcriptional antiterminator, BglG  20.92 
 
 
705 aa  138  3.0000000000000003e-31  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0531  transcriptional antiterminator, BglG  21.76 
 
 
692 aa  129  1.0000000000000001e-28  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.849471  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0381  transcriptional antiterminator, BglG  21.57 
 
 
651 aa  123  8e-27  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0391  PRD domain-containing protein  21.57 
 
 
651 aa  123  8e-27  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2754  transcriptional antiterminator, BglG  20.15 
 
 
655 aa  123  9e-27  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1407  PTS modulated transcriptional regulator, MtlR family  24.07 
 
 
709 aa  123  9.999999999999999e-27  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.126789  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20170  transcriptional antiterminator, BglG  22.77 
 
 
741 aa  121  4.9999999999999996e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2934  PTS modulated transcriptional regulator, MtlR family  24.38 
 
 
714 aa  119  9.999999999999999e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2796  PTS modulated transcriptional regulator, MtlR family  24.46 
 
 
696 aa  118  3e-25  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2984  PTS system, lactose/cellobiose specific IIB subunit  25.73 
 
 
612 aa  117  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00361591  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1382  transcriptional antiterminator, BglG  24.2 
 
 
681 aa  116  1.0000000000000001e-24  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000104682  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2011  transcriptional antiterminator, BglG  25.68 
 
 
701 aa  115  2.0000000000000002e-24  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000595417  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2189  transcriptional antiterminator, BglG  23.17 
 
 
710 aa  114  5e-24  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2227  PRD domain-containing protein  23.17 
 
 
710 aa  114  5e-24  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0328  transcriptional antiterminator, BglG  22.42 
 
 
516 aa  114  6e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.341151  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2664  BglG family transcriptional antiterminator  24.95 
 
 
701 aa  111  3e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0336  transcriptional antiterminator, BglG  22.54 
 
 
516 aa  108  3e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.373186  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0221  transcriptional antiterminator, BglG  24.75 
 
 
674 aa  108  3e-22  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3187  transcriptional antiterminator, BglG  24.39 
 
 
685 aa  99  3e-19  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000270026  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3754  PTS modulated transcriptional regulator, MtlR family  20.22 
 
 
705 aa  98.6  4e-19  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0232  transcriptional antiterminator  20.85 
 
 
496 aa  95.5  3e-18  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1351  PTS modulated transcriptional regulator, MtlR family  22.83 
 
 
670 aa  92.8  2e-17  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0269  transcriptional antiterminator, BglG  20.66 
 
 
680 aa  92.4  2e-17  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3997  putative PTS regulatory protein  21.59 
 
 
517 aa  92  3e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2664  transcriptional antiterminator, BglG  20.66 
 
 
624 aa  87  8e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2720  PRD domain-containing protein  20.66 
 
 
624 aa  87  8e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0038  PTS modulated transcriptional regulator, MtlR family  20.72 
 
 
703 aa  80.1  0.0000000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.977169  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1801  BglG family transcriptional antiterminator  23.32 
 
 
559 aa  80.1  0.0000000000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1846  transcriptional antiterminator, BglG  21.67 
 
 
685 aa  80.1  0.0000000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3959  PTS modulated transcriptional regulator, MtlR family  21.02 
 
 
696 aa  77  0.000000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2259  BglG family transcriptional antiterminator  25.67 
 
 
623 aa  72.4  0.00000000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0229  transcriptional antiterminator, BglG  22.56 
 
 
698 aa  72.4  0.00000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0235  PRD domain-containing protein  22.56 
 
 
698 aa  72.4  0.00000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1484  transcriptional antiterminator  22.35 
 
 
668 aa  71.6  0.00000000005  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.553371  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1731  transcriptional antiterminator, BglG  19.84 
 
 
698 aa  70.1  0.0000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3177  transcriptional antiterminator, BglG  18.27 
 
 
557 aa  68.2  0.0000000004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000121797  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1613  transcriptional antiterminator, BglG  21.44 
 
 
689 aa  67.8  0.0000000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3160  transcriptional antiterminator, BglG  20.89 
 
 
710 aa  67.8  0.0000000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3555  PTS modulated transcriptional regulator, MtlR family  22.11 
 
 
712 aa  67.4  0.0000000007  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1204  PTS modulated transcriptional regulator, MtlR family  24.59 
 
 
683 aa  65.9  0.000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0213  transcriptional antiterminator, BglG  19.37 
 
 
678 aa  63.9  0.000000009  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3369  transcriptional antiterminator, BglG  19.55 
 
 
687 aa  63.2  0.00000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0194  BglG family transcriptional antiterminator  23.88 
 
 
639 aa  62.8  0.00000002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3443  transcriptional antiterminator, BglG  21.43 
 
 
481 aa  62.8  0.00000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0655  putative PTS IIA-like nitrogen-regulatory protein PtsN  19.7 
 
 
645 aa  61.6  0.00000004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1652  bifunctional PTS system fructose-specific transporter subunit IIA/HPr protein  38.89 
 
 
377 aa  60.8  0.00000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0538047  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3108  phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase  27.78 
 
 
846 aa  60.5  0.00000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.899146 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2743  phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase  27.78 
 
 
846 aa  60.5  0.00000009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.158584  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2861  multiphosphoryl transfer protein  28.71 
 
 
844 aa  58.5  0.0000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1924  bifunctional PTS system fructose-specific transporter subunit IIA/HPr protein  36.67 
 
 
377 aa  57.8  0.0000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.140611  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1151  transcriptional antiterminator, BglG  20.88 
 
 
642 aa  57  0.000001  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3639  transcriptional antiterminator, BglG  19.5 
 
 
480 aa  55.8  0.000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0090  bifunctional PTS system fructose-specific transporter subunit IIA/HPr protein  33.68 
 
 
378 aa  55.1  0.000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2426  bifunctional PTS system fructose-specific transporter subunit IIA/HPr protein  41.03 
 
 
379 aa  54.7  0.000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0052  PTS system, mannitol-specific IIC subunit  29.66 
 
 
635 aa  54.7  0.000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.408793  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2329  bifunctional PTS system fructose-specific transporter subunit IIA/HPr protein  35.96 
 
 
377 aa  54.3  0.000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.655662  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2190  phosphoenolpyruvate-dependent sugar phosphotransferase system, EIIA 2  28.7 
 
 
144 aa  53.5  0.00001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2228  phosphoenolpyruvate-dependent sugar phosphotransferase system EIIA 2  28.7 
 
 
144 aa  53.5  0.00001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4222  phosphoenolpyruvate-dependent sugar phosphotransferase system EIIA 2  37.66 
 
 
147 aa  53.5  0.00001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.512284  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1463  transcriptional antiterminator, BglG  27.72 
 
 
684 aa  53.1  0.00002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3551  bifunctional PTS system fructose-specific transporter subunit IIA/HPr protein  26.02 
 
 
373 aa  53.1  0.00002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3230  bifunctional PTS system fructose-specific transporter subunit IIA/HPr protein  41.03 
 
 
377 aa  52.8  0.00002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000000411108 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4252  phosphoenolpyruvate--protein phosphotransferase  30.56 
 
 
863 aa  52  0.00003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.913011  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4712  phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase  28.28 
 
 
825 aa  52.4  0.00003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.846513  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2683  bifunctional PTS system fructose-specific transporter subunit IIA/HPr protein  38.46 
 
 
377 aa  51.2  0.00005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000835895  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1524  bifunctional PTS system fructose-specific transporter subunit IIA/HPr protein  38.46 
 
 
377 aa  51.6  0.00005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0548137  normal  0.157237 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2764  bifunctional PTS system fructose-specific transporter subunit IIA/HPr protein  38.46 
 
 
377 aa  51.2  0.00005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000581833  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0954  phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase,EI/HPr/EIIA components  26.5 
 
 
955 aa  50.8  0.00007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2895  phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase  27.13 
 
 
819 aa  50.8  0.00007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00460973 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0222  Protein-N(pi)-phosphohistidine-- sugarphosphotran sferase  28.04 
 
 
142 aa  50.8  0.00007  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0072  PTS system, mannitol-specific IIC subunit  33.33 
 
 
639 aa  50.8  0.00007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.337525  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0120  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  23.58 
 
 
977 aa  50.4  0.00009  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>