33 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_3044 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_3044  hypothetical protein  100 
 
 		 193 aa  399  9.999999999999999e-111  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000703839 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3223  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.95 
 
 		 654 aa  72.4  0.000000000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1492  GAF sensor signal transduction histidine kinase  33.96 
 
 		 453 aa  69.3  0.00000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.609505  normal  0.551578 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3013  GAF sensor signal transduction histidine kinase  33.02 
 
 		 453 aa  68.2  0.00000000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.644967 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2884  GAF sensor signal transduction histidine kinase  33.02 
 
 		 453 aa  68.2  0.00000000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.260369  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2867  GAF sensor signal transduction histidine kinase  33.96 
 
 		 453 aa  67.8  0.00000000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0977  GAF sensor signal transduction histidine kinase  38.78 
 
 		 440 aa  67.8  0.0000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4631  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.69 
 
 		 1672 aa  66.6  0.0000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.659803  normal  0.0232391 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01214  sensor histidine kinase  36.59 
 
 		 450 aa  62.4  0.000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.699466  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0573  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  30.37 
 
 		 907 aa  61.2  0.000000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000102965 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2754  GAF sensor signal transduction histidine kinase  28.95 
 
 		 466 aa  60.5  0.00000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.762714  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2315  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.66 
 
 		 778 aa  56.6  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2699  multi-sensor hybrid histidine kinase  25.71 
 
 		 1099 aa  56.2  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00117538 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1337  GAF sensor signal transduction histidine kinase  36.25 
 
 		 453 aa  55.5  0.0000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.154373  hitchhiker  0.00314731 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1402  GAF sensor signal transduction histidine kinase  36.25 
 
 		 453 aa  55.5  0.0000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0809579 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4715  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.12 
 
 		 1350 aa  55.5  0.0000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.726459  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3340  hypothetical protein  29.2 
 
 		 190 aa  55.5  0.0000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0508511  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5754  hypothetical protein  26.87 
 
 		 899 aa  55.1  0.0000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1390  GAF sensor signal transduction histidine kinase  35 
 
 		 453 aa  53.5  0.000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0606319  hitchhiker  0.00201119 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4974  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  28.95 
 
 		 877 aa  52.8  0.000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66320  hypothetical protein  25.37 
 
 		 899 aa  51.6  0.000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2545  ATP-binding region, ATPase-like protein  31.2 
 
 		 454 aa  50.4  0.00001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0460  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  29.63 
 
 		 898 aa  50.1  0.00002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.154132  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0298  PAS  23.14 
 
 		 306 aa  49.3  0.00003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.17178  normal  0.370219 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3162  sensor histidine kinase  29.21 
 
 		 453 aa  49.3  0.00004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2727  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  31.68 
 
 		 753 aa  46.6  0.0002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4866  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  27.41 
 
 		 896 aa  46.2  0.0003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.645914  normal  0.211732 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4770  PAS:GGDEF  23.7 
 
 		 897 aa  45.4  0.0005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0155612 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0365  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  27.97 
 
 		 896 aa  44.3  0.001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0766111  normal  0.151073 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0406  sensory box/GGDEF domain/EAL domain protein  24.44 
 
 		 897 aa  43.1  0.003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0337  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  26.27 
 
 		 896 aa  42.4  0.005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.456213 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0362  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  26.27 
 
 		 926 aa  42  0.005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.324524  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2525  GAF sensor signal transduction histidine kinase  24.81 
 
 		 449 aa  42  0.005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>