299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SYO3AOP1_R0002 on replicon NC_010730
Organism: Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010730  SYO3AOP1_R0002  tRNA-Glu  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000240355  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0023  tRNA-Glu  96 
 
 		 75 bp  125  2e-27  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0052  tRNA-Glu  95.71 
 
 		 78 bp  115  1.0000000000000001e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0038  tRNA-Glu  95.71 
 
 		 78 bp  115  1.0000000000000001e-24  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000513604  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0007  tRNA-Glu  95.83 
 
 		 74 bp  111  2.0000000000000002e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_25080  tRNA-Glu  94.29 
 
 		 73 bp  101  2e-20  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0005  tRNA-Glu  92.86 
 
 		 73 bp  93.7  5e-18  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00334016 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0006  tRNA-Glu  92.86 
 
 		 73 bp  93.7  5e-18  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.766786  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0058  tRNA-Glu  91.43 
 
 		 78 bp  91.7  2e-17  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_01850  tRNA-Glu  96.3 
 
 		 73 bp  91.7  2e-17  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0009  tRNA-Glu  91.43 
 
 		 78 bp  91.7  2e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.39439  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0068  tRNA-Glu  91.43 
 
 		 78 bp  91.7  2e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0058  tRNA-Glu  91.43 
 
 		 78 bp  91.7  2e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000216318  unclonable  0.00000608893 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0066  tRNA-Glu  92.65 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.000000461101  hitchhiker  0.000137372 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0067  tRNA-Glu  92.65 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.0012187  normal  0.0113545 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06180  tRNA-Glu  91.43 
 
 		 73 bp  85.7  0.000000000000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.75789  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0083  tRNA-Glu  91.43 
 
 		 73 bp  85.7  0.000000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0012  tRNA-Glu  90 
 
 		 78 bp  83.8  0.000000000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.188086  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0022  tRNA-Glu  90 
 
 		 78 bp  83.8  0.000000000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.150409  hitchhiker  0.00052092 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0011  tRNA-Glu  90.91 
 
 		 78 bp  83.8  0.000000000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0013  tRNA-Glu  89.33 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.330262 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0002  tRNA-Glu  91.53 
 
 		 78 bp  77.8  0.0000000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  3.9841800000000004e-24  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0004  tRNA-Glu  91.53 
 
 		 78 bp  77.8  0.0000000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  2.0060400000000001e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0043  tRNA-Glu  90 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.000000194529  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0045  tRNA-Glu  90 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0333401  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0060  tRNA-Glu  90 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0052  tRNA-Glu  90.32 
 
 		 78 bp  75.8  0.000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.393318  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0035  tRNA-Glu  90 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0015  tRNA-Glu  90.32 
 
 		 78 bp  75.8  0.000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.679180000000001e-28 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0027  tRNA-Glu  90 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0395147  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0019  tRNA-Glu  90 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00000000481461  hitchhiker  0.000000177152 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0009  tRNA-Glu  90.32 
 
 		 78 bp  75.8  0.000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.250307  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0015  tRNA-Glu  90.32 
 
 		 78 bp  75.8  0.000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000000362214  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0070  tRNA-Glu  90 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0067  tRNA-Glu  90.32 
 
 		 78 bp  75.8  0.000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000153878  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0071  tRNA-Glu  90 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0003  tRNA-Glu  90 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0043  tRNA-Glu  88.89 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0981603  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0062  tRNA-Glu  89.55 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.427189  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Glu-2  tRNA-Glu  88.89 
 
 		 78 bp  69.9  0.00000000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00679153  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0061  tRNA-Glu  88.57 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0053  tRNA-Glu  88.57 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.526279 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0014  tRNA-Glu  88.57 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.178243  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0059  tRNA-Glu  88.57 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.872199  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34010  tRNA-Glu  88.57 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.284833  normal  0.536737 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_R0084  tRNA-Glu  88.57 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0044  tRNA-Glu  90.32 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0047  tRNA-Glu  87.14 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0030  tRNA-Glu  88.57 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0049  tRNA-Glu  88.71 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000824849  hitchhiker  0.0000000000360251 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0027  tRNA-Glu  92 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0052  tRNA-Glu  87.14 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0041  tRNA-Glu  92 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.0000000119319  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0054  tRNA-Glu  87.14 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0010  tRNA-Glu  87.5 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.644532  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0011  tRNA-Glu  87.5 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.267714  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0024  tRNA-Glu  87.5 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37130  tRNA-Glu  88.24 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.179999  normal  0.0419324 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAGluVIMSS1309378  tRNA-Glu  87.5 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0019  tRNA-Glu  91.84 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00210704  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0030  tRNA-Glu  91.84 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000166149  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0007  tRNA-Glu  91.84 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.866877  hitchhiker  0.000537745 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0001  tRNA-Glu  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0096405  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAGluVIMSS1309075  tRNA-Glu  87.5 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAGluVIMSS1309126  tRNA-Glu  87.5 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAGluVIMSS1309208  tRNA-Glu  87.5 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.689492  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_R0017  tRNA-Glu  97.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAGluVIMSS1309151  tRNA-Glu  87.5 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.0730688  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0026  tRNA-Glu  88.89 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.062518  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0030  tRNA-Glu  95 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.454772  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0061  tRNA-Glu  86.67 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0026  tRNA-Glu  88.89 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.307498  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0038  tRNA-Glu  88.33 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0222693  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0048  tRNA-Glu  88.06 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.849322 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0040  tRNA-Glu  87.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00115197  normal  0.197515 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0076  tRNA-Glu  87.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000131941  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0084  tRNA-Glu  87.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000679544  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0044  tRNA-Glu  87.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0369113  normal  0.198385 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0045  tRNA-Glu  87.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0637715  normal  0.193684 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0039  tRNA-Glu  87.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00037327  normal  0.202032 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0041  tRNA-Glu  87.14 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0007  tRNA-Glu  87.14 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.183145  normal  0.490398 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0080  tRNA-Glu  87.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000255238  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0075  tRNA-Glu  87.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000263239  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0036  tRNA-Glu  87.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000000509558  normal  0.204566 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0032  tRNA-Glu  87.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.449659  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0083  tRNA-Glu  87.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000720512  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0041  tRNA-Glu  87.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00117602  normal  0.194797 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0038  tRNA-Glu  87.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000255678  normal  0.198385 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0043  tRNA-Glu  87.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0177795  normal  0.197515 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0046  tRNA-Glu  87.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.113543  normal  0.2002 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0042  tRNA-Glu  87.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00353157  normal  0.196649 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0037  tRNA-Glu  87.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000218875  normal  0.202852 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0082  tRNA-Glu  87.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000277046  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0112  tRNA-Glu  87.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000133655  normal  0.209222 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0072  tRNA-Glu  87.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000259101  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0113  tRNA-Glu  87.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000136278  normal  0.205687 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0073  tRNA-Glu  87.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000000527545  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0081  tRNA-Glu  87.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000920417  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0052  tRNA-Glu  87.14 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>