231 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dde_R0012 on replicon NC_007519
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007519  Dde_R0012  tRNA-Glu  100 
 
 		 78 bp  155  2e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.188086  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0009  tRNA-Glu  98.72 
 
 		 78 bp  147  4.0000000000000006e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.39439  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0068  tRNA-Glu  98.72 
 
 		 78 bp  147  4.0000000000000006e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0058  tRNA-Glu  96.15 
 
 		 78 bp  131  3e-29  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0052  tRNA-Glu  94.87 
 
 		 78 bp  123  6e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0019  tRNA-Glu  94.87 
 
 		 77 bp  115  2.0000000000000002e-24  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00000000481461  hitchhiker  0.000000177152 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0027  tRNA-Glu  93.59 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0395147  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0071  tRNA-Glu  93.59 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0011  tRNA-Glu  92.31 
 
 		 78 bp  107  4e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0035  tRNA-Glu  93.59 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0070  tRNA-Glu  93.59 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0054  tRNA-Glu  89.74 
 
 		 78 bp  91.7  2e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0052  tRNA-Glu  89.74 
 
 		 78 bp  91.7  2e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0047  tRNA-Glu  89.74 
 
 		 78 bp  91.7  2e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Glu-2  tRNA-Glu  88.46 
 
 		 78 bp  83.8  0.000000000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00679153  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0002  tRNA-Glu  88.46 
 
 		 78 bp  83.8  0.000000000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  3.9841800000000004e-24  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0004  tRNA-Glu  88.46 
 
 		 78 bp  83.8  0.000000000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  2.0060400000000001e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0007  tRNA-Glu  91.43 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0058  tRNA-Glu  88.46 
 
 		 78 bp  83.8  0.000000000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000216318  unclonable  0.00000608893 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0002  tRNA-Glu  90 
 
 		 75 bp  83.8  0.000000000000005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000240355  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0038  tRNA-Glu  88.46 
 
 		 78 bp  83.8  0.000000000000005  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000513604  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0010  tRNA-Glu  90 
 
 		 73 bp  77.8  0.0000000000003  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.644532  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0011  tRNA-Glu  90 
 
 		 73 bp  77.8  0.0000000000003  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.267714  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0041  tRNA-Glu  90 
 
 		 73 bp  77.8  0.0000000000003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0024  tRNA-Glu  90 
 
 		 73 bp  77.8  0.0000000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0007  tRNA-Glu  90 
 
 		 73 bp  77.8  0.0000000000003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.183145  normal  0.490398 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAGluVIMSS1309378  tRNA-Glu  90 
 
 		 73 bp  77.8  0.0000000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0045  tRNA-Glu  88.46 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0333401  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0066  tRNA-Glu  89.33 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.000000461101  hitchhiker  0.000137372 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0067  tRNA-Glu  89.33 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.0012187  normal  0.0113545 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAGluVIMSS1309075  tRNA-Glu  90 
 
 		 73 bp  77.8  0.0000000000003  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAGluVIMSS1309126  tRNA-Glu  90 
 
 		 73 bp  77.8  0.0000000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAGluVIMSS1309208  tRNA-Glu  90 
 
 		 73 bp  77.8  0.0000000000003  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.689492  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAGluVIMSS1309264  tRNA-Glu  90 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.128341 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAGluVIMSS1309151  tRNA-Glu  90 
 
 		 73 bp  77.8  0.0000000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.0730688  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0023  tRNA-Glu  90.48 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_25080  tRNA-Glu  88.57 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Glu-1  tRNA-Glu  87.18 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.030814  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0033  tRNA-Glu  88.57 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.752576  normal  0.844961 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0044  tRNA-Glu  88 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0031  tRNA-Glu  88.57 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0034  tRNA-Glu  88.57 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0633103 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0030  tRNA-Glu  87.18 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0067  tRNA-Glu  85.9 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000153878  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0003  tRNA-Glu  87.18 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0015  tRNA-Glu  85.9 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000000362214  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0009  tRNA-Glu  85.9 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.250307  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0015  tRNA-Glu  85.9 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.679180000000001e-28 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0052  tRNA-Glu  85.9 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.393318  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0026  tRNA-Glu  85.9 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.062518  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Glu-2  tRNA-Glu  87.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Glu-2  tRNA-Glu  85.9 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.270372  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0053  tRNA-Glu  85.9 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000330135  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0054  tRNA-Glu  85.9 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000364712  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0055  tRNA-Glu  85.9 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000000537124  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0005  tRNA-Glu  87.14 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.601748  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0050  tRNA-Glu  87.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0026  tRNA-Glu  85.9 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.307498  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1507  tRNA-Glu  87.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0013  tRNA-Glu  87.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.330262 
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Glu-1  tRNA-Glu  85.71 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.0740659  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0007  tRNA-Glu  86.3 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.466736 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0043  tRNA-Glu  86.3 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0945053  normal  0.0751648 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0059  tRNA-Glu  86.3 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.935915 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0106  tRNA-Glu  86.3 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.608719  normal  0.0144699 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0030  tRNA-Glu  84.62 
 
 		 78 bp  60  0.00000008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.454772  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00064  tRNA-Glu  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0611511  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00073  tRNA-Glu  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.101192  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0028  tRNA-Glu  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000151808  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0089  tRNA-Glu  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0392203  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0097  tRNA-Glu  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.442636  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3699  tRNA-Glu  86.67 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.0040697  normal  0.0437365 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4327  tRNA-Glu  86.67 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000475323  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2987  tRNA-Glu  86.67 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00372041  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3056  tRNA-Glu  86.67 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0721496  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0049  tRNA-Glu  85.94 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000824849  hitchhiker  0.0000000000360251 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0008  tRNA-Glu  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.029159  normal  0.0288609 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0067  tRNA-Glu  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000550936  normal  0.0102746 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0087  tRNA-Glu  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00145961  normal  0.0492727 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0107  tRNA-Glu  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0341166  normal  0.0810814 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4117  tRNA-Glu  86.67 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0976755  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4223  tRNA-Glu  86.67 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0747628  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4423  tRNA-Glu  86.67 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000172052  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4716  tRNA-Glu  86.67 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000625265  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4721  tRNA-Glu  86.67 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00309501  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5055  tRNA-Glu  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0897941  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5097  tRNA-Glu  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000188223  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5105  tRNA-Glu  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0706149  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4911  tRNA-Glu  86.67 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00060997  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4502  tRNA-Glu  86.67 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00140691  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3762  tRNA-Glu  86.67 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00180196  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3665  tRNA-Glu  86.67 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0302552  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2873  tRNA-Glu  86.67 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.174339  normal  0.2866 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4465  tRNA-Glu  86.67 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000990931  hitchhiker  0.00000000000884096 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2874  tRNA-Glu  86.67 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0252842  normal  0.403763 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4173  tRNA-Glu  86.67 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00665107  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4102  tRNA-Glu  86.67 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.116386  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3593  tRNA-Glu  86.67 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0242982  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2853  tRNA-Glu  86.67 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0537203  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4389  tRNA-Glu  86.67 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0118319  normal  0.7898 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>