88 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DvMF_R0044 on replicon NC_011769
Organism: Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011769  DvMF_R0044  tRNA-Glu  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0066  tRNA-Glu  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.000000461101  hitchhiker  0.000137372 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0067  tRNA-Glu  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.0012187  normal  0.0113545 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0027  tRNA-Glu  94.59 
 
 		 77 bp  115  2.0000000000000002e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0395147  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0071  tRNA-Glu  94.59 
 
 		 77 bp  115  2.0000000000000002e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0035  tRNA-Glu  94.59 
 
 		 77 bp  115  2.0000000000000002e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0070  tRNA-Glu  94.59 
 
 		 77 bp  115  2.0000000000000002e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0011  tRNA-Glu  93.06 
 
 		 78 bp  95.6  1e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0019  tRNA-Glu  89.19 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00000000481461  hitchhiker  0.000000177152 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0007  tRNA-Glu  91.8 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0038  tRNA-Glu  91.18 
 
 		 78 bp  79.8  0.00000000000008  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000513604  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0002  tRNA-Glu  90.28 
 
 		 78 bp  79.8  0.00000000000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  3.9841800000000004e-24  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0004  tRNA-Glu  90.28 
 
 		 78 bp  79.8  0.00000000000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  2.0060400000000001e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0052  tRNA-Glu  89.33 
 
 		 78 bp  77.8  0.0000000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0058  tRNA-Glu  89.33 
 
 		 78 bp  77.8  0.0000000000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0009  tRNA-Glu  89.33 
 
 		 78 bp  77.8  0.0000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.39439  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0068  tRNA-Glu  89.33 
 
 		 78 bp  77.8  0.0000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Glu-2  tRNA-Glu  88.73 
 
 		 78 bp  69.9  0.00000000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00679153  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0012  tRNA-Glu  88 
 
 		 78 bp  69.9  0.00000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.188086  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0002  tRNA-Glu  90.32 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000240355  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Glu-1  tRNA-Glu  87.84 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.030814  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0050  tRNA-Glu  88.06 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0052  tRNA-Glu  86.67 
 
 		 78 bp  61.9  0.00000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0047  tRNA-Glu  86.67 
 
 		 78 bp  61.9  0.00000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0054  tRNA-Glu  86.67 
 
 		 78 bp  61.9  0.00000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Glu-2  tRNA-Glu  88.06 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1507  tRNA-Glu  88.06 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0053  tRNA-Glu  86.49 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.646689  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0023  tRNA-Glu  89.66 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Glu-2  tRNA-Glu  86.49 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.270372  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt26  tRNA-Glu  86.49 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt27  tRNA-Glu  86.49 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt26  tRNA-Glu  86.49 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt27  tRNA-Glu  86.49 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0043  tRNA-Glu  86.49 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  unclonable  7.66398e-18  hitchhiker  0.000611065 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0055  tRNA-Glu  86.49 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.380229  normal  0.600027 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0026  tRNA-Glu  86.49 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.307498  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0030  tRNA-Glu  85.14 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0026  tRNA-Glu  86.49 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.062518  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0045  tRNA-Glu  86.49 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0333401  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0045  tRNA-Glu  86.49 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.0000328054  normal  0.0346347 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0015  tRNA-Glu  85.33 
 
 		 78 bp  54  0.000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.679180000000001e-28 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0015  tRNA-Glu  85.33 
 
 		 78 bp  54  0.000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000000362214  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0052  tRNA-Glu  85.33 
 
 		 78 bp  54  0.000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.393318  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2128  tRNA-Glu  85.14 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.223155  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0032  tRNA-Glu  85.14 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.362082  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06180  tRNA-Glu  92.68 
 
 		 73 bp  50.1  0.00008  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.75789  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_25080  tRNA-Glu  86.89 
 
 		 73 bp  50.1  0.00008  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_R0016  tRNA-Glu  91.67 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.510294 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_R0017  tRNA-Glu  91.67 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_R0036  tRNA-Glu  91.67 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0038  tRNA-Glu  85.94 
 
 		 78 bp  48.1  0.0003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0222693  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0013  tRNA-Glu  85.07 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.330262 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0007  tRNA-Glu  85.07 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.466736 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0043  tRNA-Glu  85.07 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0945053  normal  0.0751648 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0059  tRNA-Glu  85.07 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.935915 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0106  tRNA-Glu  85.07 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.608719  normal  0.0144699 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_R0027  tRNA-Glu  91.43 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.024041 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tGlu02  tRNA-Glu  83.78 
 
 		 79 bp  44.1  0.005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0058  tRNA-Glu  90.48 
 
 		 78 bp  44.1  0.005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000216318  unclonable  0.00000608893 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tGlu01  tRNA-Glu  83.78 
 
 		 79 bp  44.1  0.005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.484379  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0055  tRNA-Glu  83.78 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000000537124  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0051  tRNA-Glu  83.78 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0054  tRNA-Glu  83.78 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000364712  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0053  tRNA-Glu  83.78 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000330135  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0034  tRNA-Glu  83.78 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.224261  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0001  tRNA-Glu  83.78 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0037  tRNA-Glu  83.78 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0115757  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0038  tRNA-Glu  83.78 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.012292  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0028  tRNA-Glu  93.33 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0945817  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0045  tRNA-Glu  83.78 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0049  tRNA-Glu  83.78 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000939786  normal  0.015549 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0046  tRNA-Glu  83.78 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000000118448  normal  0.0335348 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tGlu03  tRNA-Glu  83.78 
 
 		 79 bp  44.1  0.005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0006  tRNA-Glu  92.11 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.766786  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0005  tRNA-Glu  92.11 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00334016 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0022  tRNA-Glu  83.78 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011879  Achl_R0084  tRNA-Glu  92.11 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0028  tRNA-Glu  93.33 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0050  tRNA-Glu  83.78 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.517089  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0047  tRNA-Glu  83.78 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.374148  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2009  tRNA-Glu  83.78 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0186  tRNA-Glu  83.78 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0022  tRNA-Glu  83.78 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.777286  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0026  tRNA-Glu  93.33 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.197245  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0059  tRNA-Glu  83.78 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000917431  normal  0.553022 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0057  tRNA-Glu  83.78 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000756674  normal  0.548722 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0055  tRNA-Glu  83.78 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000000101693  normal  0.730333 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>