297 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dvul_R0067 on replicon NC_008751
Organism: Desulfovibrio vulgaris DP4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008751  Dvul_R0067  tRNA-Glu  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.0012187  normal  0.0113545 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0066  tRNA-Glu  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.000000461101  hitchhiker  0.000137372 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0044  tRNA-Glu  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0070  tRNA-Glu  95.95 
 
 		 77 bp  123  6e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0035  tRNA-Glu  95.95 
 
 		 77 bp  123  6e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0027  tRNA-Glu  95.95 
 
 		 77 bp  123  6e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0395147  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0071  tRNA-Glu  95.95 
 
 		 77 bp  123  6e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0011  tRNA-Glu  94.44 
 
 		 78 bp  103  6e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0052  tRNA-Glu  93.33 
 
 		 78 bp  101  2e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0019  tRNA-Glu  90.54 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00000000481461  hitchhiker  0.000000177152 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0002  tRNA-Glu  92.65 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000240355  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Glu-2  tRNA-Glu  92.54 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1507  tRNA-Glu  92.54 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0009  tRNA-Glu  90.67 
 
 		 78 bp  85.7  0.000000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.39439  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0068  tRNA-Glu  90.67 
 
 		 78 bp  85.7  0.000000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0050  tRNA-Glu  92.54 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0058  tRNA-Glu  90.67 
 
 		 78 bp  85.7  0.000000000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0007  tRNA-Glu  91.04 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0030  tRNA-Glu  89.19 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0045  tRNA-Glu  90.54 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0333401  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0012  tRNA-Glu  89.33 
 
 		 78 bp  77.8  0.0000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.188086  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0023  tRNA-Glu  93.1 
 
 		 75 bp  75.8  0.000000000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0038  tRNA-Glu  91.94 
 
 		 78 bp  75.8  0.000000000001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000513604  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0002  tRNA-Glu  88.89 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  3.9841800000000004e-24  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0004  tRNA-Glu  88.89 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  2.0060400000000001e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_25080  tRNA-Glu  89.55 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0054  tRNA-Glu  88 
 
 		 78 bp  69.9  0.00000000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0047  tRNA-Glu  88 
 
 		 78 bp  69.9  0.00000000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0013  tRNA-Glu  89.55 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.330262 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0052  tRNA-Glu  88 
 
 		 78 bp  69.9  0.00000000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0026  tRNA-Glu  87.84 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.062518  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2009  tRNA-Glu  87.84 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0026  tRNA-Glu  87.84 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.307498  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0186  tRNA-Glu  87.84 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0053  tRNA-Glu  87.84 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000330135  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0054  tRNA-Glu  87.84 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000364712  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0055  tRNA-Glu  87.84 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000000537124  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_R0036  tRNA-Glu  97.37 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0022  tRNA-Glu  88.41 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.845779 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAGluVIMSS1309075  tRNA-Glu  88.06 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAGluVIMSS1309126  tRNA-Glu  88.06 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0044  tRNA-Glu  88.06 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0369113  normal  0.198385 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0036  tRNA-Glu  88.06 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000000509558  normal  0.204566 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0037  tRNA-Glu  88.06 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000218875  normal  0.202852 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0107  tRNA-Glu  88.06 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000800157  normal  0.198149 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0043  tRNA-Glu  88.06 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0177795  normal  0.197515 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0112  tRNA-Glu  88.06 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000133655  normal  0.209222 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0079  tRNA-Glu  88.06 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000255238  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0074  tRNA-Glu  88.06 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000046104  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0010  tRNA-Glu  88.06 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.644532  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0032  tRNA-Glu  88.06 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.449659  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0011  tRNA-Glu  88.06 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.267714  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0041  tRNA-Glu  88.06 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0024  tRNA-Glu  88.06 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0007  tRNA-Glu  88.06 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.183145  normal  0.490398 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0084  tRNA-Glu  88.06 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000679544  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0005  tRNA-Glu  88.06 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00334016 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0066  tRNA-Glu  88.06 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000193579  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAGluVIMSS1309264  tRNA-Glu  88.06 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.128341 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAGluVIMSS1309151  tRNA-Glu  88.06 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.0730688  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAGluVIMSS1309208  tRNA-Glu  88.06 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.689492  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0034  tRNA-Glu  88.06 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0629823  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0039  tRNA-Glu  88.06 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00037327  normal  0.202032 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0040  tRNA-Glu  88.06 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00115197  normal  0.197515 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0105  tRNA-Glu  88.06 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00614062  normal  0.200488 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0104  tRNA-Glu  88.06 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0156595  normal  0.197375 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0041  tRNA-Glu  88.06 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00117602  normal  0.194797 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0109  tRNA-Glu  88.06 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000218236  normal  0.197375 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0108  tRNA-Glu  88.06 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000221581  normal  0.200488 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0106  tRNA-Glu  88.06 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00248374  normal  0.1959 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0038  tRNA-Glu  88.06 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000255678  normal  0.198385 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0113  tRNA-Glu  88.06 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000136278  normal  0.205687 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0111  tRNA-Glu  88.06 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000137608  normal  0.208411 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0045  tRNA-Glu  88.06 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0637715  normal  0.193684 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0006  tRNA-Glu  88.06 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.766786  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0046  tRNA-Glu  88.06 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.113543  normal  0.2002 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0042  tRNA-Glu  88.06 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00353157  normal  0.196649 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0110  tRNA-Glu  88.06 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000208441  normal  0.204301 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0076  tRNA-Glu  88.06 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000131941  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0075  tRNA-Glu  88.06 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000263239  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0073  tRNA-Glu  88.06 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000000527545  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0078  tRNA-Glu  88.06 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000635495  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0081  tRNA-Glu  88.06 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000920417  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0080  tRNA-Glu  88.06 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000255238  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0077  tRNA-Glu  88.06 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000145614  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0072  tRNA-Glu  88.06 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000259101  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAGluVIMSS1309378  tRNA-Glu  88.06 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0083  tRNA-Glu  88.06 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000720512  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0082  tRNA-Glu  88.06 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000277046  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0003  tRNA-Glu  85.14 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Glu-1  tRNA-Glu  86.49 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.030814  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_01850  tRNA-Glu  88.68 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0035  tRNA-Glu  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000448273  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0102  tRNA-Glu  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0037  tRNA-Glu  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0000193498  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0036  tRNA-Glu  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000110474  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_R0016  tRNA-Glu  94.44 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.510294 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0002  tRNA-Glu  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0220588  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0034  tRNA-Glu  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00458122  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0066  tRNA-Glu  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0228326  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>