297 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dde_R0009 on replicon NC_007519
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007519  Dde_R0009  tRNA-Glu  100 
 
 
78 bp  155  2e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.39439  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0068  tRNA-Glu  100 
 
 
78 bp  155  2e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0012  tRNA-Glu  98.72 
 
 
78 bp  147  4.0000000000000006e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.188086  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0058  tRNA-Glu  94.87 
 
 
78 bp  123  6e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0052  tRNA-Glu  93.59 
 
 
78 bp  115  2.0000000000000002e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0019  tRNA-Glu  93.59 
 
 
77 bp  107  4e-22  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00000000481461  hitchhiker  0.000000177152 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0027  tRNA-Glu  92.31 
 
 
77 bp  99.6  9e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0395147  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0071  tRNA-Glu  92.31 
 
 
77 bp  99.6  9e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0070  tRNA-Glu  92.31 
 
 
77 bp  99.6  9e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0035  tRNA-Glu  92.31 
 
 
77 bp  99.6  9e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0011  tRNA-Glu  91.03 
 
 
78 bp  99.6  9e-20  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0038  tRNA-Glu  89.74 
 
 
78 bp  91.7  2e-17  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000513604  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0002  tRNA-Glu  89.74 
 
 
78 bp  91.7  2e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  3.9841800000000004e-24  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0004  tRNA-Glu  89.74 
 
 
78 bp  91.7  2e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  2.0060400000000001e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0007  tRNA-Glu  92.86 
 
 
74 bp  91.7  2e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0002  tRNA-Glu  91.43 
 
 
75 bp  91.7  2e-17  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000240355  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0023  tRNA-Glu  92.06 
 
 
75 bp  85.7  0.000000000000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0010  tRNA-Glu  91.43 
 
 
73 bp  85.7  0.000000000000001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.644532  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAGluVIMSS1309378  tRNA-Glu  91.43 
 
 
73 bp  85.7  0.000000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0011  tRNA-Glu  91.43 
 
 
73 bp  85.7  0.000000000000001  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.267714  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0041  tRNA-Glu  91.43 
 
 
73 bp  85.7  0.000000000000001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0024  tRNA-Glu  91.43 
 
 
73 bp  85.7  0.000000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0007  tRNA-Glu  91.43 
 
 
73 bp  85.7  0.000000000000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.183145  normal  0.490398 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0067  tRNA-Glu  90.67 
 
 
77 bp  85.7  0.000000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.0012187  normal  0.0113545 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAGluVIMSS1309075  tRNA-Glu  91.43 
 
 
73 bp  85.7  0.000000000000001  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAGluVIMSS1309208  tRNA-Glu  91.43 
 
 
73 bp  85.7  0.000000000000001  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.689492  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAGluVIMSS1309126  tRNA-Glu  91.43 
 
 
73 bp  85.7  0.000000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0066  tRNA-Glu  90.67 
 
 
77 bp  85.7  0.000000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.000000461101  hitchhiker  0.000137372 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAGluVIMSS1309151  tRNA-Glu  91.43 
 
 
73 bp  85.7  0.000000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.0730688  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAGluVIMSS1309264  tRNA-Glu  91.43 
 
 
76 bp  85.7  0.000000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.128341 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0045  tRNA-Glu  89.74 
 
 
76 bp  85.7  0.000000000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0333401  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0052  tRNA-Glu  88.46 
 
 
78 bp  83.8  0.000000000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0054  tRNA-Glu  88.46 
 
 
78 bp  83.8  0.000000000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0047  tRNA-Glu  88.46 
 
 
78 bp  83.8  0.000000000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0031  tRNA-Glu  90 
 
 
76 bp  77.8  0.0000000000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0033  tRNA-Glu  90 
 
 
76 bp  77.8  0.0000000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.752576  normal  0.844961 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0034  tRNA-Glu  90 
 
 
73 bp  77.8  0.0000000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0633103 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0044  tRNA-Glu  89.33 
 
 
77 bp  77.8  0.0000000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Glu-2  tRNA-Glu  87.18 
 
 
78 bp  75.8  0.000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00679153  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0030  tRNA-Glu  88.46 
 
 
77 bp  75.8  0.000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0003  tRNA-Glu  88.46 
 
 
77 bp  75.8  0.000000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0058  tRNA-Glu  87.18 
 
 
78 bp  75.8  0.000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000216318  unclonable  0.00000608893 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0026  tRNA-Glu  87.18 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.062518  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0013  tRNA-Glu  88.57 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.330262 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0053  tRNA-Glu  87.18 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000330135  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0054  tRNA-Glu  87.18 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000364712  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0055  tRNA-Glu  87.18 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000000537124  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0005  tRNA-Glu  88.57 
 
 
73 bp  69.9  0.00000000008  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.601748  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0026  tRNA-Glu  87.18 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.307498  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0030  tRNA-Glu  85.9 
 
 
78 bp  67.9  0.0000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.454772  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0007  tRNA-Glu  87.67 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.466736 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0043  tRNA-Glu  87.67 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0945053  normal  0.0751648 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0059  tRNA-Glu  87.67 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.935915 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0106  tRNA-Glu  87.67 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.608719  normal  0.0144699 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Glu-1  tRNA-Glu  85.9 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.030814  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0022  tRNA-Glu  85.9 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0057  tRNA-Glu  85.9 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000756674  normal  0.548722 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0022  tRNA-Glu  85.9 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.777286  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0051  tRNA-Glu  85.9 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0059  tRNA-Glu  85.9 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000917431  normal  0.553022 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_25080  tRNA-Glu  87.14 
 
 
73 bp  61.9  0.00000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0186  tRNA-Glu  85.9 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2009  tRNA-Glu  85.9 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0055  tRNA-Glu  85.9 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000000101693  normal  0.730333 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0077  tRNA-Glu  86.3 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000145614  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0052  tRNA-Glu  84.62 
 
 
78 bp  60  0.00000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.393318  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0074  tRNA-Glu  86.3 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000046104  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0079  tRNA-Glu  86.3 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000255238  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0046  tRNA-Glu  86.3 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.113543  normal  0.2002 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0073  tRNA-Glu  86.3 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000000527545  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0072  tRNA-Glu  86.3 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000259101  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0039  tRNA-Glu  86.3 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00037327  normal  0.202032 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0105  tRNA-Glu  86.3 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00614062  normal  0.200488 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0113  tRNA-Glu  86.3 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000136278  normal  0.205687 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0036  tRNA-Glu  86.3 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000000509558  normal  0.204566 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0040  tRNA-Glu  86.3 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00115197  normal  0.197515 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0015  tRNA-Glu  84.62 
 
 
78 bp  60  0.00000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.679180000000001e-28 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0082  tRNA-Glu  86.3 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000277046  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0084  tRNA-Glu  86.3 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000679544  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0038  tRNA-Glu  86.3 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000255678  normal  0.198385 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0037  tRNA-Glu  86.3 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000218875  normal  0.202852 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0075  tRNA-Glu  86.3 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000263239  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0041  tRNA-Glu  86.3 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00117602  normal  0.194797 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0080  tRNA-Glu  86.3 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000255238  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0015  tRNA-Glu  84.62 
 
 
78 bp  60  0.00000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000000362214  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0042  tRNA-Glu  86.3 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00353157  normal  0.196649 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0104  tRNA-Glu  86.3 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0156595  normal  0.197375 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0043  tRNA-Glu  86.3 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0177795  normal  0.197515 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0044  tRNA-Glu  86.3 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0369113  normal  0.198385 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0076  tRNA-Glu  86.3 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000131941  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0009  tRNA-Glu  84.62 
 
 
78 bp  60  0.00000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.250307  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0045  tRNA-Glu  86.3 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0637715  normal  0.193684 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0081  tRNA-Glu  86.3 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000920417  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0067  tRNA-Glu  84.62 
 
 
78 bp  60  0.00000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000153878  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0106  tRNA-Glu  86.3 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00248374  normal  0.1959 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0108  tRNA-Glu  86.3 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000221581  normal  0.200488 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0110  tRNA-Glu  86.3 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000208441  normal  0.204301 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0109  tRNA-Glu  86.3 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000218236  normal  0.197375 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0107  tRNA-Glu  86.3 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000800157  normal  0.198149 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0112  tRNA-Glu  86.3 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000133655  normal  0.209222 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>