More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_R0015 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_R0015  tRNA-Glu  100 
 
 		 78 bp  155  2e-36  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000000362214  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0015  tRNA-Glu  100 
 
 		 78 bp  155  2e-36  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.679180000000001e-28 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0052  tRNA-Glu  100 
 
 		 78 bp  155  2e-36  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.393318  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0049  tRNA-Glu  97.44 
 
 		 78 bp  139  1e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000824849  hitchhiker  0.0000000000360251 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0067  tRNA-Glu  94.87 
 
 		 78 bp  123  6e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000153878  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0009  tRNA-Glu  94.87 
 
 		 78 bp  123  6e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.250307  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Glu-2  tRNA-Glu  92.31 
 
 		 78 bp  107  4e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00679153  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0058  tRNA-Glu  92.31 
 
 		 78 bp  107  4e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000216318  unclonable  0.00000608893 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0002  tRNA-Glu  89.74 
 
 		 78 bp  91.7  2e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  3.9841800000000004e-24  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0004  tRNA-Glu  89.74 
 
 		 78 bp  91.7  2e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  2.0060400000000001e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0038  tRNA-Glu  89.74 
 
 		 78 bp  91.7  2e-17  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000513604  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Glu-1  tRNA-Glu  89.74 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.030814  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0052  tRNA-Glu  88.46 
 
 		 78 bp  83.8  0.000000000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Glu-2  tRNA-Glu  88.46 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.270372  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0002  tRNA-Glu  90.32 
 
 		 75 bp  75.8  0.000000000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000240355  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0058  tRNA-Glu  87.18 
 
 		 78 bp  75.8  0.000000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0022  tRNA-Glu  95.56 
 
 		 78 bp  73.8  0.000000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.150409  hitchhiker  0.00052092 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0030  tRNA-Glu  95.35 
 
 		 78 bp  69.9  0.00000000008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.454772  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0012  tRNA-Glu  85.9 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.188086  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0011  tRNA-Glu  85.9 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0052  tRNA-Glu  91.67 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.699751  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0026  tRNA-Glu  85.9 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.307498  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0005  tRNA-Glu  93.48 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00334016 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0043  tRNA-Glu  85.9 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  unclonable  7.66398e-18  hitchhiker  0.000611065 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0053  tRNA-Glu  85.9 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.646689  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0045  tRNA-Glu  85.9 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.0000328054  normal  0.0346347 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0055  tRNA-Glu  85.9 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.380229  normal  0.600027 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0045  tRNA-Glu  85.9 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0333401  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0006  tRNA-Glu  93.48 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.766786  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0038  tRNA-Glu  88.14 
 
 		 78 bp  61.9  0.00000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0222693  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0026  tRNA-Glu  85.9 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.062518  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0046  tRNA-Glu  87.14 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.404692  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0045  tRNA-Glu  87.14 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.427459  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0071  tRNA-Glu  85.9 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0030  tRNA-Glu  93.48 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0009  tRNA-Glu  84.62 
 
 		 78 bp  60  0.00000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.39439  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0068  tRNA-Glu  84.62 
 
 		 78 bp  60  0.00000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0007  tRNA-Glu  88.71 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0070  tRNA-Glu  85.9 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0035  tRNA-Glu  85.9 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0027  tRNA-Glu  85.9 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0395147  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0003  tRNA-Glu  85.9 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_01850  tRNA-Glu  91.3 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0054  tRNA-Glu  92.86 
 
 		 78 bp  60  0.00000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0047  tRNA-Glu  92.86 
 
 		 78 bp  60  0.00000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0052  tRNA-Glu  92.86 
 
 		 78 bp  60  0.00000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0019  tRNA-Glu  85.9 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00000000481461  hitchhiker  0.000000177152 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_18590  tRNA-Glu  89.8 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.2903  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0056  tRNA-Glu  93.18 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_18600  tRNA-Glu  89.8 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.204503  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00064  tRNA-Glu  100 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0611511  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00073  tRNA-Glu  100 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.101192  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00078  tRNA-Glu  100 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00645399  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0028  tRNA-Glu  100 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000151808  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0089  tRNA-Glu  100 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0392203  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0097  tRNA-Glu  100 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.442636  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0112  tRNA-Glu  100 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000205577  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0079  tRNA-Glu  100 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0250396  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0060  tRNA-Glu  100 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0296657  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4223  tRNA-Glu  100 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0747628  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2874  tRNA-Glu  100 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0252842  normal  0.403763 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5193  tRNA-Glu  100 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00411185  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4502  tRNA-Glu  100 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00140691  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2873  tRNA-Glu  100 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.174339  normal  0.2866 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4911  tRNA-Glu  100 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00060997  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3830  tRNA-Glu  100 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00526178  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3593  tRNA-Glu  100 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0242982  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4233  tRNA-Glu  100 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000331616  normal  0.0574538 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0087  tRNA-Glu  100 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000979813  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5478  tRNA-Glu  100 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00757172  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4125  tRNA-Glu  100 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00109058  normal  0.113801 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4173  tRNA-Glu  100 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00665107  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5433  tRNA-Glu  100 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000105127  normal  0.0151681 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2744  tRNA-Glu  100 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0202899  normal  0.795242 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5105  tRNA-Glu  100 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0706149  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3665  tRNA-Glu  100 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0302552  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4512  tRNA-Glu  100 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00641389  normal  0.576073 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4510  tRNA-Glu  100 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0115463  normal  0.0174598 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0008  tRNA-Glu  100 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.029159  normal  0.0288609 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0067  tRNA-Glu  100 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000550936  normal  0.0102746 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0087  tRNA-Glu  100 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00145961  normal  0.0492727 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0107  tRNA-Glu  100 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0341166  normal  0.0810814 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4102  tRNA-Glu  100 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.116386  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4423  tRNA-Glu  100 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000172052  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3762  tRNA-Glu  100 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00180196  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4117  tRNA-Glu  100 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0976755  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4389  tRNA-Glu  100 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0118319  normal  0.7898 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4465  tRNA-Glu  100 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000990931  hitchhiker  0.00000000000884096 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2769  tRNA-Glu  100 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00441704  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4282  tRNA-Glu  100 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0611024  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3591  tRNA-Glu  100 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000586916  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0032  tRNA-Glu  100 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000829453  hitchhiker  0.0000151548 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2853  tRNA-Glu  100 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0537203  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2987  tRNA-Glu  100 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00372041  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3699  tRNA-Glu  100 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.0040697  normal  0.0437365 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4458  tRNA-Glu  100 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0692997  hitchhiker  0.00363105 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4416  tRNA-Glu  100 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000380054  hitchhiker  0.00248894 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0129  tRNA-Glu  100 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00335623  normal  0.0126805 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0112  tRNA-Glu  100 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.010822  hitchhiker  0.00272786 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0104  tRNA-Glu  100 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.597387  normal  0.0687014 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>