24 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_1298 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_1298  general secretion pathway protein B  100 
 
 		 368 aa  744    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3074  general secretion pathway protein B  69.21 
 
 		 366 aa  491  9.999999999999999e-139  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.212053  hitchhiker  0.00000136484 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2895  general secretion pathway protein B  70.56 
 
 		 377 aa  492  9.999999999999999e-139  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000294797 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2977  general secretion pathway protein B  69.58 
 
 		 371 aa  479  1e-134  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.391436  normal  0.0419846 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1117  general secretion pathway protein B  59.22 
 
 		 355 aa  394  1e-108  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1201  general secretion pathway protein B  56.56 
 
 		 372 aa  394  1e-108  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3156  general secretion pathway protein B  56.04 
 
 		 372 aa  388  1e-107  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.997514  normal  0.754225 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1157  general secretion pathway protein B  56.27 
 
 		 372 aa  391  1e-107  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1234  general secretion pathway protein B  56.04 
 
 		 372 aa  391  1e-107  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0914005  normal  0.846255 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2982  general secretion pathway protein B  42.97 
 
 		 369 aa  251  2e-65  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2821  general secretion pathway protein B  39.38 
 
 		 420 aa  243  5e-63  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000107284  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0973  general secretion pathway protein B  42.13 
 
 		 358 aa  238  2e-61  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.637256  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1086  general secretion pathway protein B  40.15 
 
 		 339 aa  228  9e-59  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.970223  hitchhiker  0.0086707 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1010  general secretion pathway protein B  39.8 
 
 		 375 aa  218  2e-55  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00086545  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0836  general secretion pathway protein B  41.31 
 
 		 370 aa  198  1.0000000000000001e-49  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.19872  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1168  general secretion pathway protein B  43.58 
 
 		 328 aa  189  7e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000621685  hitchhiker  0.00000787826 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3280  hypothetical protein  37.04 
 
 		 381 aa  69.7  0.00000000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.539633  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03090  General secretion pathway protein B  38.75 
 
 		 415 aa  68.2  0.0000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00860  Type II secretory pathway, component ExeA  33.87 
 
 		 240 aa  63.5  0.000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001612  general secretion pathway protein B  31.25 
 
 		 227 aa  60.5  0.00000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.33696  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2022  putative general secretion pathway protein B  31.69 
 
 		 256 aa  60.5  0.00000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000127173  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2687  hypothetical protein  28.32 
 
 		 233 aa  57.8  0.0000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.235292  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4212  putative general secretion pathway protein A  35.71 
 
 		 563 aa  54.3  0.000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2980  hypothetical protein  33.33 
 
 		 237 aa  46.2  0.0009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.107675 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>