32 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_0836 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008700  Sama_0836  general secretion pathway protein B  100 
 
 
370 aa  740    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.19872  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1298  general secretion pathway protein B  41.79 
 
 
368 aa  218  1e-55  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1157  general secretion pathway protein B  39.55 
 
 
372 aa  215  9e-55  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3156  general secretion pathway protein B  39.55 
 
 
372 aa  213  2.9999999999999995e-54  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.997514  normal  0.754225 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1234  general secretion pathway protein B  39.71 
 
 
372 aa  213  2.9999999999999995e-54  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0914005  normal  0.846255 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1201  general secretion pathway protein B  38.97 
 
 
372 aa  213  5.999999999999999e-54  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1117  general secretion pathway protein B  41.28 
 
 
355 aa  203  5e-51  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3074  general secretion pathway protein B  41.1 
 
 
366 aa  202  9.999999999999999e-51  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.212053  hitchhiker  0.00000136484 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2982  general secretion pathway protein B  36.83 
 
 
369 aa  199  7.999999999999999e-50  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2821  general secretion pathway protein B  35.21 
 
 
420 aa  193  4e-48  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000107284  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1086  general secretion pathway protein B  40.31 
 
 
339 aa  192  7e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.970223  hitchhiker  0.0086707 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2895  general secretion pathway protein B  38.86 
 
 
377 aa  191  2e-47  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000294797 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0973  general secretion pathway protein B  38 
 
 
358 aa  187  2e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.637256  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2977  general secretion pathway protein B  39.8 
 
 
371 aa  186  7e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.391436  normal  0.0419846 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1010  general secretion pathway protein B  35.53 
 
 
375 aa  179  1e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00086545  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1168  general secretion pathway protein B  35.82 
 
 
328 aa  163  6e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000621685  hitchhiker  0.00000787826 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03090  General secretion pathway protein B  31.82 
 
 
415 aa  60.8  0.00000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2687  hypothetical protein  37.1 
 
 
233 aa  57.8  0.0000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.235292  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00860  Type II secretory pathway, component ExeA  30.65 
 
 
240 aa  57.8  0.0000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3280  hypothetical protein  29.09 
 
 
381 aa  57.4  0.0000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.539633  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001612  general secretion pathway protein B  29.69 
 
 
227 aa  57  0.0000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.33696  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4212  putative general secretion pathway protein A  31.52 
 
 
563 aa  53.5  0.000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2022  putative general secretion pathway protein B  29.63 
 
 
256 aa  52.4  0.00001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000127173  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2980  hypothetical protein  38.03 
 
 
237 aa  52.8  0.00001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.107675 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0178  general secretion pathway protein B  24.56 
 
 
275 aa  46.2  0.001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.953003  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1586  hypothetical protein  33.8 
 
 
252 aa  45.4  0.001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2821  hypothetical protein  34.33 
 
 
229 aa  45.4  0.002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.163509 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2864  general secretion pathway protein  31.88 
 
 
190 aa  45.1  0.002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.839881  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1409  general secretion pathway protein  30.43 
 
 
187 aa  45.1  0.002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0472  hypothetical protein  32.35 
 
 
269 aa  45.1  0.002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.14084 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0082  hypothetical protein  39.44 
 
 
247 aa  43.5  0.005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.000224621  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1297  general secretion pathway protein  35.09 
 
 
209 aa  43.5  0.006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>