More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rxyl_0999 on replicon NC_008148
Organism: Rubrobacter xylanophilus DSM 9941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008148  Rxyl_0999  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  100 
 
 
194 aa  381  1e-105  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.797413  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0711  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52.66 
 
 
222 aa  172  1.9999999999999998e-42  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.910177  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2403  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.16 
 
 
204 aa  163  2.0000000000000002e-39  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1063  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  46.28 
 
 
212 aa  163  2.0000000000000002e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1816  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.16 
 
 
204 aa  163  2.0000000000000002e-39  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0209797 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3197  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  43.5 
 
 
213 aa  162  4.0000000000000004e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.000983298  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2993  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  46.49 
 
 
212 aa  160  1e-38  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52050  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.36 
 
 
222 aa  160  1e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00472013 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2107  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  44.21 
 
 
206 aa  159  2e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000116567  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0733  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.21 
 
 
211 aa  159  3e-38  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.54904 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04960  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50 
 
 
205 aa  158  5e-38  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2234  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  47.62 
 
 
225 aa  158  5e-38  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.364169  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4216  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.93 
 
 
217 aa  157  8e-38  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.298326  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2154  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  42.78 
 
 
206 aa  156  1e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.000000463189  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1477  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  44.44 
 
 
200 aa  156  2e-37  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1281  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  46.33 
 
 
195 aa  156  2e-37  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0126  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  46.94 
 
 
198 aa  156  2e-37  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0515  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  48.11 
 
 
226 aa  155  4e-37  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.549179 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1068  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  39.69 
 
 
220 aa  155  4e-37  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2609  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  47.96 
 
 
225 aa  154  8e-37  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.698342  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2997  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  43.68 
 
 
214 aa  154  9e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.386914  hitchhiker  0.000268593 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1254  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  46.94 
 
 
225 aa  154  1e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0643  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45 
 
 
217 aa  153  1e-36  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000104742  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4565  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.16 
 
 
222 aa  153  1e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1292  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  46.03 
 
 
218 aa  152  2e-36  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000519718  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36900  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.95 
 
 
215 aa  152  2e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_08731  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  39.23 
 
 
213 aa  152  2e-36  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00237996 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2317  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  44.27 
 
 
220 aa  152  2.9999999999999998e-36  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.205766  normal  0.80837 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2703  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  46.94 
 
 
225 aa  152  2.9999999999999998e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  decreased coverage  0.00267955  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22100  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  42.02 
 
 
205 aa  152  4e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1820  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  44.77 
 
 
212 aa  151  5.9999999999999996e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3012  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.5 
 
 
205 aa  151  5.9999999999999996e-36  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1759  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  44.09 
 
 
206 aa  150  8e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.192447  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02392  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  42.33 
 
 
212 aa  150  1e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.11589  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2648  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  42.33 
 
 
212 aa  150  1e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1632  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  44.32 
 
 
216 aa  150  1e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0554809 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1176  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  42.33 
 
 
212 aa  150  1e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.755635  normal  0.0529189 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1845  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  43.85 
 
 
206 aa  150  1e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0151726  normal  0.945395 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0552  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  44.16 
 
 
245 aa  150  1e-35  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.414989  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2783  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  42.33 
 
 
212 aa  150  1e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.154299  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02354  hypothetical protein  42.33 
 
 
212 aa  150  1e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.110228  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2635  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  42.33 
 
 
212 aa  150  1e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1222  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  46.32 
 
 
217 aa  149  2e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0923837  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2874  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  42.33 
 
 
212 aa  149  2e-35  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.551814  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1169  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  41.8 
 
 
212 aa  149  3e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1233  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  42.55 
 
 
212 aa  149  3e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1262  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  46.24 
 
 
217 aa  149  3e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0400953 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3119  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  42.55 
 
 
212 aa  149  3e-35  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2208  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  41.97 
 
 
224 aa  149  3e-35  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.128407  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1531  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.92 
 
 
197 aa  149  3e-35  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.468098  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1350  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  42.55 
 
 
212 aa  149  3e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3723  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  42.33 
 
 
212 aa  149  3e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.160201  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1664  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  46.24 
 
 
217 aa  148  4e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.278539  normal  0.657549 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0659  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50 
 
 
219 aa  149  4e-35  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.48364 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2989  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  42.02 
 
 
213 aa  148  4e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.438187 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1088  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.3 
 
 
187 aa  148  4e-35  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.267053  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2317  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  41.58 
 
 
202 aa  148  5e-35  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28120  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  49.46 
 
 
228 aa  148  5e-35  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4054  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.26 
 
 
217 aa  148  5e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0945  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  44.44 
 
 
220 aa  147  9e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1630  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  47.87 
 
 
214 aa  147  1.0000000000000001e-34  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1812  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  42.33 
 
 
202 aa  147  1.0000000000000001e-34  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0457  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  40.96 
 
 
207 aa  146  1.0000000000000001e-34  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2869  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  41.4 
 
 
212 aa  147  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1246  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  43.75 
 
 
216 aa  147  1.0000000000000001e-34  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00992946 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2098  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  42.33 
 
 
212 aa  147  1.0000000000000001e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.545159  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2363  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  43.39 
 
 
203 aa  146  2.0000000000000003e-34  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1181  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  41.49 
 
 
210 aa  146  2.0000000000000003e-34  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.328833  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1102  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  41.71 
 
 
214 aa  146  2.0000000000000003e-34  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1929  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  39.57 
 
 
215 aa  146  2.0000000000000003e-34  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2741  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  43.39 
 
 
221 aa  145  3e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.280146  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1129  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  41.44 
 
 
214 aa  145  3e-34  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0806783  normal  0.462935 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0264  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  39.57 
 
 
215 aa  145  3e-34  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4633  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  36.79 
 
 
239 aa  145  3e-34  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.614886  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1657  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.5 
 
 
221 aa  145  3e-34  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0278  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  37.17 
 
 
195 aa  145  4.0000000000000006e-34  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3690  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  41.45 
 
 
216 aa  145  5e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.864702  decreased coverage  0.000250374 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2618  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  43.48 
 
 
212 aa  145  5e-34  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02149  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  40.74 
 
 
216 aa  144  6e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2254  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  47.03 
 
 
223 aa  144  6e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.9402  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2696  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  40.86 
 
 
212 aa  144  7.0000000000000006e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2638  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  43.33 
 
 
209 aa  144  7.0000000000000006e-34  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0230258  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2648  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  40.86 
 
 
212 aa  144  7.0000000000000006e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.667641  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03201  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  44.57 
 
 
212 aa  144  7.0000000000000006e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1637  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  39.89 
 
 
192 aa  144  8.000000000000001e-34  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2738  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  40.86 
 
 
212 aa  144  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0039  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  38.71 
 
 
225 aa  143  1e-33  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1100  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  44.32 
 
 
230 aa  143  1e-33  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0394188  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0383  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50.28 
 
 
202 aa  144  1e-33  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002780  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  42.29 
 
 
220 aa  142  2e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3176  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  44.06 
 
 
215 aa  143  2e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0326  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  37.7 
 
 
195 aa  142  2e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1164  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  44.75 
 
 
188 aa  142  2e-33  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000000000485336 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0269  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  37.7 
 
 
195 aa  143  2e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1644  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  39.89 
 
 
192 aa  142  2e-33  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0329  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  37.7 
 
 
195 aa  143  2e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2760  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  40.32 
 
 
212 aa  143  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.21792  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1045  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  40.91 
 
 
214 aa  142  2e-33  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.259794  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0297  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  37.7 
 
 
195 aa  143  2e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0343  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  39.23 
 
 
195 aa  143  2e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.542492  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>