187 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_3904 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009767  Rcas_3904  ribosomal protein L28  100 
 
 		 91 aa  188  2.9999999999999997e-47  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.000260959  normal  0.15188 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0601  ribosomal protein L28  91.21 
 
 		 91 aa  174  5e-43  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  unclonable  0.0000000015913  unclonable  0.00000708114 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0606  ribosomal protein L28  62.12 
 
 		 68 aa  87.4  6e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00000986051  normal  0.618887 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3523  ribosomal protein L28  62.12 
 
 		 68 aa  87.4  7e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.877625  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1653  ribosomal protein L28  48.57 
 
 		 73 aa  73.9  0.0000000000007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0610  ribosomal protein L28  45 
 
 		 83 aa  62.8  0.000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.904571  normal  1 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0354  50S ribosomal protein L28  37.08 
 
 		 92 aa  60.1  0.00000001  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  hitchhiker  0.00270118  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0287  ribosomal protein L28  32.14 
 
 		 78 aa  58.2  0.00000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.123912  normal  0.0142776 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13563  ribosomal protein L28  38.16 
 
 		 79 aa  57.8  0.00000005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3856  ribosomal protein L28  36.49 
 
 		 78 aa  56.2  0.0000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000509188  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0648  50S ribosomal protein L28P  36.05 
 
 		 80 aa  56.2  0.0000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0570  hypothetical protein  36.49 
 
 		 83 aa  54.3  0.0000005  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3521  ribosomal protein L28  38.89 
 
 		 77 aa  54.3  0.0000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0325  ribosomal protein L28  39.47 
 
 		 78 aa  53.9  0.0000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3291  ribosomal protein L28  32.89 
 
 		 78 aa  53.9  0.0000008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3567  ribosomal protein L28  36.36 
 
 		 79 aa  52  0.000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.663609 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2139  50S ribosomal protein L28  35.14 
 
 		 78 aa  51.6  0.000003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0181781  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2021  ribosomal protein L28  38.16 
 
 		 78 aa  51.6  0.000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.00000179883  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0055  ribosomal protein L28  36.25 
 
 		 78 aa  51.2  0.000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.378886  normal  0.0544728 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_19190  50S ribosomal protein L28  35.53 
 
 		 78 aa  51.2  0.000005  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.182224  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0544  50S ribosomal protein L28  38.89 
 
 		 78 aa  50.8  0.000006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0520  50S ribosomal protein L28  38.89 
 
 		 78 aa  50.8  0.000006  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0021  ribosomal protein L28  38.75 
 
 		 78 aa  50.4  0.000007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1995  ribosomal protein L28  40.79 
 
 		 78 aa  50.4  0.000008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.8198  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0160  50S ribosomal protein L28  35.37 
 
 		 78 aa  50.1  0.000009  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.233197  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3959  50S ribosomal protein L28  35.37 
 
 		 78 aa  50.1  0.000009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0699911  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0145  50S ribosomal protein L28  38.16 
 
 		 78 aa  50.4  0.000009  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00227555  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3679  50S ribosomal protein L28  37.5 
 
 		 78 aa  49.7  0.00001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000185253  normal  0.0401063 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6556  ribosomal protein L28  35.62 
 
 		 79 aa  50.1  0.00001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2971  50S ribosomal protein L28  36.84 
 
 		 78 aa  49.7  0.00001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0458218  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2641  50S ribosomal protein L28P  35.53 
 
 		 78 aa  49.7  0.00001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0159  ribosomal protein L28  34.72 
 
 		 78 aa  49.7  0.00001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0208978 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2314  ribosomal protein L28  35.53 
 
 		 78 aa  49.7  0.00001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.959649  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1312  ribosomal protein L28  35.14 
 
 		 78 aa  50.1  0.00001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1189  50S ribosomal protein L28  51.92 
 
 		 87 aa  50.1  0.00001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  decreased coverage  0.0000000438944  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0589  50S ribosomal protein L28  36.25 
 
 		 78 aa  50.1  0.00001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.74438  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0481  50S ribosomal protein L28  36.25 
 
 		 78 aa  48.9  0.00002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1710  50S ribosomal protein L28  36.84 
 
 		 78 aa  49.3  0.00002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0395  50S ribosomal protein L28  36.25 
 
 		 79 aa  48.9  0.00002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.249784  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1989  50S ribosomal protein L28  36.84 
 
 		 78 aa  49.3  0.00002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70190  50S ribosomal protein L28  36.59 
 
 		 78 aa  49.3  0.00002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0546  50S ribosomal protein L28  36.25 
 
 		 78 aa  48.9  0.00002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3565  50S ribosomal protein L28  36.84 
 
 		 78 aa  48.9  0.00002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0150151  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4841  50S ribosomal protein L28  34.15 
 
 		 78 aa  48.9  0.00002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00000224524  hitchhiker  0.0000339357 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4983  50S ribosomal protein L28  32.14 
 
 		 78 aa  49.3  0.00002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6092  50S ribosomal protein L28  36.59 
 
 		 78 aa  49.3  0.00002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1790  50S ribosomal protein L28  36.25 
 
 		 79 aa  48.9  0.00002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.588702  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2640  ribosomal protein L28  36.84 
 
 		 78 aa  48.5  0.00003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0327  ribosomal protein L28  36.84 
 
 		 106 aa  48.9  0.00003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0383291  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3827  50S ribosomal protein L28  36.84 
 
 		 78 aa  48.9  0.00003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.199336  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4008  50S ribosomal protein L28  34.15 
 
 		 78 aa  48.1  0.00004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.236332  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4115  50S ribosomal protein L28  34.15 
 
 		 78 aa  48.1  0.00004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0258863  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3945  50S ribosomal protein L28  34.15 
 
 		 78 aa  48.1  0.00004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00834113  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0607  ribosomal protein L28  30.26 
 
 		 79 aa  48.1  0.00004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3927  50S ribosomal protein L28  34.15 
 
 		 78 aa  48.1  0.00004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0253871  hitchhiker  0.00124431 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1757  50S ribosomal protein L28  36.84 
 
 		 77 aa  48.1  0.00004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.991694  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4054  50S ribosomal protein L28  34.15 
 
 		 78 aa  48.1  0.00004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.26226  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4389  50S ribosomal protein L28  34.15 
 
 		 78 aa  48.1  0.00004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00781562  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4099  50S ribosomal protein L28  34.15 
 
 		 78 aa  48.1  0.00004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0864217  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2295  50S ribosomal protein L28  35 
 
 		 78 aa  47.8  0.00005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0544676 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1918  ribosomal protein L28  35.53 
 
 		 78 aa  47.8  0.00005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2583  50S ribosomal protein L28  33.33 
 
 		 95 aa  47.8  0.00005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.273266  hitchhiker  0.000206552 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3428  50S ribosomal protein L28  35.53 
 
 		 77 aa  47.8  0.00005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0550772  normal  0.711167 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2670  50S ribosomal protein L28  35 
 
 		 78 aa  47.8  0.00005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1468  ribosomal protein L28  33.33 
 
 		 78 aa  48.1  0.00005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.255813  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0671  50S ribosomal protein L28  33.33 
 
 		 96 aa  47.4  0.00006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0158059  normal  0.225806 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0629  50S ribosomal protein L28  32.5 
 
 		 78 aa  47.8  0.00006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000303775 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0312  50S ribosomal protein L28  35 
 
 		 78 aa  47.4  0.00007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000118312  normal  0.224841 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0102  50S ribosomal protein L28  32.93 
 
 		 78 aa  47.4  0.00007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000949516  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0918  50S ribosomal protein L28  36.78 
 
 		 99 aa  47.4  0.00007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.904068  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03494  50S ribosomal protein L28  32.93 
 
 		 78 aa  47  0.00009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0020187  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0068  ribosomal protein L28  32.93 
 
 		 78 aa  47  0.00009  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000138765  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4247  50S ribosomal protein L28  35.53 
 
 		 78 aa  47  0.00009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0403  50S ribosomal protein L28  35.53 
 
 		 78 aa  47  0.00009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000109188  hitchhiker  0.000000000130483 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3596  50S ribosomal protein L28  35.53 
 
 		 78 aa  47  0.00009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00843458  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0360  50S ribosomal protein L28  35.53 
 
 		 78 aa  47  0.00009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0375632  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3846  50S ribosomal protein L28  32.93 
 
 		 78 aa  47  0.00009  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  3.05688e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0074  50S ribosomal protein L28  32.93 
 
 		 78 aa  47  0.00009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000000990162  hitchhiker  0.000000134659 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3769  50S ribosomal protein L28  35.53 
 
 		 78 aa  47  0.00009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.326629  normal  0.774565 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5007  50S ribosomal protein L28  32.93 
 
 		 78 aa  47  0.00009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000024574  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1452  50S ribosomal protein L28  35 
 
 		 77 aa  47  0.00009  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.843962 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3972  50S ribosomal protein L28  32.93 
 
 		 78 aa  47  0.00009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000229702  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0389  50S ribosomal protein L28  35.53 
 
 		 78 aa  47  0.00009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000000230782  hitchhiker  0.0000579861 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3372  50S ribosomal protein L28  30.14 
 
 		 78 aa  47  0.00009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0378  50S ribosomal protein L28  35.53 
 
 		 78 aa  47  0.00009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000507603  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03446  hypothetical protein  32.93 
 
 		 78 aa  47  0.00009  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00212142  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1734  50S ribosomal protein L28  35 
 
 		 77 aa  47  0.00009  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.111139  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0463  50S ribosomal protein L28  35.53 
 
 		 78 aa  47  0.00009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00000843852  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4062  50S ribosomal protein L28  32.93 
 
 		 78 aa  47  0.00009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000394805  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4138  50S ribosomal protein L28  32.93 
 
 		 78 aa  47  0.00009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000441658  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0377  50S ribosomal protein L28  35.53 
 
 		 78 aa  47  0.00009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00160044  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2015  50S ribosomal protein L28  35.63 
 
 		 97 aa  46.2  0.0001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.375117  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0056  50S ribosomal protein L28  32.93 
 
 		 78 aa  46.2  0.0001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000196759  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001820  LSU ribosomal protein L28p  39.47 
 
 		 78 aa  46.2  0.0001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000491703  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4154  50S ribosomal protein L28  32.93 
 
 		 78 aa  46.2  0.0001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000000466012  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3639  50S ribosomal protein L28  35.29 
 
 		 61 aa  46.2  0.0001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000267113  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5333  50S ribosomal protein L28  36.84 
 
 		 78 aa  46.2  0.0001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0220339 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00654  50S ribosomal protein L28  39.47 
 
 		 78 aa  46.2  0.0001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3384  50S ribosomal protein L28  34.21 
 
 		 77 aa  47  0.0001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.237994 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5192  50S ribosomal protein L28  36.84 
 
 		 78 aa  46.2  0.0001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.244386  normal  0.27276 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>